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[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]

Assembly Name:  20110601C-002936

Length: 1,382

Sequence [FASTA format sequence]
TGATCGTGAA GGTCCCTTCT GAGTAAGACT CCAGGGTGTG TTTATCCGGG TTTAAAACAT
TGGGAGCTTT GAGCGTGTGC TGGCTTGTTT CCTTTCTGGA ATTCTCCTGG GATATAATCA
AGACGCTTAC CTGGCTCTTT AAGTCAACTG TCTGGTCGAC TCAGGTGTGG GTGAAGCATA
AGGTGTGGGG AACAGCAGGG TTGTTTACAT TCCTTGCTTC TGAAAAGTCA CACGGGCCAC
CGGCAAGAAA TGAAAGTGAA ATCAGGGGAC AGTGTCACCA GTCAGCACAA ACGTGCCAGA
GTTCAGAGAG CTGTTTACTT AGGCACAACT GCGCCTGCCA GCCGGTCATA AGCTCGGGGC
TGCGTGCATC TGCCGCTCCC CTCTCCGCTG CCCCGGGTCT GGAGCCTGCC TTTGGGAAGC
CGGCGACAGA GATCGGACAG TCAACCGAAC CTGATTTCCT GCTCCTCCTC TTAGGAGCCT
TGTGTGGGTT CTGCATCTTC TTGTTTGTGC CCAGGAAGGC GGCGCTGTGA AGGGCGGGGA
GGATGCCCGC CCTCAGGTGG AGGCGCGGCG CCCAGCTGCT GTTCCCGGGC ATCGTGCTGC
TCACGGCCAC CGTCATCTTC CTGCTGTTCT ACGCGCTCCT CTGGAAGGCC GGCAACCTCG
TCGACCTGCC CGACCTCCGG ATCGGCTTCT ACAACTTCTG CCTCTGGAAC GAGGGCACGG
GCGCCCTGCA GTGCTACCAG TTCCCCGAGC TGGAAGCCCT GGGGGTGCCC CGAGTGGGCC
TGGCCCTGGC CAGGCTGGGC GTGTACGGGG CCCTGGTCCT CACCCTCTTC GTGCCGCTGC
CCCTCCTCCT GGCCTGGTGC AACCATCACG AGGGAGAGTG GCAGCTGGCG GTGGGCTTCC
TGGCCACGGC CTCCGCGCTG CTGGCCAGCG GCCTGGGCCT CTTCCTCACC TACACGTGGA
AGTGGCTCAG GCTCTCCCTC CTGGGGCCCG GCTTTCTAGC TCTGGGCGCT GCCCAGGCCT
TACTCATCCT CGCGCTTATG GCCACGGCTG TGTTCCCTCA GAGGGCAACG GACAAGAGCT
TGGCAGCTGC CAGTCCCGTC TAAAGGCTGA CGTGGTCGTA AGCGTTTGGT TTGAACCACG
CTCAGAGGAG GTGCCAGAGC ATTTCACAGG CTGGTCTATC TTCTCGGCCA TCCTGTTTCA
TAGCTACTGC TGATCTCGAG CTCGGGCAGA CAGGACCCAC CGCGGAGCGG GTGGGGCCCC
CCATGTTAAG GGGGAACAGA GGCAGTGCGG GCGGCCAGGG CTCCTTTGCT TCATAGTGTA
GGGCTGTCTG TCCCTCGGGC CTTCCAGGTT TCCTAGGAAC ACCCGGAAAC ACGCACCTCA
TT


SNP mapping information
SNP IDRel.Chr.Location (cM)


Assembly Overview:      TOP
Change score limit to  


BLAST on RefSeq (Human):      TOP

LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTMEM140transmembrane protein 140 [Homo sapiens]. 1542e-37O


BLAST on RefSeq (Mouse):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTmem140transmembrane protein 140 [Mus musculus]. 1426e-34O


