[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-000833
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5,494
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[FASTA format sequence]
CTACTGGACT TCCCCCCCCA CCCCCGTCCT TTCCCTCTGT CCCTTTGTCC CTCCACCGTC
CCTCCATCAT GGGGTCCACC TCGGGTCCCA GGCTGCTGCT GCTGCTCCTG ACCAGCCTCC
CCCTAGCCCT GGGGGATCCC ATTTACACCA TAATCACCCC CAACGTCCTG CGTCTGGAGA
GTGAGGAGAT GGTGGTGTTG GAGGCCCACG AAGGGCAAGG GGATATTCGG GTTTCGGTCA
CCGTCCATGA CTTCCCGGCC AAGAGACAGG TGCTGTCCAG CGAGACCACG ACGCTGAACA
ACGCCAACAA CTACCTGAGC ACCGTCAACA TCAAGATCCC GGCCAGCAAG GAGTTCAAAT
CAGAGAAGGG GCACAAGTTC GTGACCGTTC AGGCGCTCTT TGGGAACGTC CAGGTGGAGA
AGGTGGTGCT GGTCAGCCTT CAGAGCGGGT ACCTCTTCAT CCAGACGGAC AAGACTATCT
ACACCCCAGG CTCCACGGTC CTCTATCGGA TCTTCACCGT TGACCACAAG CTGCTGCCCG
TGGGCCAGAC CATTGTCGTC ACCATTGAGA CCCCTGAAGG CATTGACATC AAACGGGACT
CCCTGTCATC CCACAACCAG TTTGGCATCT TGGCTTTGTC TTGGAACATC CCAGAGCTGG
TCAACATGGG GCAGTGGAAG ATCCGAGCCC ACTATGAGGA TGCTCCCCAG CAAGTCTTCT
CTGCTGAGTT TGAGGTGAAG GAATATGTGC TGCCCAGTTT TGAGGTCCAA GTGGAGCCTT
CAGAGAAATT CTACTACATC GATGACCCAA ATGGCCTAAC TGTCAACATC ATTGCCAGGT
TCTTGTACGG GGAGAGTGTG GATGGAACAG CTTTCGTCAT CTTTGGGGTC CAGGACGGTG
ACCAGAGGAT TTCATTGTCT CAGTCCCTCA CCCGTGTTCC GATCATTGAT GGGACGGGGG
AAGCCACGCT GAGCCAAGGG GTCTTGCTGA ATGGAGTACA TTATTCCAGT GTCAATGACT
TGGTGGGAAA ATCCATATAT GTATCTGTCA CTGTCATTCT GAACTCAGGC AGCGACATGG
TGGAGGCAGA GCGCACCGGG ATCCCCATCG TGACCTCCCC CTATCAGATC CACTTCACCA
AGACCCCCAA GTTCTTCAAA CCCGCCATGC CCTTCGACCT CATGGTGTAT GTGACGAACC
CCGACGGCTC CCCTGCCCGC CACATCCCGG TGGTGACTGA GGACTTCAAA GTGAGGTCCT
TAACCCAGGA GGACGGTGTG GCCAAACTGA GCATCAACAC ACCCGACAAC CGGAATTCCC
TGCCCATCAC CGTACGCACT GAGAAGGACG GTATCCCAGC TGCACGACAA GCGACCAAGA
CCATGCACGT CCTACCCTAC AACACCCAGG GTAACTCCAA GAACTACCTC CACCTCTCTG
TGCCCCGCGT GGAGCTCAAG CCAGGGGAGA ATCTCAATGT TAACTTCCAC CTGCGCACGG
ACCCCGGCTA CCAAGACAAG ATCCGATACT TTACCTACCT GATCATGAAC AAGGGCAAGC
TGTTGAAGGT GGGACGCCAG CCGCGCGAGT CTGGCCAGGT CGTGGTGGTG CTGCCCTTGA
CCATCACGAC GGACTTCATC CCTTCCTTCC GCCTGGTGGC TTATTACACC CTGATTGCTG
CCAATGGCCA GAGGGAGGTG GTGGCCGATT CCGTATGGGT GGATGTCAAG GACTCATGTG
TGGGCACGCT GGTGGTAAAA GGTGGCGGGA AGCAAGACAA GCAGCATCGG CCTGGGCAAC
AGATGACCCT GGAGATCCAG GGTGACCGAG GGGCCCGAGT GGGGCTGGTG GCCGTGGACA
AGGGCGTGTT TGTGCTGAAT AAGAAAAACA AATTGACCCA GCGTAAGATC TGGGATGTCG
TGGAGAAGGC AGACATTGGT TGCACACCAG GCAGTGGAAA GGACTTTGCC GGAGTCTTCA
CAGATGCAGG GCTGGCCTTC AAGAGCAGCA AGGGCCTACA GACTCCCCAG AGGGCAGATC
TTGAGTGTCC GAAACCAGCC GCCCGCAAAC GCCGTTCCGT GCAGCTCATG GAGAAAAGGA
TGGACAAACT GGGTCAGTAC AGCAAGGAGC TGCGCAGATG TTGTGAGCAT GGCATGCGGG
ACAACCCCAT GAAGTTCTCG TGCCAGCGCC GGGCTCAGTT CATCCAGCAT GGTGATGCCT
GCGTGAAGGC CTTCCTGGAC TGCTGCGAAT ACATCGCAAA GCTGCGGCAG CAGCACAGCC
