[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-002849
Length:
2,572
Sequence:
[FASTA format sequence]
TCGGCCCCAG GAAGTGCCCG GTTTGGTCAG GGCTCAGGGC CGATTCTCCT GGATGACCTG
CGCTGCTCAG GGCATGAGAC CTACTTGTGG AGCTGCCCCC ACAGTGGCTG GAACACGCAC
AACTGTGGGC ATCACGAAGA TGCTGGTGTC ATCTGCTCAG ATGCCCAGCG CTCGTCCACG
GTCATTCCAG ATTGGTGGGA CACAACGACT CCTTCCCAAA CTTGGTGGCA CCCAACAACT
ACAACCGCAG CAAGTCCCTC TTCACCTTGT GGTGGCTTCT TGACCAGTGC CAGTGGGACA
TTTTCCAGTC CATCCTACCC TGGATTGTAC CCCAACAATG CCAACTGTGT CTGGGAAATA
GAGGTGAACT CCGGCTATCG CATAAACCTG GGCTTCAACA ATCTACAGTT GGAGGTGCAC
ATTAATTGCA TTTATGATTA CATTGAAATC TTTGATGAAT CACCGGGTAG CAATACTTCG
CTGGGGAAAA TTTGTAATCA CACCAGCCAG ATATTCACAT CTTCTTACAA CCGAATGACA
GTTCGATTTC GGAGTGATGG CAGTGTCCAA AAACCTGGCT TTTCTGCTTG GTATAACTCT
TTTCCAAGAG ACGCCAGCTT GAGATTGGTC AACTCGAACT CCTCCTACCC CTCATGTGCT
GGGCGTGTGG AAATTTACCA AGGTGGCCGA TGGGGAACTG TTTGTGATGA TGGCTGGGAC
ATCCAGGATG CCCAAGTGGT CTGCAGACAG CTGGGGTGTG GAAATGCAGT GTCGGCCCCA
GGAAACGCTT ATTTCGGCCC CGGCTCTGGC CCCATCACCT TGGATGACGT GGCGTGCTCG
GGGACGGAAT CCACTCTCTG GCAGTGCCGG AACCGAGGCT GGTTCTCCCA TAACTGTGGC
CACAGTGAAG ATGCTGGAGT CATTTGCTCA GTTCCTGCTT TCACCACCAC CCCTCCCGCC
ACAAATTATT CCTGTGGAGG CTTCCTGTCC CAGGCGGCGG GGGGCTTTAA CAGCCCCTTC
TACCCTGGGA ACTACCCGAA CAACGCCAAC TGCGTGTGGG ACATCGAAGT TCAGAACAAC
TATCGGGTGA CCGTGGTCTT CAGAGACGTC CAGCTTGAAA GCGGCTGTAA CTTCGATTAC
ATTGAGGTGT TTGACGGCCC CTACCGCAGC TCCCCGCTGC TTGCCCGGGT CTGCAATGGG
GCAAGTGGCT CCTTCACCTC CTCGTCCAAC TTCATGTCCA TTCGCTTCAT CAGCGACGTC
AGTGTCACGA GGGCAGGGTT CCGGGCTAAC TACTACTCCA GTCCTTCCTC TGGGAGCACC
CGGCTGCATT GCCTGCAGAA TCACATGCAA GCCAGCGTCA GCACGAGCTA CCTCCAATCC
CTGGGCTACT CCGCCAGGGA CCTTGTCATT CCCGGCTGGG AGTGGAGCTA CCAGTGTCAG
CCCCAGATTA CGTCTACCCA GGTGACATTC ACGATTCCCT ACTCCAGCTG TGGCACCATC
CAGCGGGTGG ACAATGACAC CATCACCTAT TCCAACTCCC TCAGAGCGGC TGTCTCAAGT
GGCATCATCA AGAGGAAGAA GGACCTCAAC ATGTACGTCA GCTGCAGAAT GCTCCAGAAC
ACCTGGGTTA ACACCGTGTA CATTGCTAAC GACACCCTCG AGGTCCAGAA CGTGCAGTAT
GGCAACTTCG ACGTCAACAT TTCCTTTTTT ACGTCCTCTT CGTTCTTATA TCCCGTGAGG
AGCAGCCCAT ACTACGTGGA CCTGAACCAG AATCTGTACC TTCAGGCTGA GCTCCTCCAT
GCCAACGCCT CCCTGGCCTT ATTTGTGGAC ACCTGTGTGG CATCGCCATA TCCCAATGAC
TTTACAACTT TGACTTACGA CCTCATCCGG AGCGGGTGTG TGAAGGACGA AACCTACCAG
TCCTACTCTC AGCCGTCGCC CCGCATCGTC CGCTTCAAGT TCAGTTCCTT CCACTTCCTG
AGCCGCTTCC CCTCCGTGTA CCTGCAGTGT AAGATGGTCG TGTGCAGGGC GTTCGACTCC
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GAGAAGGTGG ATGTTGTCCT GGGACCCATC CAGCTGCAGA CCCTGCACGC TGAGAAGAGG
AGCCTGGACC AGCCGGCGGT TGACCTGGAG GAGAAGGCCA GCGCCCAGGG GAGCTACGAC
GGTGCTGCTA TCTCTGCTGG GATCTTTCTC GTCGTGGTCT TGGCCGTGGC AGCCTTCACC
CTGGGGGAGG CGCGGCCGTG CTGCCGACGG CCAGCCTCTG ATCTCTAAGA CATGATGCAG
GGAAGGGCGC ACGGTGCTCA GAGGTCCCCG AGCTCCGGAG CCCCCGGAGG AAGGAAGAAA
CCAGGGTCCA GAGCTGGGCA CCCAGAGCAC CCCACTCGCT TCCTCTGGCC AGGTGCATGG
GTGGGGGTGG GTGAGAAAGA CGGGAGTAGG TTTTCCCAGA AACACCGCCT TGGTGCTGGG
ACAAAACGCC AGGCCAGCAG GTACCAGAAC CTGAATCCTG CCTGCAGCCA TG
