[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-002847
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3,555
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[FASTA format sequence]
TTTACAATCT TATTTGAATC ACAGTTCAGT GTTGGTGGAA ATGAGCTGGT TTTTCAAGTC
AAGACCCTGT CCCTCCCAGT GGTGGTGATT GTTCACGGCA GCCAGGACAA CAACGCGACG
GCCACCGTCC TCTGGGACAA TGCTTTCGCA GAGCCCGGCA GGGTGCCCTT TGCGGTGCCT
GACAAAGTCC TGTGGCCGCA GCTGTGCGAG GCGCTCAACA TGAAATTCAA GGCCGAGGTG
CAGAGCAACC GGGGCCTGAC CAAGGAGAAC CTCGTGTTCC TGGCGCAGAA GCTCTTCAAC
AGCAGCAGCA GCCATCTGGA GGACTACAGC GGCATGTCTG TGTCCTGGTC CCAGTTCAAC
AGGGAAAATT TACCAGGACG GAATTACACT TTCTGGCAGT GGTTTGATGG CGTGATGGAA
GTGTTAAAAA AACATCTCAA GCCTCATTGG AACGATGGGG CTATTTTGGG TTTCGTGAAC
AAGCAACAGG CCCATGACCT ACTCATTAAC AAGCCCGACG GGACTTTCCT GCTGAGGTTC
AGTGACTCTG AAATTGGTGG CATCACCATT GCTTGGAAGT TTGATTCTCA GGAAAGAATG
TTTTGGAATC TGATGCCTTT TACCACCAGA GACTTCTCTA TCCGGTCCCT GGCAGACCGC
TTGGGAGACC TGAATTACCT TATCTACGTG TTTCCTGATC GGCCAAAGGA TGAAGTGTAC
TCCAAATATT ACACCCCAGT TCCATGCGAG CCTGCCACCG CTAAAGCAGT GGACGGATAC
GTGAAGCCAC AGATCAAGCA AGTGGTCCCT GAGTTTGTGA GCGCCTCTTC AGACTCTGCC
GGGGGCAATG CCACCTACAT GGACCAGGCC CCCTCCCCAG CCGTGTGCCC CCAGGCTCAT
TACAGCATAT ACCCACAGAA CCCCGACCCC GTCCTTGACA ACGATGGGGA CTTTGATCTG
GACGACACGA TGGACGTGGC GCGTCGTGTG GAGGAGCTCT TGGGCCGACC TATGGACAGT
CAGTGGATCC CTCACGCGCA GTCGTGACCT CCTGTCGCCA TCTTCCGCTT CTTCGTCCTC
GCCAGAGGAG TTATACTTGT GGATGTTTTA ATTCCATGAA TCGCTTCTCT TTGGAAACAA
TACTCATAAT GTGAAGTGTT AATACTAGTT GTGACTTTAG TGTTTCTGTG CATGGTGGCA
CCAGTGAAGG GAGTGTGAGT GTGTGAGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGGCGCGCG
ATTGCACGTT GTGCTCTTTC TCCCCCCTTG CTGTCCAGAG TGTAGCTGCA GCACTGGGGC
CACAAACAGA GGCTGTGGTG GTTTCAGCCT TGTGCAAAAA GGCAGTTAGT TCCATAAACC
CTGGAACGTG GCCATGTGTC TTGGAGGTGG CTGAACTTTG ACACATGGCT GTTCAGCTAA
GAGAGGACAA AGGCAGGTGA GGGCACCTCC TTTCTGGTGA GTCCTTGTCA CTGTGTCTAC
CACGCCATTG ATACGCAACC ACGATTGTCT CTGCTTTTCT TCTGAAACCT GGAAACTGCC
TTTTGACAAA GAAAGCCAGC CCTCCCTCCT TCCCGCTCCC TGACCGCCAC TTTCCTGGGT
AGGGATGGAT AAAGGGGCAC AGAGAGCAAT CACTGGGGAA GGGAAGTGAT GGGTTTTCTG
ATGGGTGTAG CCTTTTAAAT AACACAGCCC AGCTCAATGT TCTCTTGCTC CCCACCCCCG
GCTCCCTCCC ACCCGTGGAA TTGCCACTTG GTTCCTATGT GTGTACACCT GTGCAGACAC
ATCTGATGAA GCCGAGGAAA GAAAAGAGGG CCACAGAACC AAAGCTTACA GTGTCCTTTG
TGTTGCGCCC AGGGTGGACC GCCCAGCCTG GCCCGGCTCA CGGGCGCTGA GAGTGTTGCC
TCGTTACTGG GAGCTGCCGT CCAGGTTGCC CAGCCTTCCT CTGCACTGGG GGAGCCACCA
GCAAGGCTTT CCAAAGGCTT GTCAATAATG GCTTTTTGCA AGTGTTAAAT GGTGTTTTTG
TTTCGAAATT GGGACTTGTT TTCCCCTTCT CACCCTGATT TGATAGTAGA ATTCTTTCTT
CCTGCATCAG GTCAGGTGCC ATTGACACGA AGGTCATGTC ACCTCTTTTC CCTTCACTGT
TTGCACAATG CCTTGGGGAG TGAGTGGCAG GAATGTGGGC TGAACCCAGG GCCAGCATGC
TCAGGAGGCG TGTCGCCCAC CTGGCGCAGG GTGCTGGGTG TCAGCGTCAG TCATTTGGGG
AAATGCAGCC AGCAGGTTTG CTGGGAAGCT TGGTAAGCTG CAAAAAATGA AAAAAAAAAA
AAAAGAAAAG AAAAAGCCTC AGCATAATTT TGCCCACAAT TTCTTCCATA TCCTGACACC
AAAAGGAAGG AATGGGCTAC GGCAGGCAGG CGGGAAGAGG GGGAAGCAGG TAGAGCTTTG