GCAACAAGCC CCTGGGGCTG GCCAGGAGTG ACCTGGATGA AGAAATAATC CCAGAGGAAG
ACATCATTTC CAGAAGCCAG TTCCCCGAGA GCTGGCTGTG GACCATTGAG GAGTTTAAAG
AACCAGACAA AAATGGAATC TCCACCAAGA CCATGAATGT GTTTTTAAAA GACTCCATCA
CCACTTGGGA GATTCTGGCT GTGAGCTTGT CGGACAAGAA AGGGATCTGC GTGGCTGACC
CCTATGAGGT TGTGGTGAAG CAAGATTTCT TCATCGATCT GCGTCTCCCC TACTCCGTTG
TGCGCAATGA GCAGGTGGAG ATCCGAGCTA TCCTCTATAA CTACAGGGAG GCAGAGGATC
TCAAGGTCAG GGTGGAACTG CTCTACAATC CAGCTTTCTG CAGCCTGGCC ACCGCCAAGA
AGCGCCACCA ACAGACTCTA ACGGTCCCAG CCAAGTCCTC AGTGCCCGTG CCTTACATCA
TTGTGCCCTT GAAGACTGGC CTCCAGGAGG TGGAGGTCAA GGCCGCCGTC TACAACCACT
TCATCAGTGA TGGTGTCAAG AAGACCCTGA AGGTCGTGCC AGAAGGAATG AGAGTCAACA
AAACTGTGGT CACTCGCACA CTGGATCCAG AACATAAGGG CCAACAGGGA GTGCAACGAG
AGGAAATCCC ACCTGCGGAT CTCAGCGACC AAGTCCCAGA CACGGAGTCA GAGACCAAGA
TCCTCCTGCA AGGGACCCCG GTGGCCCAGA TGGTAGAGGA TGCCATCGAC GGGGACCGGC
TGAAGCACCT CATCCAAACC CCCTCCGGCT GTGGGGAGCA GAACATGATC GGCATGACGC
CCACAGTCAT CGCTGTGCAC TACCTGGACA GCACCGAACA ATGGGAGAAG TTCGGCCTGG
AGAAGAGGCA GGAAGCCTTG GAGCTCATCA AGAAGGGGTA CACCCAGCAA CTGGCCTTCA
GACAAAAGAA CTCAGCCTTT GCCGCCTTCC AGGACCGGCT GTCCAGCACC TGGCTGACAG
CCTATGTGGT CAAGGTCTTC GCTATGGCAG CCAACCTCAT CGCCATCGAC TCCCAGGTCC
TCTGTGGGGC CGTCAAATGG CTGATCCTGG AGAAGCAGAA GCCTGATGGA GTCTTCGAGG
AGAATGGGCC CGTGATACAC CAAGAAATGA TTGGTGGCTT CAAGAACACT GAGGAGAAAG
ACGTGTCCCT GACAGCCTTT GTTCTCATCG CGCTGCAGGA GGCTAAAGAC ATCTGTGAAC
CACAGGTCAA TAGCCTGTTG CGCAGCATCA ATAAGGCAAG AGACTTCCTC GCAGACTACT
ACCTAGAATT AAAAAGACCA TATACTGTGG CCATTGCTGG TTATGCCCTG GCTCTATCTG
ACAAGCTGGA TGAGCCCTTC CTCAACAAAC TTCTGAGCAC AGCCAAAGAA AGGAACCGCT
GGGAGGAACC TGGCCAGAAG CTCTACAATG TGGAGGCCAC ATCCTACGCC CTCTTGGCTC
TGCTGGTAGT CAAAGACTTT GACTCTGTCC CTCCTATTGT GCGCTGGCTC AATGAGCAGA
GATACTACGG AGGTGGCTAT GGATCTACCC AGGCCACTTT CATGGTGTTC CAAGCCTTGG
CCCAATACCA GAAGGATGTC CCTGATCACA AGGATCTGAA CCTGGATGTG TCCATCCACC
TGCCCAGCCG CAGCGCTCCA GTCAGGCATC GTATCCTCTG GGAATCTGCT AGCCTTCTGC
GGTCAGAAGA GACAAAAGAA AATGAGAGAT TCACATTAAT AGCTGAAGGG AAAGGGCAAG
GCACCTTGTC GGTGGTGACC ATGTACCACG CCAAGACCAA AGGCAAAACC ACCTGCAAGA
AGTTTGACCT CAAGGTTTCC ATACATCCAG CCCCTGAACC AGTGAAGAAG CCTCAGGAAG
CCAAGAGCTC CATGGTCCTT GACATCTGTA CCAGGTACCT TGGAAACCAG GATGCCACTA
TGTCAATCCT GGATATATCC ATGATGACTG GCTTCTCTCC TGATACTGAA GACCTCAAAC
TGCTGAGCAC TGGTGTGGAC AGATACATCT CTAAGTATGA GCTGAACAAA GCCCTCTCCA
ACAAAAACAC CCTCATCATC TACCTGGACA AGATCTCACA CACCCTGGAG GACTGTATAT
CCTTCAAAGT TCACCAGTAC TTTAATGTGG GGCTTATACA GCCTGGGTCA GTCAAGGTGT
ACTCCTATTA CAACCTGGAT GAGTCTTGCA CCCGGTTCTA CCACCCCGAG AAGGAGGACG
GGATGCTAAA CAAACTCTGC CACAAAGAAA TGTGTCGCTG TGCTGAGGAG AACTGCTTCA
TGCACCATGA CGAAGAGGAG GTCACCCTGG ACGACCGGCT GGAAAGGGCC TGCGAGCCCG
GCGTGGACTA TGTGTACAAG ACCAGACTTC TCAAGAAGGA GCTGTCAGAT GACTTTGACG
