[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-004928
Length:
967
Sequence:
[FASTA format sequence]
TACACACTCC TGCTCTCAGC GGCTGCCGCT GCAGAGTGGG TGTAACCATG AGGGATCCCT
GCGAGGGTCC TGGGGAGAAG GAAGAGCTGG AGGAAGGGGC GGCGGCCACT GGGCATCCTG
CAGAAGTCCT GGAGGCCAAG TGTTCAGACG TGGATTCGGA CTCTGACCTG GAGACAGAAG
CAACAACCGC ATTTCTGCAT TGGGAGCTCT GAGCCTGGGC CAGGGTCTGC AGGTCAACCG
GACACTGAGG ATTCTTGTTG TATCCAGGAA TCCCATGCGA AGTGAGGGCT GCTCTGCTCT
TCTGAAGTCT GTCCGGGCCA ACCCATTGTC TGCCGCAGAA CTGCTGGATT TCTCTGATAT
CCAGGTGAAC AGAGAGTTTG ATGACCTTGC CGGTTCACTG AAGCTGATTC TTCCAAGGCT
TTGCATAAAG ACGGCTGCCC ACAGAGTGGA GTACAGAAGA GAACTGCTGC CCATCTTCAG
ACCATCTAAA TGATTGTGGA GTGTGGTTTC CTCACCTCTC CCATCAGCCA CATCAACTTC
CTGATGCTTT TTAACACTTG AGTCTGCATG GAGTCCCCAT GGCAACCAGG TGGTAAGTCC
CACAGAGGCG GCCTTCATGG TGACTCAAAC ATTTGTACTA CTCAGGACCT TCCTTTGCTC
TCACTCATTC ATGTAAGAGA AACTTGTACT ATAGACTACA CAATGAGCTG GGCATTGGGC
CAAGATGCCC AAGATCTGGC ACATGATTAA AATATCAGGT GATGTGCAAC CGGCATTCCC
AAACACCACT ATGAATAATG CAAACTGACA CAGCCTTTTC AGAAGGCAAT TTATTATCAA
GCACTGAGAA CTTAAACTGC CTGCCTAGGA GTTCCCGTCG TGGCTCAGTG ATTAATGAAT
CCGACTAAGA ACCATGAAGT CACGGGTACG ATCCCTGGCC TTGCTCAGTG GGTTAGGATC
TGGCGTT
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | 4930451C15Rik | hypothetical protein LOC74685 isoform 1 [Mus musculus]. | 93.2 | 3e-19 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC530264 | PREDICTED: ribonuclease inhibitor-like [Bos taurus]. | 129 | 4e-30 | |
|
| LOC530264 | PREDICTED: ribonuclease inhibitor-like [Bos taurus]. | 129 | 4e-30 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC100511104 | PREDICTED: leucine-rich repeat-containing protein LOC400891-like [Sus scrofa]. | 61.2 | 8e-10 | O |
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20110601C-004928 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
LNG01_0109_E07.b : nnnnggctggacttgacagtttgtacxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
TCH01_0025_G11.b : nggctaggacttgacagtttgtcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
TCH01_0057_B04.b : nnnnggcttgtgacttgacxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
LNG01_0092_H08.b : ttttaagctggacttgacagtttgtcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
20110601C-004928 : .................TACACACTCCTGCTCTCAGCGGCTGCCGCTGCAGAGTGGGTGT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 43
LNG01_0109_E07.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxTACACACTCCTGCTCTCAGCGGCTGCCGCTGCAGAGTGGGTGT
