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[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]

Assembly Name:  20110601C-000739

Length: 1,147

Sequence [FASTA format sequence]
CGGGACTATC TAGAGGAAGT AAAAGTCGTA ACAAGGTTTC CGTAGGTGAA CCTGCGGCTC
TGGATTGGGC GGCGTGATCT CGCCGCGGTT CCGCGGCCCT GCCGCCGCCG CCGCCGCCGC
CAGCAGAGAG CACCGGGCGG GCCAGGCGAG TGGCCATGGC GGGCGCGGAA GACGGACCGG
GCCAGCAGCT GGAGCTCGAC GAGGACGAGG CGGCGTATTG CCGGCGCTGG GGCGCGCAGC
ATGCCGGGGC CCGCGAGCTG GCCGCGCTCT ACTCACCAGG CAAGCGCTTC CAGGAGTGGT
GCAGTGTGAT CCTCTGCTTT AGCCTCATCG CTCACAACAT GGTCCACCTC CTGCTGCTGG
CCCGCTGGGA GCACACGCCC CTTGTAATGC TGGGTGTCGT TGCAGGGGCG CTCATTGCTG
ACTTCTTGTC TGGCCTGGTG CACTGGGGAG CCGACACCTG GGGCTCCGTG GAACTGCCCA
TTGTGGGGAA GGCTTTCATC CGACCCTTCC GAGAGCATCA CATCGACCCA ACAGCCATTA
CAAGGCATGA CTTCATCGAG ACCAATGGGG ACAACTGCCT GGTGACGCTC CTGCCACTGT
TAAACATGGC CTACAAGTTC CGCACCCAGA GCCCAGAAGC CCTGGAGCAG CTGTACCCCT
GGGAATGCTT CATCTTCTGC CTGGTCATCT TTGTCACCTT CACCAATCAG ATCCACAAGT
GGTCGCACAC ATACTTTGGG CTGCCGAGCT GGGTCATCCT CCTGCAGGAC TGGCATGTCA
TCCTGCCCCG TAAACATCAT CGCATCCACC ATGTCTCACC CCACGAGACC TACTTCTGCA
TCACCACAGG CTGGCTCAAC TACCCTCTGG AGAAGATGGG CTTCTGGCGA CGCCTAGAAG
ACATCATCCA AGGCCTGACA GGCGAGAAGC CTCGGGCGGA CGACATGAAA TGGGCACAGA
AGATTAAATA AGTCGTCTGT GCCGCCACCT TATTGCCAAC CTTCCCCAGC TCCCCTAAAA
CGAAGCCATC TGCCAAATTC CAGCCTCTTG CACTGGCCCC TCTAGGTGGA GAGGACATCT
CCTGGGCTGG GGCCCCAGCA CCCCCGCCCC ACCCTTGTGA ACGAGAATAC TTGAGCAACT
GGTTTTT


SNP mapping information
SNP IDRel.Chr.Location (cM)


Assembly Overview:      TOP
Change score limit to  


BLAST on RefSeq (Human):      TOP

LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTMEM189transmembrane protein 189 isoform 1 [Homo sapiens]. 548e-156O
Contig/Assembly ProteinTMEM189transmembrane protein 189 isoform 2 [Homo sapiens]. 537e-153O
Contig/Assembly ProteinTMEM189-UBE2V1TMEM189-UBE2V1 fusion protein [Homo sapiens]. 468e-132O


BLAST on RefSeq (Mouse):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTmem189transmembrane protein 189 [Mus musculus]. 542e-154O


BLAST on RefSeq (Dog):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinLOC611401PREDICTED: similar to ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1 [Canis familiaris]. 2611e-69O


BLAST on RefSeq (Cattle):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTMEM189transmembrane protein 189 [Bos taurus]. 554e-158O


BLAST on RefSeq (Pig):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTMEM189transmembrane protein 189 [Sus scrofa]. 582e-166O