ATTACATCAT GGTCATCGAG CAGATCATCA AATCAGGCTC CGATGAAGTG CAGGTTGGAC
AGGAGCGCAG GTTCATCAGC CACATCAAAT GCAGAGAAGC CCTCAAACTA AAGGAGGGGG
GACACTACCT TGTGTGGGGA GTCTCCTCCG ACCTGTGGGG AGAGAAACCC AACATCAGCT
ACATCATTGG GAAGGACACC TGGGTGGAGC TGTGGCCTGA TGGTGATGTA TGCCAAGATG
AGGAGAACCA GAAACAGTGC CAGGACCTGG CCAACTTCTC TGAGAACATG GTCGTCTTTG
GTTGCCCCAA CTGATGCCAC TCCCCCACAG TCTACCCAAT AAAGCTCCAG TTATCTTTCA
CATTTCCCCC CAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA AAANACGCGG GGCGGCGACC CCCCGTGGGG GGGGGGGAGA GGGGCCCCCA
AAAAAAAAAA AAAAGGGTTG GTTTTGGGAA ACCCCCCGGG GGGGGGGGAG AAAAAAAAAG
TTTTTTTTTG AAAAATTGGA AGGCCTTTTT TTTTTTTTTA ACCCCTTAAA GCGCGGAAAA
AAAAATTTAA ACACACCTGT TCGTTTTTTT TTTTTTTTCA CGGGGGGGGG GGGGGGGGGG
GAGGTTTTTT TTCCTTAAAA AAACCCCCCC CCCC
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | C3 | complement C3 precursor [Homo sapiens]. | 2561 | 0.0 | O |
|
| C5 | complement C5 preproprotein [Homo sapiens]. | 672 | 0.0 | O |
|
| C4B | complement C4-B preproprotein [Homo sapiens]. | 640 | 0.0 | O |
|
| LOC100293534 | complement C4-B-like preproprotein [Homo sapiens]. | 639 | 0.0 | O |
|
| C4A | complement C4-A preproprotein [Homo sapiens]. | 635 | 0.0 | O |
|
| C4B | PREDICTED: complement C4-A isoform 1 [Homo sapiens]. | 635 | 0.0 | O |
|
| C4B | PREDICTED: complement C4-A isoform 2 [Homo sapiens]. | 629 | e-179 | O |
|
| A2ML1 | alpha-2-macroglobulin-like protein 1 precursor [Homo sapiens]. | 248 | 3e-65 | O |
|
| CD109 | CD109 antigen isoform 1 precursor [Homo sapiens]. | 245 | 4e-64 | O |
|
| CD109 | CD109 antigen isoform 3 precursor [Homo sapiens]. | 245 | 4e-64 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| C3 | complement C3 [Mus musculus]. | 2563 | 0.0 | O |
|
| LOC100048759 | PREDICTED: complement C3-like, partial [Mus musculus]. | 2402 | 0.0 | O |
|
| Hc | complement C5 preproprotein [Mus musculus]. | 682 | 0.0 | O |
|
| C4b | complement C4-B precursor [Mus musculus]. | 636 | 0.0 | O |
|
| LOC675521 | PREDICTED: complement C4-B-like isoform 5 [Mus musculus]. | 633 | 0.0 | O |
|
| C4a | sex-limited protein [Mus musculus]. | 613 | e-175 | O |
|
| Cd109 | CD109 antigen precursor [Mus musculus]. | 244 | 5e-64 | O |
|
| A2m | alpha-2-macroglobulin-P precursor [Mus musculus]. | 235 | 3e-61 | O |
|
| Gm7298 | PREDICTED: murinoglobulin-1-like [Mus musculus]. | 217 | 7e-56 | O |
|
| Pzp | alpha-2-macroglobulin precursor [Mus musculus]. | 217 | 7e-56 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC476728 | PREDICTED: similar to Complement C3 precursor [Canis familiaris]. | 2365 | 0.0 | O |
|
| LOC484960 | PREDICTED: similar to Complement C3 precursor [Canis familiaris]. | 688 | 0.0 | O |
|
| LOC481722 | PREDICTED: similar to Complement C4 precursor [Canis familiaris]. | 567 | e-161 | O |