TCH01_0025_G11.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxaCACTCCTGCTCTCAGCGGCTGCCGCTGCAGAGTGGGTGT
TCH01_0057_B04.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCACTCCTGCTCTCAGCGGCTGCCGCTGCAGAGTGGGTGT
LNG01_0092_H08.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxcaCACTCCTGCTCTCAGCGGCTGCCGCTGCAGAGTGGGTGT
20110601C-004928 : AACCATGAGGGATCCCTGCGAGGGTCCTGGGGAGAAGGAAGAGCTGGAGGAAGGGGCGGC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 103
LNG01_0109_E07.b : AACCATGAGGGATCCCTGCGAGGGTCCTGGGGAGAAGGAAGAGCTGGAGGAAGGAGCGGC
TCH01_0025_G11.b : AACCATGAGGGATCCCTGCGAGGGTCCTGGGGAGAAGGAAGAGCTGGAGGAAGGGGCGGC
TCH01_0057_B04.b : AACCATGAGGGATCCCTGCGAGGGTCCTGGGGAGGAGGAAGAGCTGGAGGAAGGGGCGGC
LNG01_0092_H08.b : AACCATGAGGGATCCCTGCGAGGGTCCTGGGGAGAAGGAAGAGCTGGAGGAAGGGGCGGC
20110601C-004928 : GGCCACTGGGCATCCTGCAGAAGTCCTGGAGGCCAAGTGTTCAGACGTGGATTCGGACTC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 163
LNG01_0109_E07.b : GGCCACTGGGCATCCTGCAGAAGTCCTGGAGGCCAAGTGTTCAGACGTGGATTCGGACTC
TCH01_0025_G11.b : GGCCACTGGGCATCCTGCAGAAGTCCTGGAGGCCAAGTGTTCAGACGTGGATTCGGACTC
TCH01_0057_B04.b : GGCCACTGGGCATCCTGCAGAAGTCCTGGAGGCCAAGTGTTCAGACGTGGATTCGGACTC
LNG01_0092_H08.b : GGCCACTGGGCATCCTGCAGAAGTCCTGGAGGCCAAGTGTTCAGACGTGGATTCGGACTC
20110601C-004928 : TGACCTGGAGACAGAAGCAACAACCGCATTTCTGCATTGGGAGCTCTGAGCCTGGGCCAG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 223
LNG01_0109_E07.b : TGACCTGGAGACAGAAGCAACAACCGCATTTCTGCATTGGGAGCTCTGAGCCTGGGCCAG
TCH01_0025_G11.b : TGACCTGGAGACAGAAGCAACAACCGCATTTCTGCATTGGGAGCTCTGAGCCTGGGCCAG
TCH01_0057_B04.b : TGACCTGGAGACAGAAGCAACAACCGCATTTCTGCATTGGGAGCTCTGAGCCTGGGCCAG
LNG01_0092_H08.b : TGACCTGGAGACAGAAGCAACAACCGCATTTCTGCATTGGGAGCTCTGAGCCTGGGCCAG
20110601C-004928 : GGTCTGCAGGTCAACCGGACACTGAGGATTCTTGTTGTATCCAGGAATCCCATGCGAAGT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 283
LNG01_0109_E07.b : GGTCTGCAGGTCAACCGGACGCTGAGGATTCTTGTTGTATCCAGGAATCCCATGCGAAGT
TCH01_0025_G11.b : GGTCTGCAGGTCAACCGGACACTGAGGATTCTTGTTGTATCCAGGAACCCCATGCGAAGT
TCH01_0057_B04.b : GGTCTGCAGGTCAACCGGACGCTGAGGATTCTTGTTGTATCCAGGAATCCCATGCGAAGT
LNG01_0092_H08.b : GGTCTGCAGGTCAACCGGACACTGAGGATTCTTGTTGTATCCAGGAATCCCATGCGAAGT
20110601C-004928 : GAGGGCTGCTCTGCTCTTCTGAAGTCTGTCCGGGCCAACCCATTGTCTGCCGCAGAACTG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 343
LNG01_0109_E07.b : GAGGGCTGCTCTGCTCTTCTGAAGTCTGTCCGGGCCAACCCATTGTCTGCCGCAGAACTG
TCH01_0025_G11.b : GAGGGCTGCTCTGCTCTTCTGAAGTCTGTCCGGGCCAACCCGTTGTCTGCCGCAGAACTG
TCH01_0057_B04.b : GAGGGCTGCTCTGCTCTTCTGAAGTCTGTCCGGGCCAACCCATTGTCTGCCGCAGAACTG
