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[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]

Assembly Name:  20110601C-000692

Length: 1,867

Sequence [FASTA format sequence]
TGGAGCTATC CTTTCACTCC TCTGGCAGAT CGCTGTTAGC TTTCCCGCCG AGATCCGGAG
CTCTCCTCCA GCTGTTGGAG GAAAGACAGG AAAGAGCTTA TTTTTCTTTT GAAATACCTT
GGCACAACCA GCAAGGGAAC ATCTTGTCGA ACATTTAATA GAGAGTTGAA AAGTGAAATA
ATTTTAATTC ATTGCAAAGG GCCCTTTGAT TCGGGGTTTT GTTTTTCACT CCTGCCCCCT
GCCCCGTTTC TAACTCTCAA GTCAACCGAG CCCAAACATG GTGATGTTCA AGAAGATCAA
GTCTTTTGAG GTGGTCTTTA ACGACCCCGA AAAGGTGTAC GGCTGTGGGG AGAAGGTGGC
TGGCCGGGTG ATAGTGGAGG TGTGTGAAGT CACTCGAATC AAAGCTGTCA GGATCCTGGC
TTGTGGAGTG GCCAAAGTCC TGTGGATGCA GGGATCCCAG CAGTGCAAAC AGACCTTGGA
CTACCTGCGC TATGAAGACA CTCTTCTCCT GGACGACCAC CCAACAGGGG AGAATGAGAT
GGTGATCATG AGACCTGGAA ACAAATATGA ATACAAGTTT GGCTTTGAGC TTCCTCAGGG
GCCTCTGGGA ACATCTTTCA AAGGAAAATA TGGGTGTGTA GACTACTGGG TGAAGGCTTT
TCTTGATCGC CCAAGCCAGC CAACTCAAGA GACAAAAAAA CACTTCGAAG TGATGGATCT
AGTGGATGTC AATACCCCTG ATTTAATGGC ACCTGTGTCT GCTAAAAAGG AGAAGAAAGT
TTCCTGCATG TTCATTCCTG ATGGCCGGGT GTCTGTCTCT GCTCGAATCG ACAGAAAAGG
GTTCTGTGAA GGTGATGAGA TTAACATCCA TGCTGATTTT GAGAATACAT GTTCCCGCAT
TGTGGTGCCC AAAGCTGCCA TTGTAGCCCG CCACACTTAC CTTGCCAATG GCCAAACCAA
AGTACTGACG CAGAAGTTGT CATCGGTCAG AGGCAATCAC ATTATCTCAG GAACCTGTGC
ATCATGGCGT GGCAAGAGCC TTCGGGTGCA GAAGATCAGG CCTTCTATCT TGGGCTGCAA
CATCCTTCGA GTTGAATACT TCTTACTGAT CTACGTTAGT GTCCCTGGCT CCAAGAAGGT
CATTCTTGAC CTGCCGCTGG TAATTGGCAG CAGGTCAGGC CTCAGCAGCC GGACGTCCAG
CATGGCCAGC CGAACCAGCT CCGAGATGAG TTGGGTAGAT CTAAACATCC CTGATACCCC
CGAAGCTCCT CCATGCTATA TGGATATCAT TCCTGAAGAT CACCGATTGG AGAGCCCCAC
CACTCCTCTG CTAGATGACA CAGATGGCTC TCAAGACAGC CCTATCTTTA TGTATGCTCC
TGAGTTTAAG TTCATGCCAC CACCTACTTA CAGTGAGGTG GATCCCTGCA TCCTCAACAA
CAACGTGCAG TGAACATGTG GAAGGAAAGA AGCAGCTATA CCTACTTCTT TCTTTTCACC
TCTCTTCCTG GACTGACTTT TTAGGAGACT CAACAGTCTC TGCAGTGGGG TACAGATCCA
CCCCAGCCTC TGACTCTCCG GTGTAGGAGG TGATCATCAG GCAATCTCTT GGGCCTTAAA
GGGTGCGCAG TCGTCCTCAG CCAGTGAGAT GTTGTGACAA GGGTTTTTTT GCTGGATGGG
TTTAAAAACC CAGACAAATT TTAGCCCATT CCATTTTCTC AGATCTTTTT TGAGAATTGA
GGCATTTTAA ATAAGGGGTA GAAATGGCCT CCTGGTGTGG TCTCCCAAGG TTTTATGGAG
GGGATTTCAG ACTGTTATAA CAATAAATCT TGAACCCCTG CCCTGTGGAA AAAACCCAAT
TTTGCAA


