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[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]

Assembly Name:  20110601C-001549

Length: 1,237

Sequence [FASTA format sequence]
ACATAGGCCG TCTTCAGCCG CAGCATCGAG TCGGCCTTGT TGGCCACATA GGCCGTCTTC
AGCCGCAGCA TCGAGTCGGC CGTCTTCAGC CGCAGCATCG AGTCGGCCTT GTTGCCCGAG
CACAAAACAG CATCCCCACT CACACTTGTG AAGAGAAAGC AGAACTCAGA TCCTTCTCAG
ATCCAACCAA CCAGGAGGAG GGCGCCCTGG CAGAGGACAG GCACCACAGC CACCTGGAGG
TGGCTGAGCC CCTGTGTCCC AGCAGGCACC ATGAAGTTAA CCCTAGGAAG ACAGAAGAAG
CCAAGAGATG AAGAAAATCC CCATGCTCCG AAGTCGCCCG GACAGACCCC GACTGCAAGG
AGAGAGGCCG CTGCTACCTG CTCGCAGCCC CCGGGCCCCA CGCCCTGCTC CTGGTGACCC
AGCTGGGCCG CTTCACGGCC CAGGACCAGC AGGCCTGGAG GGGGGTGAAG GCGCTGTTCG
GGGACGGGGT CTCGGCGCAC ACGATCGTGG TCTTCACCCG CAAGGAGGAC CTGGCGGAGG
GCTCCCTGCA GGACTACGTG CGCGACAGCG AGAACCAGGC GCTCAGGCAG CTGGTGGCCG
AGTGCGGGGG CCGCGTCTGC GCCTTTAACA ACCGCGCCAC GGGTCCCGAG CAGGAGGCGC
AGGTGACGGA GCTGATGAGG CTGGTGGAGG ATCTGGTGAG GGACCGCGGC GGCGCCCCCT
ACACCAACGA CGTGTACCAC CTGGCGCAGG CCCTGGGCGG CGTGAGCCCG GAGGAGAGGC
TCCGCAAGGT GGCGGAGCGA GTGGCACAGA AGCAGCAGGG GTGCTGCCTG CAGAGGTTCC
TGTGTGAGAA GCCGAAGGCT CAGAGGACCT GGTGGGCGCT GGCCCTGGCT GTGCTGGCCA
TCGTGATCCT GATAGCCCTG TTCTTTTTCA AAGGTCCGTA GTCAGGGTTC TCTTAAGTCT
GGTCTAAACA CTAAACACTA CTCCCACCTG AAGCGGGATT TCAAAAGCAT CTGTTTTAAA
GCTTCTCATT CACTGTAGTG AACAGCGTTT CAAATAATCG CATGGGGAGT ACCTGTTGTG
GCTCTTCGAG TTAAGGACCC CGCCAGTTGT CTTCTTGAGG ATGGGTCTTT GCTTCCTGGT
CTCCTTCATG GGGTCAGAAA AGGGCCTTGG CAGCAACGTG CAGGTGAACG TCTCAAAGGG
GCTCACATCT GGTGTTGCCT ATGGCTGTGG TGTTGGC


SNP mapping information
SNP IDRel.Chr.Location (cM)


Assembly Overview:      TOP
Change score limit to  


BLAST on RefSeq (Human):      TOP

LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinGIMAP1GTPase IMAP family member 1 [Homo sapiens]. 2019e-52O
Contig/Assembly ProteinGIMAP2GTPase IMAP family member 2 [Homo sapiens]. 1472e-35O
Contig/Assembly ProteinGIMAP6GTPase IMAP family member 6 [Homo sapiens]. 1234e-28O
Contig/Assembly ProteinGIMAP5GTPase IMAP family member 5 [Homo sapiens]. 1103e-24O
Contig/Assembly ProteinGIMAP1-GIMAP5GIMAP1-GIMAP5 protein [Homo sapiens]. 1103e-24
Contig/Assembly ProteinGIMAP8GTPase IMAP family member 8 [Homo sapiens]. 1072e-23
Contig/Assembly ProteinGIMAP7GTPase IMAP family member 7 [Homo sapiens]. 97.13e-20O
Contig/Assembly ProteinGIMAP4GTPase IMAP family member 4 [Homo sapiens]. 90.14e-18O