GGGTTAGGTC TGTAAGGTCA CCCCTGCCAC CCCCTCCAAA AGAAGGGCCT GACCACACCC
AGGAGAGAAT GGCCCTAAAA ACCTTATTTT TATACTTGTG AGTAAATAAA CAGATATTTT
TTTTACAAAA ATAACTTCTG GATATATCAG TGTTTTTGAT GTTAAAGGAA AGTACTCCTC
TGTCGTAAAT TATTTATTGG AAGATAACTT TGTAAAAGCT GCTGTTTGCC CTGGCTTGGT
TTCATACACT GATTTATTTT TCTACGCCAG GCAGTAGAAC TTCTCTGCCT CTGAGGAGCA
GGCTGACCCC TCCAGTGGAG ACCAGCATTG ATGTAGGATG CTGCTAAGCG CCTTTTGCCA
CCACCCCCCA CTCACGATTT GATTAACATC CCCCCTGAGG ATGGGAGTGT TGGGGAGAGG
AAGCCTGGCT GCTCCCAGAC TCCAAGAGCC CTCACCTGCC GTCACCCAGA ATGACACCCT
TGCCCATCAG ATCAGCAGTG GGGCTCGCCC CAGGCGTGCC AAGGGCAGAG CTCTCACTTC
ATGGTTGGCA CTGGCGTCGG GGGGGGAACG GGTGCCCAAG AGTGCGGCTG CCCCAGCATG
GGGTTCCCAC GCGTGTCCAG TGGCTGGGCC GCCCCCAGCT TTCCTGAGGC TGGGCCTATA
GACGGCAGAG ACTTTTGGCT GAAAGGTGGG CTCGCTCTCT GCGTTATAGC TTCTCTCTTC
TCCCTGTTCC TGCAAACCGC AAGCAGAGGC GAGGGCAAGC TTGACCACTC GCTCCCAGAC
ACACAGCACA AGTCATCGCA ATGTTCCATG TGTGGTCTGC GCAGGCTTCG CAGGGGATGG
GAGGGAGACC AAGAGTGAAT ATAACTTAAA ATGGAAGCAT ACTTTTTATA ATTTTTCTTT
TTAAAACTTT GTGAAATTAT TTCAGATACA TATTTTAGTG TTGAGGCAGA TTAGTATATA
GCCACCAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAGC ATTGGGTAAA ATTTTGGGGC CCTCCCAAAA
TTGGTGATTT TTATGTTTAA ATAAATAACT TCCTTCTGAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA AAAAA
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | STAT5B | signal transducer and activator of transcription 5B [Homo sapiens]. | 664 | 0.0 | |
|
| STAT5A | signal transducer and activator of transcription 5A [Homo sapiens]. | 593 | e-169 | |
|
| STAT6 | signal transducer and activator of transcription 6 isoform 2 [Homo sapiens]. | 288 | 2e-77 | |
|
| STAT6 | signal transducer and activator of transcription 6 isoform 1 [Homo sapiens]. | 288 | 2e-77 | |
|
| STAT6 | signal transducer and activator of transcription 6 isoform 2 [Homo sapiens]. | 288 | 2e-77 | |
|
| STAT6 | signal transducer and activator of transcription 6 isoform 1 [Homo sapiens]. | 288 | 2e-77 | |
|
| STAT6 | signal transducer and activator of transcription 6 isoform 1 [Homo sapiens]. | 288 | 2e-77 | |
|
| STAT4 | signal transducer and activator of transcription 4 [Homo sapiens]. | 170 | 1e-41 | |
|
| STAT4 | signal transducer and activator of transcription 4 [Homo sapiens]. | 170 | 1e-41 | |
|
| STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 isoform 2 [Homo sapiens]. | 153 | 9e-37 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Stat5b | signal transducer and activator of transcription 5B [Mus musculus]. | 648 | 0.0 | |
|
| Stat5b | signal transducer and activator of transcription 5B [Mus musculus]. | 648 | 0.0 | |
|
| Stat5a | signal transducer and activator of transcription 5A isoform 1 [Mus musculus]. | 584 | e-166 | |
|
| Stat5a | signal transducer and activator of transcription 5A isoform 2 [Mus musculus]. | 481 | e-135 | |
|
| Stat6 | signal transducer and transcription activator 6 [Mus musculus]. | 288 | 2e-77 | |
|
| Stat4 | signal transducer and activator of transcription 4 [Mus musculus]. | 170 | 6e-42 | |