SNP mapping information
SNP IDRel.Chr.Location (cM)


Assembly Overview:      TOP
Change score limit to  


BLAST on RefSeq (Human):      TOP

LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTXNIPthioredoxin-interacting protein [Homo sapiens]. 7260.0O
Contig/Assembly ProteinARRDC4arrestin domain-containing protein 4 [Homo sapiens]. 3003e-81O
Contig/Assembly ProteinARRDC3arrestin domain-containing protein 3 [Homo sapiens]. 2803e-75O
Contig/Assembly ProteinARRDC2arrestin domain-containing protein 2 isoform 1 [Homo sapiens]. 2403e-63O
Contig/Assembly ProteinARRDC2arrestin domain-containing protein 2 isoform 2 [Homo sapiens]. 2335e-61O
Contig/Assembly ProteinARRDC1arrestin domain-containing protein 1 [Homo sapiens]. 78.62e-14O


BLAST on RefSeq (Mouse):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTxnipthioredoxin-interacting protein isoform 2 [Mus musculus]. 7170.0O
Contig/Assembly ProteinTxnipthioredoxin-interacting protein isoform 1 [Mus musculus]. 7120.0O
Contig/Assembly ProteinArrdc4arrestin domain containing 4 isoform 1 [Mus musculus]. 2902e-78O
Contig/Assembly ProteinArrdc3arrestin domain-containing protein 3 [Mus musculus]. 2781e-74O
Contig/Assembly ProteinArrdc2arrestin domain-containing protein 2 [Mus musculus]. 2242e-58O
Contig/Assembly ProteinArrdc4arrestin domain containing 4 isoform 2 [Mus musculus]. 2234e-58O
Contig/Assembly ProteinArrdc1arrestin domain-containing protein 1 isoform b [Mus musculus]. 83.26e-16O
Contig/Assembly ProteinArrdc1arrestin domain-containing protein 1 isoform a [Mus musculus]. 81.62e-15O


BLAST on RefSeq (Dog):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinLOC475829PREDICTED: similar to thioredoxin interacting protein isoform 2 [Canis familiaris]. 7210.0O
Contig/Assembly ProteinLOC475829PREDICTED: similar to thioredoxin interacting protein isoform 3 [Canis familiaris]. 7060.0O
Contig/Assembly ProteinLOC488713PREDICTED: similar to arrestin domain containing 4 [Canis familiaris]. 2972e-80O
Contig/Assembly ProteinLOC488912PREDICTED: similar to arrestin domain containing 3 isoform 1 [Canis familiaris]. 2766e-74O
Contig/Assembly ProteinLOC488912PREDICTED: similar to arrestin domain containing 3 isoform 5 [Canis familiaris]. 2629e-70O
Contig/Assembly ProteinLOC609489PREDICTED: similar to arrestin domain containing 2 isoform 1 isoform 3 [Canis familiaris]. 2334e-61O
Contig/Assembly ProteinLOC609489PREDICTED: similar to arrestin domain containing 2 isoform 1 isoform 2 [Canis familiaris]. 2312e-60O
Contig/Assembly ProteinLOC488912PREDICTED: similar to arrestin domain containing 3 isoform 2 [Canis familiaris]. 2304e-60O
Contig/Assembly ProteinLOC609489PREDICTED: similar to arrestin domain containing 2 isoform 2 isoform 1 [Canis familiaris]. 2295e-60O
Contig/Assembly ProteinLOC488912PREDICTED: similar to arrestin domain containing 3 isoform 4 [Canis familiaris]. 1037e-22O


BLAST on RefSeq (Cattle):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTXNIPthioredoxin interacting protein [Bos taurus]. 7160.0O
Contig/Assembly ProteinARRDC4arrestin domain-containing protein 4 [Bos taurus]. 2995e-81O
Contig/Assembly ProteinARRDC4PREDICTED: arrestin domain containing 4 [Bos taurus]. 2995e-81O
Contig/Assembly ProteinARRDC3arrestin domain-containing protein 3 [Bos taurus]. 2789e-75O
Contig/Assembly ProteinARRDC2arrestin domain-containing protein 2 [Bos taurus]. 2473e-65O
Contig/Assembly ProteinARRDC1arrestin domain-containing protein 1 [Bos taurus]. 85.51e-16O