|
| C5 | PREDICTED: similar to complement component 5 [Canis familiaris]. | 331 | 4e-90 | O |
|
| LOC474970 | PREDICTED: similar to CD109 [Canis familiaris]. | 247 | 8e-65 | O |
|
| LOC477699 | PREDICTED: similar to Alpha-2-macroglobulin precursor (Alpha-2-M) [Canis familiaris]. | 232 | 3e-60 | |
|
| LOC486697 | PREDICTED: similar to Alpha-2-macroglobulin precursor (Alpha-2-M) [Canis familiaris]. | 230 | 1e-59 | O |
|
| LOC611458 | PREDICTED: similar to pregnancy-zone protein [Canis familiaris]. | 212 | 3e-54 | O |
|
| LOC484845 | PREDICTED: similar to C3 and PZP-like, alpha-2-macroglobulin domain containing 8 [Canis familiaris]. | 197 | 9e-50 | |
|
| LOC611455 | PREDICTED: similar to Alpha-2-macroglobulin precursor (Alpha-2-M) [Canis familiaris]. | 165 | 4e-40 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| C3 | complement C3 preproprotein [Bos taurus]. | 2777 | 0.0 | O |
|
| LOC528040 | PREDICTED: hemolytic complement-like [Bos taurus]. | 1016 | 0.0 | O |
|
| LOC528040 | PREDICTED: hemolytic complement-like [Bos taurus]. | 1016 | 0.0 | O |
|
| C5 | complement C5a anaphylatoxin [Bos taurus]. | 690 | 0.0 | O |
|
| C4A | complement C4 [Bos taurus]. | 644 | 0.0 | O |
|
| LOC617696 | PREDICTED: similar to complement component 4A [Bos taurus]. | 637 | 0.0 | O |
|
| CD109 | PREDICTED: thiolester containing protein II-like [Bos taurus]. | 244 | 8e-64 | O |
|
| CD109 | PREDICTED: thiolester containing protein II-like, partial [Bos taurus]. | 244 | 8e-64 | O |
|
| A2ML1 | PREDICTED: alpha-2-macroglobulin-like 1 [Bos taurus]. | 239 | 2e-62 | O |
|
| A2M | alpha-2-macroglobulin [Bos taurus]. | 218 | 5e-56 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| C3 | complement C3 [Sus scrofa]. | 3253 | 0.0 | O |
|
| C5 | complement C5 [Sus scrofa]. | 685 | 0.0 | O |
|
| LOC100517145 | PREDICTED: complement C3-like [Sus scrofa]. | 683 | 0.0 | O |
|
| C4 | complement C4 [Sus scrofa]. | 648 | 0.0 | O |
|
| A2M | PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: alpha-2-macroglobulin [Sus scrofa]. | 214 | 4e-55 | O |
|
| PZP | PREDICTED: alpha-2-macroglobulin [Sus scrofa]. | 213 | 7e-55 | O |
|
| CPAMD8 | PREDICTED: c3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 8 [Sus scrofa]. | 192 | 2e-48 | |
|
| A2ML1 | PREDICTED: alpha-2-macroglobulin-like protein 1 [Sus scrofa]. | 182 | 2e-45 | O |
|
| CD109 | PREDICTED: CD109 antigen isoform 1 [Sus scrofa]. | 150 | 1e-35 | O |
|
| SLC25A23 | PREDICTED: calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-3 [Sus scrofa]. | 120 | 8e-27 | O |
20110601C-000833 : ............................................................
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