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[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]

Assembly Name:  20110601C-002531

Length: 1,798

Sequence [FASTA format sequence]
GCTTTTGTTT TGTTTTTAGT GTCCTGTTTA AACAGCTCTG TTTTCCAAGG GTCATATGAC
CGCTCCTCCT CCACCCCCGC AGGCCAGGGG CGGGTGGGGC GCGGGCCGCC GTGGGTGTTG
CAACGTCGGC CCACAAAGTG GGAGATCAGC TGTCGGGCGG CGGCCACGTG ACCCGCCCCG
GGAATAAATG GACCGCGCGG CCAGCGCTCG GGACCGTCGG CCTCCCGCCT CCTCGACCCC
GTCGCGAGCT GTCGGAGCAG CCAGCCCCGG AGCCCTCCCC GAGCGCCGCG CCGCCGCAGC
ATGGAGCACT CACAGCCCAA CAGCATGCCC CAGGATTTGT CAGAGGCCCT GAAGGAGGCC
ACCAAGGAGG TGCACGTCCA GGCTGAGAAT GCCGAGTTCA TGAAGAACTT TCAGAAGGGC
GAGGTCACCC GAGAAGGCTT TAAGCTGGTG ATGGCGTCCT TGTACCACAT CTACGATGCC
CTGGAGGAGG AGATTGAGCA CAACAAGGAG AACCCGGTCT ACACGCCCCT CTACTTCCCG
GAAGAGCTGC ACCGCCGGGC CGCCCTGGAG CAGGACATGG CCTTCTGGTA TGGGCCCCGC
TGGCAGGAGG CCATCCCCTA CACGCAGGCC ACCAAGCGCT ACGTGCGGCG ACTGCAGCAG
GTGGGGCGCT TCGAGCCCGA GCTGCTGGTG GCCCACGCCT ACACCCGCTA CATGGGTGAC
CTGTCTGGGG GCCAGGTCCT CAAGAAGATC GCTCAGAAGG CCCTGGACCT GCCCAGCTCC
GGGGAGGGCC TGGCCTTCTT CACTTTCCCC AATGTCGCCA ACGCCACCAA GTTCAAGCAG
CTGTACCGCT CCCGAATGAA CACTCTGGAG ATGACCCCCG AGGTCAAGCA GAGGGTCCTC
GAAGAAGCCA AGACCGCCTT CCTGCTCAAC ATTCAGCTGT TTGAGGAGGT GCAGGAGCTG
CTGACCCAGG ACACTAAGGA CCAGAGACCC TCGCAGGCAT CCGACGTCCG CAAGAGGGCC
GGCAGCCGGG TGCAAGACTC CACTCCCGTG ACAACCCCCA GGGGGAAGCC GCAGCTCAGC
GTCCTCTCCC AGGTGCCGCT CGTCCGATGG GTCCTGACAC TCAGCTTTCT GGTGGCAACG
GTCGCCATGG GGCTTTATGC CATGTGAATG CAACCCTGTG AATGCAACCG TGCTGGCTCC
TGGGGGCCGT GAACTCTGCC TGGAGAGGGA TGGTCTCTTG ACTGGCTTCC TTGTTGGGCA
TGTGGGGGTC GGGGGAGGCT CTGAGGGCCC CTGCCCTCTC CCTGCGTCCC TCCCTCTCGC
TGGAAAAAAG GAGTCTGTGG CATCTTTCCC AACCAAGAGC ACATGCAGCC AGTGCCCTGA
ACTTCAGAGA GGGACAAGGG GTCCAGCATG GCCCCCTCGC ACCCTCCCCG TCCCGTTCCT
GCAGCAGAGC CCAGAGAATG GAGCCAGCCA GAAGCCGCAG CTGTTTCTGA GCCTCCAAAC
ACCGCGGGTC CGCGGTCTCC CTTTTGACGT GCCTTGACTG CCTTCCTGTG GGCCGTGGCA
ATTTTTATAG AACTGTGCAA AGATGTTGTG TCTCGTGTTT CCGTCTTGTT TTTGTTGGAG
CCACTCTTCG TTCCTGGCTC AGCCTGAACT GTGGTATTTT GTTGTGTTCT GTTTTTATAG
CAAGGTGGGG TGAGGGGTGG GGAGGGAGCT GTTTTAACAG CACTGTGGCC TTGGTCACTA
ACTTTTATGT GAAGTAATAA AGTACATGGC CTGATAGTAA AAAAAAAAAA AAAAAAAA


SNP mapping information
SNP IDRel.Chr.Location (cM)