BLAST on RefSeq (Pig):      TOP
LocusDefinitionScoreE valueFL
Contig/Assembly ProteinTXNIPthioredoxin-interacting protein [Sus scrofa]. 7520.0O
Contig/Assembly ProteinARRDC4PREDICTED: arrestin domain-containing protein 4 isoform 1 [Sus scrofa]. 3016e-82O
Contig/Assembly ProteinLOC100620110PREDICTED: arrestin domain-containing protein 3-like [Sus scrofa]. 2786e-75O
Contig/Assembly ProteinARRDC3PREDICTED: arrestin domain-containing protein 3, partial [Sus scrofa]. 2732e-73O
Contig/Assembly ProteinARRDC2PREDICTED: arrestin domain-containing protein 2 isoform 1 [Sus scrofa]. 2381e-62O
Contig/Assembly ProteinARRDC2PREDICTED: arrestin domain-containing protein 2 isoform 2 [Sus scrofa]. 2357e-62O


Assembly Members: 106      TOP
LibraryPlateLoc.Read NameAccessionFull Seq.
ADR010009G09ADR01_0009_G09.bDB782349 
ADR010035B01ADR01_0035_B01.bDB784574 
ADR010037B09ADR01_0037_B09.bDB784751 
ADR010078D12ADR01_0078_D12.bDB788440 
ADR010084G08ADR01_0084_G08.bDB788998 
ADR010086G01ADR01_0086_G01.bDB789162 
ADR010092D10ADR01_0092_D10.bDB789671 
ADR010102F01ADR01_0102_F01.bDB790580 
AMP010004F12AMP01_0004_F12.bBW955263 
AMP010083G01AMP01_0083_G01.bBW961027 
BKFL10045E07BKFL1_0045_E07.bFS651280 
BKFL10085D04BKFL1_0085_D04.bFS653929 
BKFL10090D03BKFL1_0090_D03.bFS654369 
ITT010014B01ITT01_0014_B01.bBW977235 
ITT010048D05ITT01_0048_D05.bBW980238 
ITT010052F01ITT01_0052_F01.bBW980625 
ITT010068G10ITT01_0068_G10.bBW982091 
KDN010050D06KDN01_0050_D06.b  
KDN010056G12KDN01_0056_G12.bFS674925 AK400522
KDN010065D10KDN01_0065_D10.bFS675620 
KDN010092C02KDN01_0092_C02.bFS677732 
KDN010093F12KDN01_0093_F12.bFS677855 
KDN010095A12KDN01_0095_A12.bFS677973 
KDN010095D06KDN01_0095_D06.bFS678000 
LNG010016E10LNG01_0016_E10.bBP437695 
LNG010017H11LNG01_0017_H11.bBP440787 
LNG010043D05LNG01_0043_D05.bBP436307 
LNG010044C12LNG01_0044_C12.bBP435896 
LNG010044F01LNG01_0044_F01.bBP437985 
LNG010047A01LNG01_0047_A01.bBP433066 
LNG010057B06LNG01_0057_B06.bBP434426 
LNG010074C01LNG01_0074_C01.bBP435008 
LNG010080E05LNG01_0080_E05.bBP437313 
LNG010082B08LNG01_0082_B08.bBP434606 
LNG010082C11LNG01_0082_C11.bBP435837 
LNG010091G05LNG01_0091_G05.bBP439346 
LNG010094D07LNG01_0094_D07.bBP436502 
LNG010097A09LNG01_0097_A09.bBP433734 
LNG010100C12LNG01_0100_C12.bBP435932 
LNG010103E04LNG01_0103_E04.bBP437249 
LNG010108E08LNG01_0108_E08.bBP437593 
LNG010109D03LNG01_0109_D03.bBP436189 
LVR010067A07LVR01_0067_A07.bBP441463 
MLN010089F12MLN01_0089_F12.bCJ014793 
