[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-003051
Length:
2,178
Sequence:
[FASTA format sequence]
GGGGACTACT GGGAGGCGGA AGCAGCCGCA GGCATGGCGG CGGCGGTGCC GCTTTTTCTG
TCGGTGCTGC TGCTCCTGGG GCCTGGCAGC TGGAGCCAGG CAGAATCCCC ACGCGATAGC
CTGCGGGAGG AGCTTGTCAT CACCCCGCTG CCTTCTGGGG ACGTAGCCGC CACATTCCAG
TTCCGCACGC GCTGGGATTT GGATCTGCAG CGGGAAGAAG TGTCTCATTA TAGGCTCTTC
CCCAAAGCCC TGGGGCAGTT GATCTCCAAG TATTCTCTGC GGGAGCTGCA CCTGTCATTA
ACCCAAGGCT TCTGGAGGAC TCGATATTGG GGGACACCCT TCATTCAGGC CCCGTCAGGT
GCAGAGCTCT GGGTCTGGTT CCAAGACACT GTCACTGATG TGGATAAATC TTGGAAGGAG
CTCAGTAACG TCCTCTCGGG GATCTTCTGC GCCTCTCTCA ACTTCATCGA CTCCACCAAC
ACTGTCACAC CCACCGCCTC CTTCAAACCC CTGGGGCTGG CCAATGGCAC GGATCACTCC
TTCCTGCGCT ATGCGGTGCT GCCACGGGAG GTTGTCTGCA CCGAGAACCT CACCCCGTGG
AAGAAGCTCT TGCCCTGCAG TTCCAAGGCG GGCCTCTCGG TGCTGCTGAA GGCTGATCGC
CTGTTCCACA CGAGCTACCA CTCCCAGGCA GTGCATATGC GCCCTGTATG CAGAAATGCT
CGCTGTACCA GCGTCTCCTG GGAGCTGAGG CAGACCCTTT CTGTTGTGTT TGATGCCTTT
GTCACCGGGC AGGGAAAGAA AGACTGGTCC CTCTTCCGGA TGTTCTCCCG AACCCTCACA
GAGCCCTGCC CCCTGGCTGC CGAGAGCCGA GTCTACGTGG ACATCACCAG CTACAGCCAG
GACAATGAGA CATTGGAGGT GTACCCGCTC CCCCTCACCA CGTACCAGGA TGTCATCCTG
GGCACCCGGA GGACCTATGC TGTCTATGAC TTGCTGGACT CGGCCGTGAT CAACAACTCA
CGCAGCCTCA ACCTCCAGCT CAAGTGGAAG AGACCCCCAG AGAATGAGGC CCCGCCTGTG
CCCTTTCTGC ATGCCCAGCG GTACGTGAGT GGCTATGGGC TGCAGAACGG GGAGCTGAGC
ACGCTGCTGT ACAACACCCA CCCGTACCGG GCCTTCCCGG TGCTGCTGCT GGACACCGTG
CCCTGGTACC TGCGGCTGTA CGTGCACACC CTCACCATCA CCTCCAAGGG CAAGGAGAAC
AAACCAAGTT ATATCCACTA CCAGCCTGCC CGGGACCGGC TGCAGCCCCA CCTCCTGGAG
ATGCTGATTC AGCTGCCAGC CAACTCGGTC ACCAAGGTCT CCATCCACTT TGAGCGGGCG
CTGCTGAAGT GGACTGAGTA CACCCCGGAC CCCAACCACG GCTTCTATGT CAGCCCTTCT
GTCCTCAGCG CCCTCGTGCC CAGCGTGGTG GCCGCCAAAC CCGTGGACTG GGACGAGAGC
CCCCTCTTCA ACACGCTCTT CCCAGTCTCC GACGGCTCCA GCCACTTCGT GCGGCTCTAC
ACGGAGCCGC TGCTGGTGAA CCTGCCCACC CCGGACTTCA GCATGCCCTA CAACGTCATC
TGCCTCACGT GCACCGTGGT GGCCGTGTGC TACGGCTCCT TCTACAATCT CCTCACCCGA
ACCTTCCACA TCGAGGAGCC CAGAACGGGC GGCCTGGCCA AGCGGCTGGC CAACCTGATC
CGGCGCGCCC GGGGCGTCCC GCCGCTCTGA GACCCCGCAC GCCGCCCGGC TGCCGCATCT
CCCTGTCTTG CTGCCACCTG CTCTCCGCAG AGGTGGCTTC GGAACCACAT GGACCCCTGG
ACTGGGCCAG GGCCCAGAGC TGCACTGTGC AGTGCGGGAA GCATGAGCGG AGACATGGCA
TTTGACTTTA ATTTAAATTG AAAGTGCGTT TCCTCAGCTG TTCCAGCCAC ATTTCAAGGG
CTCGGTCACC AAAACTGATG AGTGACCGCT GTACCGGCGG CTCGACAAGT GTTTCCATCA
TCCCAGAAGG TTCTGTGGGT CAGCCCTGGC CTGGATCACT GGGCAAGCTC AAGAATTGGT
TATCACTGTG CGGGAGGTGG AATTTACTGG TTGTGGAATA AAAAGTGTCT CCTTCAAAAA
AAAAAAAAAA AAAAAAAA
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | PIGT | GPI transamidase component PIG-T isoform 1 precursor [Homo sapiens]. | 1047 | 0.0 | O |
|
| PIGT | GPI transamidase component PIG-T isoform 2 precursor [Homo sapiens]. | 876 | 0.0 | O |
|
| PIGT | GPI transamidase component PIG-T isoform 4 precursor [Homo sapiens]. | 768 | 0.0 | O |
|
| PIGT | GPI transamidase component PIG-T isoform 3 precursor [Homo sapiens]. | 627 | e-179 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Pigt | GPI transamidase component PIG-T precursor [Mus musculus]. | 1014 | 0.0 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC477244 | PREDICTED: similar to phosphatidylinositol glycan, class T [Canis familiaris]. | 1034 | 0.0 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| PIGT | GPI transamidase component PIG-T [Bos taurus]. | 1043 | 0.0 | O |
|
| PIGT | PREDICTED: phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class T [Bos taurus]. | 1043 | 0.0 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| PIGT | PREDICTED: GPI transamidase component PIG-T isoform 1 [Sus scrofa]. | 1102 | 0.0 | O |
|
| PIGT | PREDICTED: GPI transamidase component PIG-T isoform 3 [Sus scrofa]. | 928 | 0.0 | O |
|
| PIGT | PREDICTED: GPI transamidase component PIG-T isoform 4 [Sus scrofa]. | 804 | 0.0 | O |
|
| PIGT | PREDICTED: GPI transamidase component PIG-T isoform 2 [Sus scrofa]. | 667 | 0.0 | O |
|
| LOC100626091 | PREDICTED: hypothetical protein LOC100626091 [Sus scrofa]. | 217 | 2e-56 |
|
Assembly Members: 21
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20110601C-003051 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