|
| Stat3 | signal transducer and activator of transcription 3 isoform 2 [Mus musculus]. | 153 | 8e-37 | |
|
| Stat3 | signal transducer and activator of transcription 3 isoform 1 [Mus musculus]. | 152 | 2e-36 | |
|
| Stat3 | signal transducer and activator of transcription 3 isoform 3 [Mus musculus]. | 151 | 4e-36 | |
|
| Stat1 | signal transducer and activator of transcription 1 isoform 2 [Mus musculus]. | 147 | 7e-35 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC490969 | PREDICTED: similar to signal transducer and activator of transcription 5B isoform 1 [Canis familiaris]. | 667 | 0.0 | |
|
| LOC490969 | PREDICTED: similar to signal transducer and activator of transcription 5B isoform 4 [Canis familiaris]. | 667 | 0.0 | |
|
| LOC490969 | PREDICTED: similar to signal transducer and activator of transcription 5B isoform 3 [Canis familiaris]. | 667 | 0.0 | |
|
| LOC490969 | PREDICTED: similar to signal transducer and activator of transcription 5B isoform 2 [Canis familiaris]. | 667 | 0.0 | |
|
| LOC490968 | PREDICTED: similar to Signal transducer and activator of transcription 5A isoform 7 [Canis familiaris]. | 610 | e-174 | |
|
| LOC490968 | PREDICTED: similar to Signal transducer and activator of transcription 5A isoform 8 [Canis familiaris]. | 605 | e-173 | |
|
| LOC490968 | PREDICTED: similar to Signal transducer and activator of transcription 5A isoform 6 [Canis familiaris]. | 602 | e-172 | |
|
| LOC490968 | PREDICTED: similar to Signal transducer and activator of transcription 5A isoform 4 [Canis familiaris]. | 602 | e-172 | |
|
| LOC490968 | PREDICTED: similar to Signal transducer and activator of transcription 5A (Mammary gland factor) isoform 3 [Canis familiaris]. | 602 | e-172 | |
|
| LOC490968 | PREDICTED: similar to Signal transducer and activator of transcription 5A isoform 1 [Canis familiaris]. | 602 | e-172 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| STAT5B | signal transducer and activator of transcription 5B [Bos taurus]. | 668 | 0.0 | |
|
| LOC789476 | PREDICTED: signal transducer and activator of transcription 5B, partial [Bos taurus]. | 649 | 0.0 | |
|
| STAT5A | signal transducer and activator of transcription 5A [Bos taurus]. | 599 | e-171 | |
|
| STAT6 | PREDICTED: signal transducer and activator of transcription 6, interleukin-4 induced [Bos taurus]. | 288 | 2e-77 | |
|
| STAT6 | signal transducer and transcription activator 6 [Bos taurus]. | 288 | 2e-77 | |
|
| STAT4 | PREDICTED: signal transducer and activator of transcription 4 [Bos taurus]. | 173 | 8e-43 | |
|
| STAT4 | PREDICTED: signal transducer and activator of transcription 4 [Bos taurus]. | 171 | 5e-42 | |
|
| STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 [Bos taurus]. | 150 | 6e-36 | |
|
| STAT1 | signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta [Bos taurus]. | 145 | 2e-34 | |
|