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | DMBT1 | PREDICTED: deleted in malignant brain tumors 1 protein isoform 3 [Homo sapiens]. | 1068 | 0.0 | |
|
| DMBT1 | deleted in malignant brain tumors 1 protein isoform c precursor [Homo sapiens]. | 1067 | 0.0 | |
|
| DMBT1 | deleted in malignant brain tumors 1 protein isoform b precursor [Homo sapiens]. | 1067 | 0.0 | |
|
| DMBT1 | PREDICTED: deleted in malignant brain tumors 1 protein isoform 1 [Homo sapiens]. | 1067 | 0.0 | |
|
| DMBT1 | PREDICTED: deleted in malignant brain tumors 1 protein isoform 2 [Homo sapiens]. | 1067 | 0.0 | |
|
| DMBT1 | deleted in malignant brain tumors 1 protein isoform a precursor [Homo sapiens]. | 1067 | 0.0 | |
|
| CUZD1 | CUB and zona pellucida-like domain-containing protein 1 precursor [Homo sapiens]. | 257 | 3e-68 | O |
|
| CD163 | scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 isoform a [Homo sapiens]. | 153 | 9e-37 | |
|
| CD163 | scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 isoform b [Homo sapiens]. | 153 | 9e-37 | |
|
| CD163L1 | scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M160 precursor [Homo sapiens]. | 150 | 7e-36 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Dmbt1 | deleted in malignant brain tumors 1 protein [Mus musculus]. | 866 | 0.0 | |
|
| 5430419D17Rik | putative DMBT1-like protein precursor [Mus musculus]. | 369 | e-102 | |
|
| Cuzd1 | CUB and zona pellucida-like domain-containing protein 1 [Mus musculus]. | 246 | 5e-65 | O |
|
| A430110N23Rik | soluble scavenger receptor cysteine-rich domain-containing protein SSC5D precursor [Mus musculus]. | 148 | 2e-35 | O |
|
| Cd163 | scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 isoform 2 precursor [Mus musculus]. | 145 | 2e-34 | |
|
| Cd163 | scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 isoform 1 precursor [Mus musculus]. | 145 | 2e-34 | |
|
| 5830411N06Rik | scavenger receptor protein family member isoform 2 [Mus musculus]. | 142 | 2e-33 | |
|
| 5830411N06Rik | scavenger receptor protein family member isoform 1 [Mus musculus]. | 142 | 2e-33 | |
|
| Srcrb4d | scavenger receptor cysteine-rich domain-containing group B protein precursor [Mus musculus]. | 140 | 4e-33 | |
|
| Cd163l1 | CD163 molecule-like 1 [Mus musculus]. | 140 | 5e-33 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC486922 | PREDICTED: similar to deleted in malignant brain tumors 1 isoform a precursor [Canis familiaris]. | 1068 | 0.0 | |
|
| LOC486923 | PREDICTED: similar to deleted in malignant brain tumors 1 isoform a precursor [Canis familiaris]. | 389 | e-108 | |
|
| LOC486924 | PREDICTED: similar to CUB and zona pellucida-like domains 1 isoform 1 [Canis familiaris]. | 271 | 3e-72 | O |
|
| LOC611165 | PREDICTED: similar to deleted in malignant brain tumors 1 isoform b precursor [Canis familiaris]. | 255 | 2e-67 | |
|
| LOC611105 | PREDICTED: similar to deleted in malignant brain tumors 1 isoform b precursor [Canis familiaris]. | 231 | 3e-60 | |