Assembly Overview:      TOP
Change score limit to  


BLAST on RefSeq (Human):      TOP

LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinHMOX1heme oxygenase 1 [Homo sapiens]. 486e-137O
Contig/Assembly ProteinHMOX2heme oxygenase 2 [Homo sapiens]. 2542e-67O
Contig/Assembly ProteinHMOX2heme oxygenase 2 [Homo sapiens]. 2542e-67O
Contig/Assembly ProteinHMOX2heme oxygenase 2 [Homo sapiens]. 2542e-67O
Contig/Assembly ProteinHMOX2heme oxygenase 2 [Homo sapiens]. 2542e-67O


BLAST on RefSeq (Mouse):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinHmox1heme oxygenase 1 [Mus musculus]. 462e-130O
Contig/Assembly ProteinHmox2heme oxygenase 2 [Mus musculus]. 2528e-67O
Contig/Assembly ProteinHmox2heme oxygenase 2 [Mus musculus]. 2528e-67O


BLAST on RefSeq (Dog):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinHMOX1heme oxygenase 1 [Canis lupus familiaris]. 503e-142O
Contig/Assembly ProteinLOC479864PREDICTED: similar to Heme oxygenase 2 (HO-2) isoform 2 [Canis familiaris]. 2565e-68O
Contig/Assembly ProteinLOC479864PREDICTED: similar to Heme oxygenase 2 (HO-2) isoform 1 [Canis familiaris]. 2481e-65O


BLAST on RefSeq (Cattle):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinHMOX1heme oxygenase 1 [Bos taurus]. 491e-139O
Contig/Assembly ProteinHMOX2heme oxygenase (decycling) 2 [Bos taurus]. 2594e-69O


BLAST on RefSeq (Pig):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinHMOX1heme oxygenase 1 [Sus scrofa]. 572e-163O
Contig/Assembly ProteinHO2PREDICTED: heme oxygenase 2 [Sus scrofa]. 2563e-68O


Assembly Members: 44      TOP
LibraryPlateLoc.Read NameAccessionFull Seq.
BFLT10037B07BFLT1_0037_B07.bFS642993 
BMWN10023B03BMWN1_0023_B03.bHX206947 
HTMT10109E08HTMT1_0109_E08.bHX223863 
ILNT10086C10ILNT1_0086_C10.bHX233612 
LNG010066C08LNG01_0066_C08.bBP435572 AK345586
LNG010100D10LNG01_0100_D10.bBP436738 
LVR010047D10LVR01_0047_D10.bBP444373 
OVRM10132D10OVRM1_0132_D10.bBP149698 
OVRT10117D04OVRT1_0117_D04.bHX236193 
SPL010005F11SPL01_0005_F11.bBP158652 AK350176
SPL010011E07SPL01_0011_E07.bBP158198 
SPL010021C04SPL01_0021_C04.bBP157426 
SPL010021C06SPL01_0021_C06.bBP157486 
SPL010031C03SPL01_0031_C03.bCJ016409 
SPL010031C09SPL01_0031_C09.bCJ016413 
SPL010036H01SPL01_0036_H01.bBP159063 
SPL010038G03SPL01_0038_G03.bBP158788 
SPL010044B07SPL01_0044_B07.bCJ016948 
SPL010052H12SPL01_0052_H12.bCJ017748 
SPL010054E11SPL01_0054_E11.bCJ017889 
SPL010071F02SPL01_0071_F02.bCJ019422 
SPL010081G05SPL01_0081_G05.bCJ020345 
SPL010082A10SPL01_0082_A10.bCJ020372 
SPL010088B03SPL01_0088_B03.bCJ020917 
SPL010091D08SPL01_0091_D08.bCJ021208 
SPL010091E06SPL01_0091_E06.bCJ021218 
SPL010093A12SPL01_0093_A12.bCJ021358 
SPL010096E02SPL01_0096_E02.bCJ021666 
SPL010099E10SPL01_0099_E10.bCJ021941 
SPL010101H09SPL01_0101_H09.bCJ022135 
SPL010103G02SPL01_0103_G02.bCJ022286 
SPLT10002B02SPLT1_0002_B02.bHX239361 
SPLT10012B11SPLT1_0012_B11.bHX240112 
SPLT10014A03SPLT1_0014_A03.bHX240238 
SPLT10016H07SPLT1_0016_H07.bHX240468 
SPLT10025C09SPLT1_0025_C09.bHX241129 
SPLT10048H12SPLT1_0048_H12.bHX242978 
SPLT10062D01SPLT1_0062_D01.bHX244001 
SPLT10070B09SPLT1_0070_B09.bHX244626 
SPLT10081B11SPLT1_0081_B11.bHX245497 
SPLT10082D11SPLT1_0082_D11.bHX245596 
SPLT10098A05SPLT1_0098_A05.bHX246809 
TES010040E08TES01_0040_E08.bCJ032607 
TES010069D03TES01_0069_D03.bCJ034454 