| STAT2 | signal transducer and activator of transcription 2 [Bos taurus]. | 123 | 1e-27 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| STAT5B | signal transducer and activator of transcription 5B [Sus scrofa]. | 679 | 0.0 | |
|
| STAT5A | signal transducer and activator of transcription 5A [Sus scrofa]. | 615 | e-176 | |
|
| LOC100620438 | PREDICTED: signal transducer and activator of transcription 5A-like [Sus scrofa]. | 392 | e-109 | |
|
| LOC100516478 | PREDICTED: signal transducer and activator of transcription 6-like [Sus scrofa]. | 289 | 7e-78 | |
|
| STAT6 | signal transducer and activator of transcription 6 [Sus scrofa]. | 289 | 7e-78 | |
|
| LOC100515027 | PREDICTED: signal transducer and activator of transcription 6-like [Sus scrofa]. | 224 | 2e-58 | |
|
| STAT4 | signal transducer and activator of transcription 4 [Sus scrofa]. | 170 | 4e-42 | |
|
| LOC100626964 | PREDICTED: signal transducer and activator of transcription 4-like, partial [Sus scrofa]. | 168 | 2e-41 | |
|
| STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 [Sus scrofa]. | 151 | 3e-36 | |
|
| STAT1 | signal transducer and activator of transcription 1 [Sus scrofa]. | 147 | 5e-35 |
|
Assembly Members: 21
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20110601C-002847 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
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20110601C-002847 : .................TTTACAATCTTATTTGAATCACAGTTCAGTGTTGGTGGAAATG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 43
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ITT01_0065_H10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCAATCTTATTTGAATCACAGTTCAGTGTTGGTGGAAATG
MLN01_0053_G06.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCAATCTTATTTGAATCGCAGTTCAGTGTTGGTGGAAATG
LNG01_0107_E09.b :
ADR01_0029_A06.b :
OVRM1_0172_D08.b :
LVRM1_0137_D06.b :
THY01_0097_G06.b :
THY01_0026_D07.b :
LNG01_0057_E07.b :
TCH01_0062_E10.b :
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OVRM1_0081_G06.b :
UTR01_0062_E02.b :
SPL01_0101_A07.b :
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 103
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PBL01_0097_B11.b :
SKNB1_0043_H02.b :
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KDN01_0082_H01.b :
OVRM1_0074_H12.b :
OVRM1_0081_G06.b :
UTR01_0062_E02.b :
SPL01_0101_A07.b :
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20110601C-002847 : AGGACAACAACGCGACGGCCACCGTCCTCTGGGACAATGCTTTCGCAGAGCCCGGCAGGG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 163
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THY01_0026_D07.b :
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 223
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KDN01_0082_H01.b :
OVRM1_0074_H12.b :
OVRM1_0081_G06.b :
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MLN01_0053_G06.b : AATTCAAGGCCGAGGTGCAGAGCAACCGGGGCCTGACCAAGGAGAACCTCGTGTTCCTGG
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 403
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