LNG01_0092_H08.b : GAGGGCTGCTCTGCTCTTCTGAAGTCTGTCCGGGCCAACCCATTGTCTGCCGCAGAACTG
20110601C-004928 : CTGGATTTCTCTGATATCCAGGTGAACAGAGAGTTTGATGACCTTGCCGGTTCACTGAAG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 403
LNG01_0109_E07.b : CTGGATTTCTCTGATATCCAGGTGAACAGAGAGTTTGATGACCTTGCCGGTTCACTGAAG
TCH01_0025_G11.b : CTGGATTTCTCTGATATCCAGGTGAACAGAGAGTTTGATGACCTTGCCGGTTCACTGAAG
TCH01_0057_B04.b : CTGGATTTCTCTGATATCCAGGTGAACAGAGAGTTTGATGACCTTGCCGGTTCACTGAAG
LNG01_0092_H08.b : CTGGATTTCTCTGATATCCAGGTGAACAGAGAGTTTGATGACCTTGCCGGTTCACTGAAG
20110601C-004928 : CTGATTCTTCCAAGGCTTTGCATAAAGACGGCTGCCCACAGAGTGGAGTACAGAAGAGAA
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 463
LNG01_0109_E07.b : CTGATTCTTCCAAGGCTTTGCATAAAGACGGCTGCCCACAGAGTGGAGTACAGAAGAGAA
TCH01_0025_G11.b : CTGATTCTTCCAAGGCTTTGCATAAAGACGGCTGCCCACAGAGTGGAGTACAGAAGAGAA
TCH01_0057_B04.b : CTGATTCTTCCAAGGCTTTGCATAAAGACGGCTGCCCACAGAGTGGAGTACAGAAGAGAA
LNG01_0092_H08.b : CTGATTCTTCCAAGGCTTTGCATAAAGACGGCTGCCCACAGAGTGGAGTACAGAAGAGAA
20110601C-004928 : CTGCTGCCCATCTTCAGACCATCTAAATGATTGTGGAGTGTGGTTTCCTCACCTCTCCCA
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 523
LNG01_0109_E07.b : CTGCTGCCCATCTTCAGACCATCTAAATGATTGTGGAGTGTGGTTTCCTCACCTCTCCCA
TCH01_0025_G11.b : CTGCTGCCCATCTTCAGACCATCTAAATGATTGTGGAGTGTGGTTTCCTCACCTCTCCCA
TCH01_0057_B04.b : CTGCTGCCCATCTTCAGACCATCTAAATGATTGTGGAGTGTGGTTTCCTCACCTCTCCCA
LNG01_0092_H08.b : CTGCTGCCCATCTTCAGACCATCTAAATGATTGTGGAGTGTGGTTTCCTCACCTCTCCCA
20110601C-004928 : TCAGCCACATCAACTTCCTGATGCTTTTTAACACTTGAGTCTGCATGGAGTCCCCATGGC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 583
LNG01_0109_E07.b : TCAGCCACATCAACTTCCTGATGCTTTTTAACACTTGAGTCTGCATGGAGTCCCCATGGC
TCH01_0025_G11.b : TCAGCCACATCAACTTCCTGATGCTTTTTAACACTTGAGTCTGCATGGAGTCCCCATGGC
TCH01_0057_B04.b : TCAGCCACATCAACTTCCTGATGCTTTTTAACACTTGAGTCTGCATGGAGTCCCCATGGC
LNG01_0092_H08.b : TCAGCCACATCAACTTCCTGATGCTTTTTAACACTTGAGTCTGCATGGAGTCCCCATGGC
20110601C-004928 : AACCAGGTGGTAAGTCCCACAGAGGCGGCCTTCATGGTGACTCAAACATTTGTACTACTC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 643
LNG01_0109_E07.b : AACCAGGTGGTAAGTCCCACAGAGGCGGCCTTCATGGTGACTCAAACATTTGTACTACTC
TCH01_0025_G11.b : AACCAAGTGGTAAGTCCCACAGAGGCGGCCTTCATGGTGACTCAAACATTTGTACTACTC
TCH01_0057_B04.b : AACCAGGTGGTAAGTCCCACAGAGGCGGCCTTCATGGTGACTCAAACATTTGTACTACTC
LNG01_0092_H08.b : AACCAGGTGGTAAGTCCCACAGAGGCGGCCTTCATGGTGACTCAAACATTTGTACTACTC
20110601C-004928 : AGGACCTTCCTTTGCTCTCACTCATTCATGTAAGAGAAACTTGTACTATAGACTACACAA
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 703