BLAST on RefSeq (Dog):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinLOC608116PREDICTED: hypothetical protein XP_854718 isoform 3 [Canis familiaris]. 1872e-47O
Contig/Assembly ProteinLOC608116PREDICTED: hypothetical protein XP_844710 isoform 2 [Canis familiaris]. 1872e-47O


BLAST on RefSeq (Cattle):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTMEM140transmembrane protein 140 [Bos taurus]. 1812e-45O


BLAST on RefSeq (Pig):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinLOC100523705PREDICTED: transmembrane protein 140-like [Sus scrofa]. 2493e-66O


Assembly Members: 25      TOP
LibraryPlateLoc.Read NameAccessionFull Seq.
KDN010027G06KDN01_0027_G06.bFS673266 
KDN010059A03KDN01_0059_A03.bFS675094 
KDN010065C01KDN01_0065_C01.bFS675603 
LVR010057B12LVR01_0057_B12.bBP442749 
LVRM10103D11LVRM1_0103_D11.bBP451267 
LVRM10103H04LVRM1_0103_H04.bBP454020 
LVRM10126B01LVRM1_0126_B01.bBP448963 
LVRM10137C03LVRM1_0137_C03.bBP449886 
LVRM10173E12LVRM1_0173_E12.bCJ004907 
OVR010063F08OVR01_0063_F08.bBW965251 
OVRM10080B02OVRM1_0080_B02.bBP146291 
OVRM10123F07OVRM1_0123_F07.bBP151841 AK235896
OVRT10001B07OVRT1_0001_B07.bFS686431 
OVRT10144B05OVRT1_0144_B05.bHX238338 
PBL010005C01PBL01_0005_C01.bBW968732 AK236787
PBL010043G02PBL01_0043_G02.bBW970637 
PBL010054F01PBL01_0054_F01.bBW971302 
PBL010067F04PBL01_0067_F04.bBW972190 
PBL010076C11PBL01_0076_C11.bBW972904 
PBL010085D02PBL01_0085_D02.bBW973713 
PTG010023D11PTG01_0023_D11.bFS706426 
SPL010011A07SPL01_0011_A07.bBP156842 
SPLT10034H10SPLT1_0034_H10.bHX241870 
TES010062H08TES01_0062_H08.b  
UTR010079G11UTR01_0079_G11.bBP464665 

  

SNPs: 3      TOP
Loc.AlleleIndividualsFreq.TypeAA Change
WesternMeishan
582A360.360ONATC/I
T1510.640TTC/F
890A740.579WSGCA/A
G800.421GCG/A
1007C1000.714WSGGC/G
T220.286GGT/G