BLAST on RefSeq (Mouse):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinGimap1GTPase IMAP family member 1 [Mus musculus]. 1789e-45O
Contig/Assembly ProteinGimap1GTPase IMAP family member 1 [Mus musculus]. 1789e-45O
Contig/Assembly ProteinGimap5GTPase IMAP family member 5 [Mus musculus]. 1303e-30O
Contig/Assembly ProteinGimap3GTPase IMAP family member 3 [Mus musculus]. 1303e-30O
Contig/Assembly ProteinGimap7GTPase, IMAP family member 7 [Mus musculus]. 1057e-23O
Contig/Assembly ProteinGimap6GTPase IMAP family member 6 [Mus musculus]. 1034e-22
Contig/Assembly ProteinGimap8GTPase IMAP family member 8 [Mus musculus]. 97.42e-20
Contig/Assembly ProteinGimap8GTPase IMAP family member 8 [Mus musculus]. 97.42e-20
Contig/Assembly ProteinGimap9GTPase, IMAP family member 9 [Mus musculus]. 897e-18O
Contig/Assembly ProteinGimap4GTPase IMAP family member 4 isoform a [Mus musculus]. 797e-15O


BLAST on RefSeq (Dog):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinLOC482795PREDICTED: similar to GTPase, IMAP family member 1 [Canis familiaris]. 1772e-44
Contig/Assembly ProteinLOC482797PREDICTED: similar to GTPase, IMAP family member 5 [Canis familiaris]. 1403e-33O
Contig/Assembly ProteinLOC482798PREDICTED: similar to GTPase, IMAP family member 5 [Canis familiaris]. 1372e-32O
Contig/Assembly ProteinLOC610898PREDICTED: similar to GTPase, IMAP family member 7 [Canis familiaris]. 1143e-25O
Contig/Assembly ProteinLOC482794PREDICTED: similar to GTPase, IMAP family member 8 [Canis familiaris]. 98.21e-20
Contig/Assembly ProteinLOC475533PREDICTED: similar to GTPase, IMAP family member 4 (Immunity-associated protein 4) (Immunity-associated nucleotide 1 protein) (hIAN1) [Canis familiaris]. 89.47e-18O
Contig/Assembly ProteinLOC482796PREDICTED: similar to GTPase, IMAP family member 6 isoform 1 [Canis familiaris]. 77.82e-14


BLAST on RefSeq (Cattle):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinGIMAP1PREDICTED: GTPase, IMAP family member 1-like isoform 2 [Bos taurus]. 2294e-60O
Contig/Assembly ProteinGIMAP1PREDICTED: GTPase, IMAP family member 1-like isoform 2 [Bos taurus]. 2294e-60O
Contig/Assembly ProteinGIMAP1PREDICTED: GTPase, IMAP family member 1-like isoform 1 [Bos taurus]. 2294e-60O
Contig/Assembly ProteinGIMAP1PREDICTED: GTPase, IMAP family member 1-like isoform 1 [Bos taurus]. 2294e-60O
Contig/Assembly ProteinGIMAP1GTPase, IMAP family member 1 [Bos taurus]. 2262e-59O
Contig/Assembly ProteinLOC530077PREDICTED: GTPase, IMAP family member 1-like isoform 2 [Bos taurus]. 1225e-28O
Contig/Assembly ProteinLOC530077PREDICTED: GTPase, IMAP family member 1-like isoform 1 [Bos taurus]. 1225e-28O
Contig/Assembly ProteinLOC530077PREDICTED: GTPase, IMAP family member 1-like isoform 2 [Bos taurus]. 1225e-28O
Contig/Assembly ProteinLOC530077PREDICTED: GTPase, IMAP family member 1-like [Bos taurus]. 1225e-28O
Contig/Assembly ProteinLOC511617GTPase, IMAP family member 5-like [Bos taurus]. 1156e-26O


