[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-000698
Length:
1,746
Sequence:
[FASTA format sequence]
CTTCGGTTGC TTAATTCCAG CAAGATGGCG GCGTCCAGGG CGTCCCTGCA CCAAGTGGCC
CGCAACAGTG CTACCAGCAG CATCCGTGCC CTGAGCAGGG GAGTGGACCC AGAGGGCAGT
CAGAGGAAGG GGAGGACACT GCTCCAGTTC CTGGCTGACC ACTTCTGTGA CGTGGAGGCT
GTCAGGGAGT ATCTGCTACG GAAGCAAGCG TTGAAGGTGC ACCGAAAAAA CCGGTTTCAG
GACAATGAGT GGATACAGTC AGGGCGCGGC CTCTCCTCTC TTGAGTTCCG GAAGTTCCGG
GAGGTGCCAG TACAAGCTGT CGATGCCAGT GGCTGTGCCA TCAACTACCA AGGCCTGGAC
AACCTCTTGG CCCTGAAGGA GCTCCAGTCC CTGTCGCTGC AGCGCTGTCC CCACGTGGAC
GACTGGTGCC TCGGCCGCCT CCACCAGCTG GCCGACTCCT TGCAAGAGCT CTCACTGGCC
GGTTGCCCCC GAGTCTCTGA ACGAGGCCTA GCCTGCCTCC ACCACCTCCA GAACCTCCGC
AGGCTGGATA TCTCCGACCT TCCTGCTGTG TCCAGTCCGG ACCTCACTCA GATTTTGGTG
GAGGAGATGC TGCCCAACTG TGAGGTTCGG GGGTCTGACT GGGCCCAGGG CCTCAAGTTG
GGGCTGGAGG AGCAGTCCCG AGACCCAGCC AGCAGCCCGG TCCCTGCCTA GCCTCAGCCC
CCTCTCAGCA GGCTGACAGC TACTTGTGGC CTCCACCGAC GTTCACTCAG CCGAAGGGTT
GGGCTGGGAT GAGGGGCACT GGCAGGTCTA TACCCTGGGC TGACGTTCAC AGGCTGTCCA
CACACTCCTT TCTCAGTTCC AGGGACCTCC TTCTCCTGCC TCCTCAGGTC TAGGGCTTCT
GGCTACAAGT AGCTCTCCCT TGTGGTTTCC CCACGCCACG CCCGCCTCTG TGTCAGGCAA
CTTCTCTTAA CTTGTGAGAT TAACCCACCT GAGTGTGCTG CCTTTTCCTG CTAGGTGGTG
CTACCTGCAT TGTTTGGGGT TTTTTTTGCT TTTTAGGGCC ACACCTGCAG CATATGGAAG
TTCCCAGGGG TCATACCAGA GCTACAGCTG CTGACCTACA CCACAGGTTC CCAGCAACGC
TGGGTCCTTA ACCCGCTGAG CGGGGCCAGG GATCGAACCT CCAACCTCCT GGTTCCCAGT
CAGATTCGTT CCCGCTGAGC CATGAGGGGA ACTCCGGGAG CTAGCTGCAT TTCATAGAGA
TAGGTTCTTC ACTATGCGGA ATGACTCAGC TCCAGGTAGG CTACAGCATC CCTGACCCAC
ACCCACCAAA TGCTGGGAGC ACCTCAAGTC CCACGGTGTC CCCCCACTGC CTCTTAACTG
ACTTACTGAC TCACTGACTC AGCCTCAAAT TCAGCTTTCT TGTTTGCTCC ACTAAAAATT
ATCGGGGGAA AAAAAAAAAA AAAAAGGAGT TCCCGTCGTA GCGCAGTGGT TAACGAATCC
GACTAGGAAC CATGAGGTTG CGGGTTCGGT CCCTGCCCTT GCTCAGTGGG TTAACGATCC
GGCATTGCCG TGAGCTGTGG TGTAGGTTGC AAACGCGGCT CGGATCCCGA GTTGCTGTGG
CTCTGGCGTA GGCCTGTGGC TACAGCTCCG ATTCAACCCC TAACCTGGGA ACCTCCATAT
GCCGCAGGAG CGGCCCAAGA AATAGCCACA ATAACCACAC NAAAGACAAA AAAAAAAAAA
AAAAAA
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | ATP5SL | ATP synthase subunit s-like protein isoform 5 [Homo sapiens]. | 276 | 4e-74 | O |
|
| ATP5SL | ATP synthase subunit s-like protein isoform 4 [Homo sapiens]. | 261 | 1e-69 | O |
|
| ATP5SL | ATP synthase subunit s-like protein isoform 1 [Homo sapiens]. | 257 | 3e-68 | O |
|
| ATP5SL | ATP synthase subunit s-like protein isoform 6 [Homo sapiens]. | 117 | 4e-26 | O |
|
| ATP5SL | ATP synthase subunit s-like protein isoform 3 [Homo sapiens]. | 102 | 1e-21 | O |
|
| ATP5SL | ATP synthase subunit s-like protein isoform 2 [Homo sapiens]. | 97.8 | 3e-20 | O |
|
| ATP5S | ATP synthase subunit s, mitochondrial isoform a precursor [Homo sapiens]. | 62.4 | 1e-09 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Atp5sl | ATP synthase subunit s-like protein [Mus musculus]. | 246 | 4e-65 | O |
|