MLTL10015A03MLTL1_0015_A03.bFS679657 
OVR010032E07OVR01_0032_E07.bBP143283 
OVRM10013A07OVRM1_0013_A07.bBP145478 
OVRM10117G02OVRM1_0117_G02.bBP152546 
OVRM10125F05OVRM1_0125_F05.bBP151645 
OVRM10191E06OVRM1_0191_E06.bBP458900 
OVRM10199F07OVRM1_0199_F07.bBP459953 
OVRT10035E07OVRT1_0035_E07.bFS689255 
PBL010001A06PBL01_0001_A06.bBP155102 
PBL010027B07PBL01_0027_B07.bBW969927 
PBL010040C06PBL01_0040_C06.bBW970420 
PBL010043A06PBL01_0043_A06.bBW970580 
PBL010076G02PBL01_0076_G02.bBW972941 
PBL010088C12PBL01_0088_C12.bBW973979 
PBL010099C03PBL01_0099_C03.bBW974856 
PBL010106F07PBL01_0106_F07.bBW975538 
PCT010001H04PCT01_0001_H04.bFS694694 
PCT010018E06PCT01_0018_E06.bFS695851 
PST010054E08PST01_0054_E08.bFS701116 
PST010067A02PST01_0067_A02.bFS702097 
PST010071E01PST01_0071_E01.bFS702438 
PST010072A11PST01_0072_A11.bFS702480 
PST010075G03PST01_0075_G03.bFS702776 
PST010081E01PST01_0081_E01.bFS703241 
PST010089H11PST01_0089_H11.bFS703927 
PST010090A08PST01_0090_A08.bFS703935 
PST010093B11PST01_0093_B11.bFS704182 
PST010095H08PST01_0095_H08.bFS704384 
PTG010002A07PTG01_0002_A07.bFS704821 
PTG010014F01PTG01_0014_F01.bFS705655 
PTG010042B03PTG01_0042_B03.bFS708087 
PTG010045C08PTG01_0045_C08.bFS708372 
PTG010050G07PTG01_0050_G07.bFS708858 
PTG010074H03PTG01_0074_H03.bFS710733 
PTG010077F02PTG01_0077_F02.bFS710949 
SKNB10007G02SKNB1_0007_G02.bDB800495 
SKNB10019D05SKNB1_0019_D05.bDB801045 
SKNB10022D08SKNB1_0022_D08.bFS713383 
SKNB10024E04SKNB1_0024_E04.b  
SKNB10034C07SKNB1_0034_C07.bDB801825 
SKNB10080A12SKNB1_0080_A12.bDB804838 
SKNB10093D07SKNB1_0093_D07.bDB805601 
SMG010003B07SMG01_0003_B07.bFS713664 
SMG010054A04SMG01_0054_A04.bFS717924 
SMG010082B06SMG01_0082_B06.bFS720333 
SPL010012E10SPL01_0012_E10.bBP158282 
SPL010019H03SPL01_0019_H03.bBP159111 
SPL010022G08SPL01_0022_G08.bBP158926 
SPL010029H01SPL01_0029_H01.bCJ016281 
SPL010035E12SPL01_0035_E12.bBP158353 
SPL010062F06SPL01_0062_F06.bCJ018616 
SPLT10074F09SPLT1_0074_F09.bHX244974 
TCH010018B05TCH01_0018_B05.bCJ023741 
TCH010022A06TCH01_0022_A06.bCJ024031 
TCH010030A06TCH01_0030_A06.bCJ024635 
TCH010030B12TCH01_0030_B12.bCJ024650 
TCH010041F05TCH01_0041_F05.bCJ025516 
TCH010044C02TCH01_0044_C02.bCJ025724 
TCH010078C07TCH01_0078_C07.bCJ028057 
TCH010093F07TCH01_0093_F07.bCJ029242 
THY010020F07THY01_0020_F07.bBP166229 
THY010021H08THY01_0021_H08.bBP168865 

  

SNP: 1      TOP
Loc.AlleleIndividualsFreq.TypeAA Change
WesternMeishan
1156C700.130WSCCC/P
G4520.870CCG/P