BLAST on RefSeq (Pig):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinLOC100518703PREDICTED: GTPase IMAP family member 1-like [Sus scrofa]. 3478e-96O
Contig/Assembly ProteinLOC100519177PREDICTED: GTPase IMAP family member 1-like isoform 2 [Sus scrofa]. 2985e-81O
Contig/Assembly ProteinLOC100523477PREDICTED: GTPase IMAP family member 2-like [Sus scrofa]. 1362e-32
Contig/Assembly ProteinLOC100627300PREDICTED: GTPase IMAP family member 6-like [Sus scrofa]. 1123e-25
Contig/Assembly ProteinLOC100626896PREDICTED: nitric oxide synthase, endothelial-like [Sus scrofa]. 90.12e-18
Contig/Assembly ProteinLOC100518161PREDICTED: GTPase IMAP family member 7-like [Sus scrofa]. 90.12e-18O
Contig/Assembly ProteinLOC100518347PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: GTPase IMAP family member 4-like [Sus scrofa]. 68.29e-12O


Assembly Members: 180      TOP
LibraryPlateLoc.Read NameAccessionFull Seq.
CLNT10001F01CLNT1_0001_F01.bFS657136 
CLNT10007H09CLNT1_0007_H09.bFS657634 
CLNT10008G10CLNT1_0008_G10.bFS657710 
CLNT10025H03CLNT1_0025_H03.bFS659062 
CLNT10028C08CLNT1_0028_C08.bFS659245 
CLNT10047G01CLNT1_0047_G01.bFS660794 
CLNT10071D03CLNT1_0071_D03.bFS662668 
CLNT10071F11CLNT1_0071_F11.bFS662694 
CLNT10090G07CLNT1_0090_G07.bFS663587 
CLNT10091F01CLNT1_0091_F01.bFS663644 
CLNT10093B04CLNT1_0093_B04.bFS663769 
CLNT10103F12CLNT1_0103_F12.bHX219399 
CLNT10106G10CLNT1_0106_G10.bHX219646 
CLNT10109H03CLNT1_0109_H03.bHX219878 
CLNT10119E06CLNT1_0119_E06.bHX220626 
CLNT10128C06CLNT1_0128_C06.bHX221286 
CLNT10132D09CLNT1_0132_D09.bHX221607 
CLNT10141G02CLNT1_0141_G02.bHX222328 
CLNT10152B05CLNT1_0152_B05.bHX223146 
ITT010017F07ITT01_0017_F07.bBW977554 
ITT010024C06ITT01_0024_C06.bBW978153 
ITT010033B05ITT01_0033_B05.bBW978944 
ITT010040B06ITT01_0040_B06.bBW979578 
ITT010049D01ITT01_0049_D01.bBW980328 
ITT010062A02ITT01_0062_A02.bBW981472 
ITT010067B01ITT01_0067_B01.bBW981933 
ITT010080G08ITT01_0080_G08.bBW983141 
ITT010090G08ITT01_0090_G08.bBW984027 
ITT010095H02ITT01_0095_H02.bBW984480 
ITT010101C07ITT01_0101_C07.bBW984975 
KDN010048D12KDN01_0048_D12.bFS674433 
KDN010081D02KDN01_0081_D02.bFS676872 
LNG010001E06LNG01_0001_E06.bBP437343 
LNG010006B09LNG01_0006_B09.bBP434634 
LNG010014G11LNG01_0014_G11.bBP439787 
LNG010024E07LNG01_0024_E07.bBP437445 
LNG010027H10LNG01_0027_H10.bBP440708 
LNG010028E02LNG01_0028_E02.bBP437025 
LNG010036D06LNG01_0036_D06.b  
LNG010047G03LNG01_0047_G03.bBP439154 
LNG010060B01LNG01_0060_B01.bBP434017 
LNG010060B02LNG01_0060_B02.bBP434092 
LNG010061D01LNG01_0061_D01.bBP435979 
LNG010076B03LNG01_0076_B03.bBP434181 
LNG010081E06LNG01_0081_E06.bBP437402 
LNG010083F07LNG01_0083_F07.bBP438514 
LNG010093F02LNG01_0093_F02.bBP438104 
LNG010100H08LNG01_0100_H08.bBP440598 
LNG010107H04LNG01_0107_H04.bBP440288 
LVR010022F07LVR01_0022_F07.bBP445887 
LVR010026D12LVR01_0026_D12.bBP444509 
LVR010068G05LVR01_0068_G05.b  
LVR010096F05LVR01_0096_F05.bBP445790 
LVR010097G03LVR01_0097_G03.bBP446531 
LVR010101F03LVR01_0101_F03.bBP445647 
LVRM10008A10LVRM1_0008_A10.bBP137836 
LVRM10024B05LVRM1_0024_B05.bBP138116 
LVRM10035H11LVRM1_0035_H11.bBW962826 