LNG01_0109_E07.b : AGGACCTTCCTTTGCTCTCACTCATTCATGTAAGAGAAACTTGTACTATAGACTACACAA
TCH01_0025_G11.b : AGGACCTTCCTTTGCTCTCACTCATTCATGTAAGAGAAACTTGTACTATAGACTACACAA
TCH01_0057_B04.b : AGGACCTTCCTTTGCTCTCACTCATTCATGTAAGAGAAACTTGTACTATAGACTACACAA
LNG01_0092_H08.b : AGGACCTTCCTTTGCTCTCACTCATTCATGTAAGAGAAACTTGTACTATAGACTACACAA
20110601C-004928 : TGAGCTGGGCATTGGGCCAAGATGCCCAAGATCTGGCACATGATTAAAATATCAGGTGAT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 763
LNG01_0109_E07.b : TGAGCTGGGCATTGGGCCAAGATGCCCAAGATCTGGCACATGATTAAAATATCAGGTGAT
TCH01_0025_G11.b : TGAGCTGGGCATTGGGCCAAGATGCCCAAGATCTGGCACATGATTAAAATATCAGGTGAT
TCH01_0057_B04.b : TGAGCTGGGCATTGGGCCAAGATGCCCAAGATCTGGCACATGATTAAAATATCAGGTGAT
LNG01_0092_H08.b : TGAGCTGGGCATTGGGCCAAGATGCCCAAGATCTGGCACATGATTAAAATATCAGGTGAT
20110601C-004928 : GTGCAACCGGCATTCCCAAACACCACTATGAATAATGCAAACTGACACAGCCTTTTCAGA
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 823
LNG01_0109_E07.b : GTGNCACCGGCATTCCCAAACACCACTATGAATAATGCNAACTGACACAGCCTTTTCAGA
TCH01_0025_G11.b : GTGCAACCGGCATTCCCAAACACCACTATGAATAATGCAAACTGACACAGCCTTTTCAGA
TCH01_0057_B04.b : GCGNCACCGGCATTCCCAAACACCACTATGAATAATGCAAACTGACACAGCCTTTTCAGA
LNG01_0092_H08.b : GTGNCACCGGCATTCCCNAACACCACTATGAATAATGCAAACTGACACAGCCTTTTCAGA
20110601C-004928 : AGGCAATTTATTATCAAGCACTGAGAACTTAAA*CTGCCTGCCTAGGAGTTCCCGTCGTG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 882
LNG01_0109_E07.b : AGGCNATTTATTATCAAGCACTGAGAACTTAAA*CTGCCTGCCTAggagttcccgtcgtg
TCH01_0025_G11.b : AAGCAATTTATTATCAAGCACTGAGAACTTAAAACTGCCTGCCTAggagttcccgtcgtg
TCH01_0057_B04.b : GGGGCATTTATTATCAAGCACTGAGAACTTAAAACTGCCTGCCCTAgagttcccatcgtg
LNG01_0092_H08.b : ANGGCATTTATTTATCAGCACTGAGAACTTAAA*CTGCCTGCCTAggagttcccgtcgtg
20110601C-004928 : GCTCAGTGATTAATGAATCCGACTAAGAACCATGAAGTCACGGGTACGATCCCTGGCCTT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 942
LNG01_0109_E07.b : gctcagtgattaatgaatccgactangaaccatgaagtcacgggtacgatccctggcctt
TCH01_0025_G11.b : gctcagtgatttatgaatccgactaggaaccctgaagttcccgggtacaatccctggcct
TCH01_0057_B04.b : gctcagtgattnatgaatccgactagggaccatggagtcacgggtacgatccctggcctt
LNG01_0092_H08.b : gctcagtgattnatgnatcccgactagaa*catgaagtcacgggtacgatccctggcctt
20110601C-004928 : GCTCAGTGGGTTAGGATCTGGCGTT...................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
LNG01_0109_E07.b : gctcantgggntaaggatctgggcgtgccgtgagttgtggtgtangttgcaaatgcngct
TCH01_0025_G11.b : tgctcattgggtttaaggatctggcgttgccctgaattgtggtgtaaggttgcaaattcc
TCH01_0057_B04.b : gctcagtgggttaaggatcctgccttgccgggagttgtggtggtaggtgcaaatgcggct