|
| LOC486924 | PREDICTED: similar to CUB and zona pellucida-like domains 1 isoform 2 [Canis familiaris]. | 207 | 5e-53 | O |
|
| LOC611175 | PREDICTED: similar to deleted in malignant brain tumors 1 isoform a precursor [Canis familiaris]. | 173 | 8e-43 | O |
|
| LOC486921 | PREDICTED: similar to deleted in malignant brain tumors 1 isoform b precursor [Canis familiaris]. | 165 | 2e-40 | |
|
| LOC610335 | PREDICTED: similar to deleted in malignant brain tumors 1 isoform c precursor, partial [Canis familiaris]. | 161 | 3e-39 | O |
|
| LOC611120 | PREDICTED: similar to deleted in malignant brain tumors 1 isoform c precursor [Canis familiaris]. | 160 | 4e-39 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| DMBT1 | PREDICTED: deleted in malignant brain tumors 1 [Bos taurus]. | 1089 | 0.0 | |
|
| DMBT1 | PREDICTED: deleted in malignant brain tumors 1, partial [Bos taurus]. | 1077 | 0.0 | |
|
| LOC751810 | PREDICTED: WC1 isolate CH120 [Bos taurus]. | 158 | 3e-38 | |
|
| LOC100336041 | PREDICTED: WC1-like [Bos taurus]. | 156 | 1e-37 | |
|
| CD163L1 | antigen WC1.1 precursor [Bos taurus]. | 154 | 5e-37 | |
|
| LOC751808 | PREDICTED: WC1 isolate CH149 isoform 1 [Bos taurus]. | 152 | 2e-36 | |
|
| LOC100337466 | PREDICTED: mucin-like, partial [Bos taurus]. | 152 | 1e-36 | O |
|
| LOC751808 | PREDICTED: WC1 isolate CH149 isoform 4 [Bos taurus]. | 152 | 2e-36 | |
|
| LOC751808 | PREDICTED: WC1 isolate CH149 isoform 3 [Bos taurus]. | 152 | 2e-36 | |
|
| LOC751808 | PREDICTED: WC1 isolate CH149 isoform 2 [Bos taurus]. | 152 | 2e-36 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| DMBT1 | deleted in malignant brain tumors 1 protein [Sus scrofa]. | 1447 | 0.0 | |
|
| LOC100620417 | PREDICTED: deleted in malignant brain tumors 1 protein-like, partial [Sus scrofa]. | 326 | 3e-89 | |
|
| LOC100519221 | PREDICTED: hypothetical protein LOC100519221 [Sus scrofa]. | 326 | 3e-89 | |
|
| LOC100627089 | PREDICTED: antigen WC1.1-like [Sus scrofa]. | 155 | 1e-37 | |
|
| CD163 | scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 [Sus scrofa]. | 146 | 6e-35 | |
|
| SSC5D | PREDICTED: soluble scavenger receptor cysteine-rich domain-containing protein SSC5D [Sus scrofa]. | 145 | 1e-34 | O |
|
| LOC100156553 | PREDICTED: putative scavenger receptor cysteine-rich domain-containing protein LOC619207-like [Sus scrofa]. | 142 | 9e-34 | |
|
| LOC100620911 | PREDICTED: putative scavenger receptor cysteine-rich domain-containing protein LOC619207-like [Sus scrofa]. | 142 | 9e-34 | |
|
| LOC100511317 | PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: scavenger receptor cysteine-rich domain-containing group B protein-like [Sus scrofa]. | 141 | 2e-33 | |
|
| CD163L1 | scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M160 [Sus scrofa]. | 126 | 5e-29 |
20110601C-002849 : ............................................................
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