| Atp5s | ATP synthase subunit s, mitochondrial precursor [Mus musculus]. | 65.9 | 1e-10 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC484486 | PREDICTED: similar to Y53G8AR.8 [Canis familiaris]. | 282 | 8e-76 | |
|
| LOC490683 | PREDICTED: similar to ATP synthase subunit s, mitochondrial precursor (ATP synthase coupling factor B) (Mitochondrial ATP synthase regulatory component factor B) [Canis familiaris]. | 66.2 | 9e-11 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| ATP5S | ATP synthase subunit s, mitochondrial precursor [Bos taurus]. | 68.2 | 2e-11 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC100511568 | PREDICTED: ATP synthase subunit s-like protein-like [Sus scrofa]. | 359 | 3e-99 | O |
|
| LOC100157404 | PREDICTED: ATP synthase subunit s, mitochondrial-like [Sus scrofa]. | 70.1 | 4e-12 |
20110601C-000698 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
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PST01_0029_D03.b :
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PST01_0094_G09.b :
TES01_0009_C09.b :
PST01_0045_H03.b :
PST01_0087_B02.b :
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KDN01_0056_C01.b :
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PST01_0013_H06.b :
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OVRM1_0005_A06.b : nagtttgt
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OVRM1_0086_H09.b :
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BKFL1_0058_F10.b :
SMG01_0031_C02.b :
20110601C-000698 : ......................................CTTCGGTTGCTTAATTCCAGCA
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 22
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KDN01_0097_C06.b : nnnnncctgcgttgGCTCTGGATTCCGC
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KDN01_0081_C07.b : cgctgtggctctggattccag
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20110601C-000698 : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
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PST01_0087_B02.b : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
PST01_0013_C12.b : AGATGGCGGCGTCC*GGGCGTCCCTGCACCA*GTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
KDN01_0056_C01.b : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
KDN01_0088_G02.b : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
PST01_0038_C05.b : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCTTTAGTGCTACCAGCAGCA
PST01_0013_H06.b : AGATGGCGGCGTC*AGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCAATGATGCTACCAGCAGCA
PBL01_0085_B01.b : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
KDN01_0018_D05.b : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
LVR01_0058_C03.b : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
KDN01_0067_C02.b : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCAAGTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
KDN01_0097_C06.b : AGATGGCGGCGTCCAGGGCGTCCCTGCACCA*GTGGCCCGCAACAGTGCTACCAGCAGCA
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