LNG01_0092_H08.b : gctcantgggttaggatctggcgttgccgtgagttgtggntgtagtgcaaaatgcgctca
20110601C-004928 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
LNG01_0109_E07.b : caaatccgnaatgctgtgnctgtgttgtaggcccgcatctccgctctgaatggaccctag
TCH01_0025_G11.b : gcctcaaatcccaaatttcctgtgcctggtggtgtaaggccggcttctaccgctcttgat
TCH01_0057_B04.b : ccaattccnaattgctgtggctgtggtgttagcggcctcacagctctgattggaccccta
LNG01_0092_H08.b : aatccgnagtgctgtgnnctgtgtgtagccgcatctacgctctgattggaccctannctg
20110601C-004928 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
LNG01_0109_E07.b : cctgggaacaccatatgcgcgggaacggccctaaaaaggcaaaaaccaaaaaaaaaaaaa
TCH01_0025_G11.b : tggacccctaggcctgggaacccccatatggcgcggggaacggn
TCH01_0057_B04.b : gctgggaacacctttggcgcggggacggccttaaaaggcaaaagaccaaaaaaaaaaaaa
LNG01_0092_H08.b : gngacacatatgcgcggagcgccctagaaaagcaaagaccaaaaaaaaaaaaaagcccag
20110601C-004928 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
LNG01_0109_E07.b : gcccactgggccaacttcggtcccgccgccttaatatcctcgggggcaagctaccgtaca
TCH01_0025_G11.b :
TCH01_0057_B04.b : aaggccccttgctcgacttcggtccggccccttaaattcccctaggagcccagcttcc
LNG01_0092_H08.b : tgtctagctgcagtccggcgcctcaagtacctcaagggccagctaacgtaccacttctgt
20110601C-004928 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
LNG01_0109_E07.b : gttttttgtaaagggtccataggggccattaaaacaggatgcccctttttaacctgcgga
TCH01_0025_G11.b :
TCH01_0057_B04.b :
LNG01_0092_H08.b : aaagggtcccaatgggcctatatacagactggcgcgtttaccccgacggaacactacttg
20110601C-004928 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
LNG01_0109_E07.b : aaactcactggattttgaagacctctctgggggcattgaaccccccgattagcccggaaa
TCH01_0025_G11.b :
TCH01_0057_B04.b :
LNG01_0092_H08.b : gatttaagaaacactcttggggattgcgacccccgattacccgggaaaaatttggtgggt
20110601C-004928 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
LNG01_0109_E07.b : aatttgttatgtaacccccctccgtgattcttaattaattaacagaattgtgttaatcgg
TCH01_0025_G11.b :
TCH01_0057_B04.b :
LNG01_0092_H08.b : aacccccccccgggtttcaaaattaaataccaggcattgtttataccgctcccccctttc
20110601C-004928 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
LNG01_0109_E07.b : tggccccccgcttcccccgtgtgttccccccaatgtggtgtgttttttgtttt
TCH01_0025_G11.b :
TCH01_0057_B04.b :
LNG01_0092_H08.b : cctgtttttccccccaacgtgtttnnnttaaaanttttntgttgggggggccggctcctc
20110601C-004928 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 967
LNG01_0109_E07.b :
TCH01_0025_G11.b :
TCH01_0057_B04.b :
LNG01_0092_H08.b : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
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