Assembly Members: 253      TOP
LibraryPlateLoc.Read NameAccessionFull Seq.
ADR010010E09ADR01_0010_E09.bDB782417 
ADR010028C09ADR01_0028_C09.bDB783949 
ADR010029E02ADR01_0029_E02.bDB784056 
ADR010035H12ADR01_0035_H12.bDB784642 
ADR010037F01ADR01_0037_F01.bDB784790 
ADR010039G01ADR01_0039_G01.bDB784985 
ADR010054E01ADR01_0054_E01.bDB786312 
ADR010062C10ADR01_0062_C10.bDB787017 
ADR010084G01ADR01_0084_G01.bDB788993 
ADR010090C09ADR01_0090_C09.bDB789480 
BFLT10028C06BFLT1_0028_C06.bFS642268 
BFLT10028F10BFLT1_0028_F10.bFS642302 
BFLT10075D03BFLT1_0075_D03.bFS645935 
BFLT10103H11BFLT1_0103_H11.bHX202023 
BFLT10105A03BFLT1_0105_A03.bHX202108 
BFLT10115D12BFLT1_0115_D12.bHX202984 
BFLT10138A05BFLT1_0138_A05.bHX204711 
CBLT10083G06CBLT1_0083_G06.bHX217773 
CBLT10087H03CBLT1_0087_H03.bHX218095 
CLNT10006C07CLNT1_0006_C07.bFS657504 
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CLNT10150F04CLNT1_0150_F04.bHX223027 
HTMT10063C10HTMT1_0063_C10.bFS668686 
ILNT10061E10ILNT1_0061_E10.bHX231592 
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ITT010069C01ITT01_0069_C01.bBW982130 
ITT010072H01ITT01_0072_H01.bFS671339 
ITT010077G11ITT01_0077_G11.bBW982877 
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ITT010093G08ITT01_0093_G08.bBW984291 
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KDN010093A04KDN01_0093_A04.bFS677800 
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LNG010105D04LNG01_0105_D04.bBP436273 
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OVRT1_0139_H01.b : ccnnnnnnncccgttagcgttacgaggxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
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PTG01_0046_A08.b : TTTGTCACCTT*CACCAATCAGATCCACAAGTGGTCGCACACAT*ACTTTGGGCTGCCG*
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 802
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TES01_0085_D07.b : ggtcatcctcctgcaggacttgcatggcttcctgccccctaaacttcttccccttcccca
TES01_0075_D01.b : acttggtcatccccctggcaggaatgggatgtcttcctggcccgtaaaattcttcccatc
TES01_0077_D02.b : ACCTGGGTCTTCCTCCTGCA*GGACTGGCATGGTCTCCTGGCCCC*GTAAAAATC*ATCc
TES01_0098_G09.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GGTAACCTC*TTCG
TES01_0104_E04.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTTAACATC*ATCC
TES01_0045_D10.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*AGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*TTCG
TES01_0090_F04.b : AGCTGGGTCATCCCTCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAA*CATC*ATCG
TES01_0040_C06.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*AGACTGG*CATGTCCTCCTGCCCC*GTATACATC*ATCG
TES01_0073_C09.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAA*CATC*ATCG
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KDN01_0021_H01.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
TES01_0032_B06.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCTCC*GTTAACATC*ATCG
TES01_0060_A01.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
PST01_0053_A04.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
SKNB1_0044_B02.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
SKNB1_0046_G08.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
SKNB1_0038_H06.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
TES01_0041_H12.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
SKNB1_0091_D10.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
LNG01_0081_B10.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*CGTAACATC*ATCG
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TES01_0080_G02.b : aactgggtcatcctccctgcaggaatgggattgtattcctgcccccttaaaattattccc
TES01_0005_E08.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
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SPL01_0002_D05.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CACGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
THY01_0118_G01.b :
ADR01_0028_C09.b : ACCTGGTTCTCCCCCCGGCA*GGACTGG*CATGTCCTCCTGCCCCCGTAAACtttatctc
OVRM1_0040_G05.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
OVR01_0066_D10.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCC*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCCCG*AAACATC*ATCC
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SMG01_0100_C04.b : tcccccgggaagaaggggagggtccccggccccgaaaaacttttcgcatcccccggtttc
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SMG01_0086_A07.b : ggggtctcctcctgcaggctggcatggcatcctgccccgaaaaaatcttccttcccccat
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PTG01_0010_C02.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*NGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
PTG01_0051_F05.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
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PTG01_0025_D09.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTNA*CATC*ATCG
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TCH01_0042_C03.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
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ITT01_0049_F02.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
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LNG01_0065_G10.b : AGCTGGGTCATCCTCCTGCA*GGACTGG*CATGTCATCCTGCCCC*GTAAACATC*ATCG
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 856
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 912
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PBL01_0065_C01.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGCTTCT*GGCGACGCCTAGAA*GACATCATCCANG
ADR01_0084_G01.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGCTTCT*GGCGACGCCTAGAA*GACATCATCCANG
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LNG01_0072_A10.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGCTTCT*GGCGACGCCTAGAA*GACATCATCCANG
LNG01_0073_C07.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGTTTCG*GGCGACGCCTAGAA*GACTTCGTCCAAG
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LVR01_0011_C02.b : CAACTACCCT*CTGGAGGAGAT*GGGCTTCT*GGGGACGCCCTAGA*GACATCATCCAAG
LNG01_0010_A11.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGCTTCT*GGCGACGCCTAAAA*GACATCATCCCAG
HTMT1_0063_C10.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGCTTCT*GGCGACGCCTAGAA*GACATCATCCNAA
SMG01_0100_C04.b : agggttttttgggcgccccccaaaaaaattctccccggggggtggggggggaaaaccccc
PTG01_0085_A07.b : atccccctctggaaaaaaaggggcttccgggggacccccataaaaaatctctcccggggc
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TES01_0082_A10.b : acctaccccctggaaaagaagtggcttctggcgacccctagaaaaattcatccctaggcc
OVRT1_0139_H01.b : taccctttgggaaaaaaggggcttttggcaacccctaaaaaaattccccccagggctgga
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PTG01_0086_F09.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAA*GGGCTTCT*GGCGACCCCcaaaaaaactcatcaaggc
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SKNB1_0009_A01.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGCTTCT*GGCGACCCCTAGAA*GACATCATCCAAG
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ILNT1_0061_E10.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGCTTCT*GGCGACGCCT*GAA*AACATCATCCAgg
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CBLT1_0083_G06.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGCTTCT*GGCGACGCCTAGAA*GACATCATCCAAG
UTR01_0037_F12.b : CAACTACCCT*CTGGAGAAGAT*GGGCTTCT*GGCGACGCCTAGAA*GACATCATCCAAG
LNG01_0100_H10.b : CAACTACCCT*CTGGAGAACAT*GGGCTTCT*GGCGACACCTA*AA*CACATCATCCCAA
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
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TES01_0081_G02.b : tgaccgggttaaaatcccctgtggggatcatctgtaattgggtccctaaaatttaaataa
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