Alignment:      TOP

20110601C-002936 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
PBL01_0005_C01.b : nnnncccgataaacaxxxxxxxxxxxxxxxx
SPLT1_0034_H10.b :
TES01_0062_H08.b :
OVRM1_0123_F07.b :
OVRT1_0144_B05.b :
PBL01_0067_F04.b :
LVRM1_0103_H04.b :
OVRM1_0080_B02.b :
PBL01_0043_G02.b :
PBL01_0054_F01.b :
PBL01_0076_C11.b :
LVR01_0057_B12.b :
UTR01_0079_G11.b :
LVRM1_0126_B01.b :
LVRM1_0103_D11.b :
LVRM1_0137_C03.b :
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OVRT1_0001_B07.b :
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LVRM1_0173_E12.b :
PTG01_0023_D11.b : aggggggggcccccaccccctcttcggggggggggttggggggttttacaaccccttttg
20110601C-002936 : ............................TGATCGTGAAGGTCCCTTCTGAGTAAGACTCC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 32
PBL01_0005_C01.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxTGATCGTGAAGGTCCCTTCTGAGTAAGACTCC
SPLT1_0034_H10.b :
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UTR01_0079_G11.b :
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LVRM1_0137_C03.b :
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OVRT1_0001_B07.b :
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PTG01_0023_D11.b : cgcgtggtaaaggaaaaaaattttttctcccccccggtatttaccctggggaatttgttt
20110601C-002936 : AGGGTGTGTTTATCCGGGTTTAAAACATTGGGAGCTTTGAGCGTGTGCTGGCTTGTTTCC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 92
PBL01_0005_C01.b : AGGGTGTGTTTATCCGGGTTTAAAACATTGGGAGCTTTGAGCGTGTGCTGGCTTGTTTCC
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PTG01_0023_D11.b : cccgagtatctccccgggttttttctgattccccgttaaggggggaaagaggcccccctt
20110601C-002936 : TTTCTGGAATTCTCCTGGGATATAATCAAGACGCTTACCTGGCTCTTTAAGTCAACTGTC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 152
PBL01_0005_C01.b : TTTCTGGAATTCTCCTGGGATATAATCAAGACGCTTACCTGGCTCTTTAAGTCAACTGTC
SPLT1_0034_H10.b :
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UTR01_0079_G11.b :
LVRM1_0126_B01.b :
LVRM1_0103_D11.b :
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LVRM1_0173_E12.b :
PTG01_0023_D11.b : tttttggattatcccgggttgtttttacccgaaaattttgcccgcttttccaattcggat
20110601C-002936 : TGGTCGACTCAGGTGTGGGTGAAGCATAAGGTGTGGGGAACAGCAGGGTTGTTTACATTC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 212
PBL01_0005_C01.b : TGGTCGACTCAGGTGTGGGTGAAGCATAAGGTGTGGGGAACAGCAGGGTTGTTTACATTC
SPLT1_0034_H10.b :
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UTR01_0079_G11.b :
LVRM1_0126_B01.b :
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LVRM1_0137_C03.b :
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KDN01_0027_G06.b :
LVRM1_0173_E12.b :
PTG01_0023_D11.b : gttttgtttttttagggcgccccccgggcatttgaggtttcccccccggggtggatttaa
20110601C-002936 : CTTGCTTCTGAAAAGTCACACGGGCCACCGGCAAGAAATGAAAGTGAAATCAGGGGACAG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 272
PBL01_0005_C01.b : CTTGCTTCTGAAAAGTCACACGGGCCACCGGCAAGAAATGAAAGTGAAATCAGGGGACAG
SPLT1_0034_H10.b : nnnggtgacggtxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
TES01_0062_H08.b :
OVRM1_0123_F07.b : nagttgtcxxxxxxxxxxxx
OVRT1_0144_B05.b : nnnttgctccnnnnnnnncccctttgcgttacgaggttxxxxxx
PBL01_0067_F04.b : nnnggtgtaacxxx
LVRM1_0103_H04.b : cagttgtcxxxxxxxxxxx
OVRM1_0080_B02.b : cgttgacxxxxxxxx
PBL01_0043_G02.b : nngggtgxxxxx
PBL01_0054_F01.b : nnnaatgxxx
PBL01_0076_C11.b : naaaaatgxxx
LVR01_0057_B12.b : gggcatttagtgxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
UTR01_0079_G11.b : xxxxxxxxx
LVRM1_0126_B01.b :
LVRM1_0103_D11.b :
LVRM1_0137_C03.b :
SPL01_0011_A07.b : ctttatggt
OVR01_0063_F08.b : nnggc
PBL01_0085_D02.b :
OVRT1_0001_B07.b :
KDN01_0059_A03.b :
KDN01_0065_C01.b :
KDN01_0027_G06.b :
LVRM1_0173_E12.b :
PTG01_0023_D11.b : acggaaatttgcgggcttcccccggccccagaaaattgggatgtgacctctttttgaccc
20110601C-002936 : TGTCACCAGTCAGCACAAACGTGCCAGAGTTCAGAGAGCTGTTTACTTAGGCACAACTGC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 332
PBL01_0005_C01.b : TGTCACCAGTCAGCACAAACGTGCCAGAGTTCAGAGAGCTGTTTACTTAGGCACAACTGC
SPLT1_0034_H10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxgAGAGTTCAGAGAGCTGTTTACTTAGGCACAACTGC
TES01_0062_H08.b : ttttcctgcgttgctctggggggTTACTTAGGCACAACTGC
OVRM1_0123_F07.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxttTTACTTAGGCACAACTGC
OVRT1_0144_B05.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxTTACTTAGGCACAACTGC
PBL01_0067_F04.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxcTTACTTAGGCACAACTGC
LVRM1_0103_H04.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxtggACTTAGGCACAACTGC
OVRM1_0080_B02.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCTTAGGCACAACTGC
PBL01_0043_G02.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCTTAGGCACAACTGC
PBL01_0054_F01.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxtCTTAGGCACAACTGC
PBL01_0076_C11.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCTTAGGCACAACTGC
LVR01_0057_B12.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCTTAGGCACAACTGC
UTR01_0079_G11.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
LVRM1_0126_B01.b : nagttgtcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
LVRM1_0103_D11.b : cagttgtcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
LVRM1_0137_C03.b : agttgtcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPL01_0011_A07.b : gxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
OVR01_0063_F08.b : ttgtgacttgacxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
PBL01_0085_D02.b : nnnggatgaacaxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
OVRT1_0001_B07.b : naatccctctcagcgtcngxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
KDN01_0059_A03.b : ttttt
KDN01_0065_C01.b : nnnn
KDN01_0027_G06.b :
LVRM1_0173_E12.b :
PTG01_0023_D11.b : cccccggaggttacagccgggccgaacccatgaggggggccagggctcaacctgcttctt
20110601C-002936 : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 392
PBL01_0005_C01.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
SPLT1_0034_H10.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
TES01_0062_H08.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
OVRM1_0123_F07.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
OVRT1_0144_B05.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
PBL01_0067_F04.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
LVRM1_0103_H04.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
OVRM1_0080_B02.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
PBL01_0043_G02.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
PBL01_0054_F01.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
PBL01_0076_C11.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
LVR01_0057_B12.b : GCCTGCCAGCCGGTCATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
UTR01_0079_G11.b : xxxxxxxxxxxxxxgATAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
LVRM1_0126_B01.b : xxxxxxxxxxxxxxxxTAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
LVRM1_0103_D11.b : xxxxxxxxxxxxxxxxTAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
LVRM1_0137_C03.b : xxxxxxxxxxxxxxxtTAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
SPL01_0011_A07.b : xxxxxxxxxxxxxxxxTAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
OVR01_0063_F08.b : xxxxxxxxxxxxxxxxTAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
PBL01_0085_D02.b : xxxxxxxxxxxxxxxxTAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
OVRT1_0001_B07.b : xxxxxxxxxxxxxxxxTAAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
KDN01_0059_A03.b : gctgctgtggctatggatAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
KDN01_0065_C01.b : cctgctgtggctctggatAGCTCGGGGCTGCGTGCATCTGCCGCTCCCCTCTCCGCTGCC
KDN01_0027_G06.b : nnnnn
LVRM1_0173_E12.b :
PTG01_0023_D11.b : gtggggtgcgattggaggggtttccgttggcccggacacgaaggcgggttggttcttttg
20110601C-002936 : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 452
PBL01_0005_C01.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
SPLT1_0034_H10.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
TES01_0062_H08.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
OVRM1_0123_F07.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
OVRT1_0144_B05.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
PBL01_0067_F04.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
LVRM1_0103_H04.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
OVRM1_0080_B02.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
PBL01_0043_G02.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
PBL01_0054_F01.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
PBL01_0076_C11.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
LVR01_0057_B12.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGAC**AGATCGGACAGTCAACCGAACCT
UTR01_0079_G11.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
LVRM1_0126_B01.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCGACCGAACCT
LVRM1_0103_D11.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
LVRM1_0137_C03.b : CCGGGTCTGGAGCCTGCCTTTGGGAAGCCGGCGACAGAGATCGGACAGTCAACCGAACCT
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