LVRM10074E08LVRM1_0074_E08.bBP139647 
MLN010011C02MLN01_0011_C02.bCJ008546 AK346559
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MLN010055E07MLN01_0055_E07.bCJ011973 
MLN010058B02MLN01_0058_B02.bCJ012186 
MLN010058C01MLN01_0058_C01.bCJ012196 
MLN010059E04MLN01_0059_E04.bCJ012294 
MLN010060D06MLN01_0060_D06.bBW963656 
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MLN010102B08MLN01_0102_B08.bCJ015865 
OVR010001G12OVR01_0001_G12.bBP144358 
OVR010041B12OVR01_0041_B12.bBP142114 AK234302
OVR010075F10OVR01_0075_F10.bBW966318 
OVRM10004D10OVRM1_0004_D10.bBP458202 
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OVRT10043E08OVRT1_0043_E08.bFS689922 
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OVRT10083A02OVRT1_0083_A02.bFS693131 
OVRT10091A01OVRT1_0091_A01.bFS693783 
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OVRT10097H02OVRT1_0097_H02.bFS694356 
OVRT10107H12OVRT1_0107_H12.bHX235403 
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PBL010020B11PBL01_0020_B11.bBW969716 
PBL010026B06PBL01_0026_B06.bBP155358 
PBL010033A07PBL01_0033_A07.bBP155131 
PBL010034F04PBL01_0034_F04.bBP156069 
PBL010037G06PBL01_0037_G06.bBW970263 
PBL010039B08PBL01_0039_B08.bBW970332 
PBL010039F06PBL01_0039_F06.bBW970373 
PBL010039F08PBL01_0039_F08.bBW970375 
PBL010042B07PBL01_0042_B07.bBW970525 
PBL010045C02PBL01_0045_C02.bBP155507 
PBL010045G08PBL01_0045_G08.bBW970785 
PBL010048D08PBL01_0048_D08.bBW970909 
PBL010050D12PBL01_0050_D12.bBW971051 
PBL010054C03PBL01_0054_C03.bBW971271 
PBL010067A01PBL01_0067_A01.bBW972140 
PBL010067A02PBL01_0067_A02.bBW972141 
PBL010072E05PBL01_0072_E05.bBW972574 
PBL010074B10PBL01_0074_B10.bBW972719 
PBL010076G09PBL01_0076_G09.bBW972948 
PBL010079F01PBL01_0079_F01.bBW973198 
PBL010081F11PBL01_0081_F11.bBW973391 
PBL010082A04PBL01_0082_A04.bBW973418 
PBL010084B03PBL01_0084_B03.bBW973604 
PBL010088H06PBL01_0088_H06.bBW974030 
PBL010091D07PBL01_0091_D07.bBW974251 
PBL010098A06PBL01_0098_A06.bBW974748 
PBL010100A01PBL01_0100_A01.bBW974925 
PBL010101B02PBL01_0101_B02.bBW975024 
PBL010101H12PBL01_0101_H12.bBW975101 
PBL010104G04PBL01_0104_G04.bBW975363 
PCT010028G10PCT01_0028_G10.bFS696528 
PST010032H08PST01_0032_H08.bFS699390 
PST010041H02PST01_0041_H02.bFS700083 
PST010095B04PST01_0095_B04.bFS704328 
PTG010003G08PTG01_0003_G08.bFS704973 
PTG010084H08PTG01_0084_H08.bFS711586 
SPL010003C01SPL01_0003_C01.bBP157322 
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SPL010037F06SPL01_0037_F06.bBP158537 
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SPL010064H12SPL01_0064_H12.bCJ018834 
SPL010074D03SPL01_0074_D03.bCJ019670 
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SPL010089G03SPL01_0089_G03.bCJ021058 
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SPL010092B12SPL01_0092_B12.bCJ021282 
SPL010098E10SPL01_0098_E10.bCJ021852 
SPL010098G03SPL01_0098_G03.bCJ021867 
SPL010100E08SPL01_0100_E08.bCJ022019 
TCH010011E06TCH01_0011_E06.bCJ023272 
TCH010020H11TCH01_0020_H11.bCJ023948 
TCH010029F10TCH01_0029_F10.bCJ024608 AK399315
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 931
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