  

SNPs: 6      TOP
Loc.AlleleIndividualsFreq.TypeAA Change
WesternMeishan
325A2510.722WNATG/M
G1000.278GTG/V
495C1600.410WSATC/I
T2210.590ATT/I
525A1310.350WSACA/T
G2600.650ACG/T
750C2210.590WSATC/I
T1600.410ATT/I
1020C400.571WSGCC/A
T300.429GCT/A
1071A300.429WSCCA/P
G400.571CCG/P


Alignment:      TOP

20110601C-002531 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
BFLT1_0037_B07.b : ggatccgtcagcgnaggxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
HTMT1_0109_E08.b :
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20110601C-002531 : ............GCTTTTGTTTTGTTTTTAGTGTCCTGTTTAAACAGCTCTGTTTTCCAA
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 48
BFLT1_0037_B07.b : xxxxxxxxxxxtGCTTTTGTTTTGTTTTTAGTGTCCTGTTTAAACAGCTCTGTTTTCCAA
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 108
BFLT1_0037_B07.b : GGGTCATATGACCGCTCCTCCTCCACCCCCGCAGGCCAGGGGCGGGTGGGGCGCGGGCCG
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ILNT1_0086_C10.b :
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20110601C-002531 : CCGTGGGTGTTGCAACGTCGGCCCACAAAGTGGGAGATCAGCTGTCGGGCGGCGGCCACG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 168
BFLT1_0037_B07.b : CCGTGGGTGTTGCAACGTCGGCCCACAAAGTGGGAGATCAGCTGTCGGGCGGCGGCCACG
HTMT1_0109_E08.b : nnttggagggtacgacgxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPLT1_0012_B11.b : nnnnnccgagtagag
SPLT1_0014_A03.b : nnnncgcaggtagag
SPLT1_0016_H07.b : nnnttgcaagtacgag
BMWN1_0023_B03.b : tttttccgaggtacgacg
SPLT1_0062_D01.b : nnnggtgacggtagagg
SPL01_0031_C09.b : nnnnggctaggactatnacxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPLT1_0082_D11.b : nnnncgcggtagacg
SPLT1_0002_B02.b : nnnnggcagtagagg
SPLT1_0070_B09.b : nnnccgcggtagaxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0044_B07.b : ttttggctaggacttagacagtttgtcxxxxxxxxx
SPLT1_0048_H12.b : nnnttagcgagtagac
ILNT1_0086_C10.b : nnaaagcgagagacg
OVRT1_0117_D04.b : nnnnccgttagcgnacgxxxxxxxxxxx
SPL01_0031_C03.b : nnnaagctaggactatnacxxxxxxxxxxxxxx
OVRM1_0132_D10.b : nagttgtcxxxxxxxx
SPL01_0021_C04.b : gxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0021_C06.b : gttggacctattagxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
LVR01_0047_D10.b : ggggggtagaacagcattgtgxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0011_E07.b : txxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0101_H09.b : nntttgctagtgacttgacxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0096_E02.b : nnntttgcttggactatnacxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0052_H12.b : ntttgtgcttggactatgacagtttgtacxxxxxxx
SPL01_0091_D08.b : nnnnggctaggactatnacxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0005_F11.b : gcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0036_H01.b : tacgagcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
LNG01_0066_C08.b : nnnnnggctggacttgacagtttgtcxxxxxxxx
SPL01_0103_G02.b : nnnnagctagtgacttgacagtttgtacxxxxxxx
SPL01_0081_G05.b : nnnnggctaggacttanacxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0091_E06.b : nnnnggctaggactatgacxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0088_B03.b : nnnnggctaggactatnacxxxxxxxxxxxxxxxxx
TES01_0069_D03.b :
SPL01_0082_A10.b : nnnnggctaggactatnacxxxxxxxxxxxx
TES01_0040_E08.b :
SPL01_0038_G03.b : aaggcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0071_F02.b :
SPL01_0093_A12.b :
SPLT1_0025_C09.b :
SPL01_0054_E11.b :
SPL01_0099_E10.b :
LNG01_0100_D10.b :
SPLT1_0081_B11.b :
SPLT1_0098_A05.b :
20110601C-002531 : TGACCCGCCCCGGGAATAAATGGACCGCGCGGCCAGCGCTCGGGACCGTCGGCCTCCCGC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 228
BFLT1_0037_B07.b : TGACCCGCCCCGGGAATAAATGGACCGCGCGGCCAGCGCTCGGCACCGTCGGCCTCCCGC
HTMT1_0109_E08.b : xxxxxxxxxxxxxGAATAAATGGACCGCGCGGCCAGCGCTCGGCACCGTCGGCCTCCCGC
SPLT1_0012_B11.b : gxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCCTC
SPLT1_0014_A03.b : gccgtaxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCTGC
SPLT1_0016_H07.b : gcagtagtaxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCTCGC
BMWN1_0023_B03.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGCCCTCCCGC
SPLT1_0062_D01.b : ccgtaxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0031_C09.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxctgGACCGTCGGCCTCCCGC
SPLT1_0082_D11.b : ccgtaxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCCGC
SPLT1_0002_B02.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCCTC
SPLT1_0070_B09.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0044_B07.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCCGC
SPLT1_0048_H12.b : gxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCCGC
ILNT1_0086_C10.b : ccgtaxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCCGC
OVRT1_0117_D04.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGACCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0031_C03.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxACCGTCGGCCTCCCGC
OVRM1_0132_D10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0021_C04.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0021_C06.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
LVR01_0047_D10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0011_E07.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0101_H09.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0096_E02.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCCCCCGC
SPL01_0052_H12.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0091_D08.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
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SPL01_0036_H01.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
LNG01_0066_C08.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxtggggtCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0103_G02.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0081_G05.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0091_E06.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
SPL01_0088_B03.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCGTCGGCCTCCCGC
TES01_0069_D03.b : tttttcgcgttggctctgaCGTCGGCCTCC*GC
SPL01_0082_A10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCGTCGGCCTCCCGC
TES01_0040_E08.b : ttttttcctgcgttggctacgtcggcctCCGC
SPL01_0038_G03.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCGC
SPL01_0071_F02.b :
SPL01_0093_A12.b :
SPLT1_0025_C09.b :
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SPL01_0101_H09.b : CAGAGGGTCC*TCGAAG*AAGCCAAGACCGCCTTCCTGCTCAACATTCAGCTGTTTGAGG
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SPLT1_0081_B11.b :
SPLT1_0098_A05.b :
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HTMT1_0109_E08.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACACTAAGGACCAGAGACCCTCGCA*GCATCCGA
SPLT1_0012_B11.b : AGG*TGCAGGAACTGC*TGAacccagaaactaagggacagaaaaccctccgcaggcttcc
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SPLT1_0016_H07.b : AAG*TGCAGGAACTGC*TGACCCCGGACCCTAAGGACCAGAAACCCTCcgcggcattcca
BMWN1_0023_B03.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCANGACACTAAAGA*CAGAGACCCTCGCAGGCATCCGA
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ILNT1_0086_C10.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACACTAAAGACCAGAGACCCTCGCAGGCATCCGA
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SPL01_0031_C03.b : gtgcagacctgctgacccaggaccctaagaccaaagaccttcgcagggatccacgtcccc
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SPL01_0096_E02.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACACTAAGGACCAGAGACCCTCGCAGGCATCCGA
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SPL01_0091_D08.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACACTAAGGACCAGAGACCCTCGCAGGCATCCGA
SPL01_0005_F11.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACAC*AAGGACCAGAGACCCTCGCAGGCATCCGA
SPL01_0036_H01.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACACTAAGGACCAGAGACCCTCGCAGGCATCCGA
LNG01_0066_C08.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACACTAAGGACCAGAGACCCTCGCAGGCATCCGA
SPL01_0103_G02.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACACTAAGGACCAGAGACCCTCGCCAGCATCCGA
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SPL01_0071_F02.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACACTAAGGACCAGAGACCCTCGCAGGCATCCGA
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SPLT1_0025_C09.b : AGG*TGCAGGAGCTGC*TGACCCAGGACACTAAGGACCAGAGACCCTCGCAGGCATCCGA
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SPLT1_0081_B11.b :
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1064
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HTMT1_0109_E08.b : CGTCCGCAAGAGGGCC*GCAGCCCGGTGCAAGACTCCACTCCCGTGAACACCCCCAGGGG
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SPLT1_0014_A03.b : acttcccaaaaaggcccggcacccgggtgcaaaactccattcccggaaaaccccccaggg
SPLT1_0016_H07.b : acttccccaagagggcccggcacccgggtggcaaactcccctcccgcgaacaacccccag
BMWN1_0023_B03.b : CGTCCGCAAGAGGGCCCGCAGCCGGGTGCAAGACTCAACTCCCGTGACAACCCC*AGGGG
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