HTMT1_0128_B09.b : tttttggatagtacgaggxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
ILNT1_0003_D03.b : tttcgcgatgagaggxxxxxxxxxxx
SPL01_0008_F01.b : ttttgggtgxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
PST01_0033_H06.b :
KDN01_0013_H05.b : cgcta
KDN01_0035_A04.b :
KDN01_0014_H05.b : nncccgtt
PTG01_0039_G01.b : tcttatgctaaacaxxxxxxxx
CBLT1_0002_H10.b : ntttgccaggtacacgxxxxxx
UTR01_0095_H10.b : ntttgctaggactatnacxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
PST01_0040_B04.b :
LNG01_0013_A06.b : gctatagxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
ADR01_0071_F05.b : nncccgtaannnnnggactaaagcagcxxxxxxxxxxxxxxxxxx
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OVRM1_0119_C09.b :
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OVR01_0102_E12.b :
ITT01_0092_H05.b :
KDN01_0072_E11.b :
LVRM1_0175_D11.b :
BFLT1_0134_D04.b :
20110601C-003051 : .................GGGGACTACTGGGAGGCGGAAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 43
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ILNT1_0003_D03.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxgGGAAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
SPL01_0008_F01.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGGAAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
PST01_0033_H06.b : nnnnttggctgtggctctggatgggaggCGGAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
KDN01_0013_H05.b : tnnnnnncctgcgttggctactggacactgggggCGGAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
KDN01_0035_A04.b : nnnnnttgctgcggtggctctggactgggagCGGAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
KDN01_0014_H05.b : nnnnnnncctgcgttggctatggacactgggaggCGGAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
PTG01_0039_G01.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGAAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
CBLT1_0002_H10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
UTR01_0095_H10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxAGCAGCCGCAGGCATGGCGGCGG
PST01_0040_B04.b : gtggctatggagcgccgcaGCATGGCGGCGG
LNG01_0013_A06.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxctgggaggtggaagcagccgcagGCATGGCGGCGG
ADR01_0071_F05.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxcactgggaggcggaagcagccgcagGCATGGCGGCGG
LVRM1_0136_E06.b :
OVRM1_0119_C09.b :
TES01_0076_H02.b :
OVR01_0102_E12.b :
ITT01_0092_H05.b :
KDN01_0072_E11.b :
LVRM1_0175_D11.b :
BFLT1_0134_D04.b :
20110601C-003051 : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 102
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ILNT1_0003_D03.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
SPL01_0008_F01.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
PST01_0033_H06.b : CGGTGCCGCTTTCTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
KDN01_0013_H05.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
KDN01_0035_A04.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
KDN01_0014_H05.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
PTG01_0039_G01.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
CBLT1_0002_H10.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
UTR01_0095_H10.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
PST01_0040_B04.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCCGTTTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
LNG01_0013_A06.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
ADR01_0071_F05.b : CGGTGCCGCTTTTTCTGTCGGTGCTG*CTGCTCCTGGGGCCTGGCAGCTGGAGCCAGGCA
LVRM1_0136_E06.b :
OVRM1_0119_C09.b :
TES01_0076_H02.b :
OVR01_0102_E12.b :
ITT01_0092_H05.b :
KDN01_0072_E11.b :
LVRM1_0175_D11.b :
BFLT1_0134_D04.b :
20110601C-003051 : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 162
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ILNT1_0003_D03.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
SPL01_0008_F01.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
PST01_0033_H06.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
KDN01_0013_H05.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