Alignment:      TOP

20110601C-000692 : .......................TGGAGCTATCCTTTCACTCCTCTGGCAGATCGCTGTT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 37
KDN01_0056_G12.b : tcgcgttggctaTGGAGCTATCCTTTCACTCCTCTGGCAGATCGCTGTT
KDN01_0065_D10.b : nnnnnggctgcggtggctatggGCTATCCTTTCACTCCTCTGGCAGATCGCTGTT
PST01_0075_G03.b : tttttcctgaggtggctatggagctTCCTTTCACTCCTCTGGCAGATCGCTGTT
KDN01_0093_F12.b : nnnnggctgaggtggctatggagctTCCTTTCACTCCTCTGGCAGATCGCTGTT
PST01_0071_E01.b : nnnttcgcggtggctatggagctTCCTTTCCCTCCTCTGGCAGATCGCTGTT
PST01_0072_A11.b : nnnncctacggtggctatggagctTCCTTTCACTCCTCTGGCAGATCGCTGTT
PST01_0089_H11.b : nnnnaactgacgtggctctggagctTCCTTTCACTCCTCTGGCAGATCGCTGTT
KDN01_0095_D06.b : nnnnggctgctgtggctatggagctTCCTTTCACTCCTCTGGCAGATCGCTGTT
SKNB1_0022_D08.b : nnnaacaaannnnnnnggatacgttgtgcacgggTTCCACTCCTCTGG*AGATCGCTGTT
PST01_0067_A02.b : nnnnnncctgcgttggctacgganCCTCTGG*AGATCGCTGTT
KDN01_0095_A12.b : nnnnncctgcggtggctatggacCCTCTGGC*GATCGCTGTT
PST01_0090_A08.b : nnnnactgcggtggctacggtctCTCTGG*AGATCGCTGTT
KDN01_0050_D06.b :
SKNB1_0093_D07.b :
PTG01_0002_A07.b :
PST01_0095_H08.b :
PST01_0093_B11.b :
PBL01_0043_A06.b :
ADR01_0086_G01.b :
LNG01_0103_E04.b :
ITT01_0068_G10.b :
PBL01_0076_G02.b :
TCH01_0030_A06.b :
OVRM1_0191_E06.b :
ADR01_0084_G08.b :
SPL01_0062_F06.b :
SKNB1_0080_A12.b :
ADR01_0078_D12.b :
ITT01_0052_F01.b :
THY01_0020_F07.b :
OVR01_0032_E07.b :
LNG01_0080_E05.b :
PTG01_0050_G07.b :
PTG01_0042_B03.b :
SPL01_0035_E12.b :
LVR01_0067_A07.b :
PBL01_0001_A06.b :
SKNB1_0007_G02.b :
ADR01_0102_F01.b :
BKFL1_0085_D04.b :
PCT01_0001_H04.b :
SMG01_0003_B07.b :
PTG01_0014_F01.b :
PTG01_0074_H03.b :
LNG01_0109_D03.b :
OVRM1_0199_F07.b :
PTG01_0077_F02.b :
SMG01_0054_A04.b :
LNG01_0108_E08.b :
BKFL1_0045_E07.b :
LNG01_0043_D05.b :
AMP01_0083_G01.b :
MLN01_0089_F12.b :
AMP01_0004_F12.b :
ADR01_0009_G09.b :
SPL01_0012_E10.b :
SPL01_0029_H01.b :
PBL01_0106_F07.b :
BKFL1_0090_D03.b :
SPLT1_0074_F09.b :
PTG01_0045_C08.b :
ITT01_0048_D05.b :
LNG01_0017_H11.b :
LNG01_0094_D07.b :
OVRM1_0125_F05.b :
MLTL1_0015_A03.b :
ADR01_0092_D10.b :
ITT01_0014_B01.b :
ADR01_0035_B01.b :
PST01_0054_E08.b :
OVRT1_0035_E07.b :
SPL01_0022_G08.b :
SKNB1_0019_D05.b :
TCH01_0041_F05.b :
TCH01_0078_C07.b :
PCT01_0018_E06.b :
SKNB1_0024_E04.b :
ADR01_0037_B09.b :
SMG01_0082_B06.b :
PBL01_0040_C06.b :
LNG01_0082_C11.b :
OVRM1_0117_G02.b :
TCH01_0030_B12.b :
LNG01_0074_C01.b :
LNG01_0100_C12.b :
LNG01_0091_G05.b :
TCH01_0093_F07.b :
PBL01_0088_C12.b :
THY01_0021_H08.b :
LNG01_0057_B06.b :
PST01_0081_E01.b :
LNG01_0044_C12.b :
KDN01_0092_C02.b :
PBL01_0099_C03.b :
OVRM1_0013_A07.b :
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LNG01_0097_A09.b : GTT*GGGTAGATCTAAACATCCCTGATACCCCCGAAGCTCCTCCATGCTATATGGATATC
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1348
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KDN01_0093_F12.b : gattggaaccccccccctctcccctaaagaacaaaggggct
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PBL01_0027_B07.b : ATTCCTGAAGATCACCGATTGGAGAGCCCCACCACTCCTCTGCTAGATGACACAGATGGC
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