KDN01_0035_A04.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
KDN01_0014_H05.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
PTG01_0039_G01.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
CBLT1_0002_H10.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
UTR01_0095_H10.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
PST01_0040_B04.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
LNG01_0013_A06.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
ADR01_0071_F05.b : GAATCCCCACGCGATAGCCTGCGGGAGGAGCTTGTCATCACCCCGCTGCCTTCTGGGGAC
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OVR01_0102_E12.b :
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KDN01_0072_E11.b :
LVRM1_0175_D11.b :
BFLT1_0134_D04.b :
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OVRM1_0119_C09.b :
TES01_0076_H02.b :
OVR01_0102_E12.b :
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KDN01_0072_E11.b :
LVRM1_0175_D11.b :
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20110601C-003051 : TCTCATTATAGGCTCTTCCCCAAAGCCCTGGGGCAGTTGATCTCCAAGTATTCTCTGCGG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 282
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SPL01_0008_F01.b : TCTCATTATAGGCTCTTCCCCAAAGCCCTGGGGCAGTTGATCTCCAAGTATTCTCTGCGG
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KDN01_0013_H05.b : TCTCATTATAGGCTCTTCCCCAAAGCCCTGGGGCAGTTGATCTCCAAGTATTCTCTGCGG
KDN01_0035_A04.b : TCTCATTATAGGCTCTTCCCCAAAGCCCTGGGGCAGTTGATCTCCAAGTATTCTCTGCGG
KDN01_0014_H05.b : TCTCATTATAGGCTCTTCCCCAAAGCCCTGGGGCAGTTGATCTCCAAGTATTCTCTGCGG
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CBLT1_0002_H10.b : TCTCATTATAGGCTCTTCCCCAAAGCCCTGGGGCAGTTGATCTCCAAGTATTCTCTGCGG
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LVRM1_0136_E06.b : nagtttgtcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 342
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ILNT1_0003_D03.b : GAGCTGCACCTGTCATTAACCCAAGGCTTCTGGAGGACTCGATATTGGGGGACACCCTTC
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PST01_0033_H06.b : GAGCTGCACCTGTCATTAACCCAAGGCTTCTGGAGGACTCGATATTGGGGGACACCCTTC
KDN01_0013_H05.b : GAGCTGCACCTGTCATTAACCCAAGGCTTCTGGAGGACTCGATATTGGGGGACACCCTTC
KDN01_0035_A04.b : GAGCTGCACCTGTCATTAACCCAAGGCTTCTGGAGGACTCGATATTGGGGGACACCCTTC
KDN01_0014_H05.b : GAGCTGCACCTGTCATTAACCCAAGGCTTCTGGAGGACTCGATATTGGGGGACACCCTTC
PTG01_0039_G01.b : GAGCTGCACCTGTCATTAACCCAAGGCTTCTGGAGGACTCGATATTGGGGGACACCCTTC
CBLT1_0002_H10.b : GAGCTGCACCTGTCATTAACCCAAGGCTTCTGGAGGACTCGATATTGGGGGACACCCTTC
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PST01_0040_B04.b : GAGCTGCACCTGTCATTAACCCAAGGCTTCTGGAGGACTCGATATTGGGGGACACCCTTC
LNG01_0013_A06.b : GAGCTGCACCTGTCATTAACCCAAGGCTTCTGGAGGACTCGATATTGGGGGACACCCTTC
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KDN01_0072_E11.b :
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20110601C-003051 : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 402
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ILNT1_0003_D03.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
SPL01_0008_F01.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
PST01_0033_H06.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
KDN01_0013_H05.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
KDN01_0035_A04.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
KDN01_0014_H05.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
PTG01_0039_G01.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
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UTR01_0095_H10.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
PST01_0040_B04.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
LNG01_0013_A06.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
ADR01_0071_F05.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
LVRM1_0136_E06.b : ATTCAGGCCCCGTCAGGTGCAGAGCTCTGGGTCTGGTTCCAAGACACTGTCACTGATGTG
OVRM1_0119_C09.b :
TES01_0076_H02.b :
OVR01_0102_E12.b :
ITT01_0092_H05.b :
KDN01_0072_E11.b :
LVRM1_0175_D11.b :
BFLT1_0134_D04.b :
20110601C-003051 : GATAAATCTTGGAAGGAGCTCAGTAACGTCCTCTCGGGGATCTTCTGCGCCTCTCTCAAC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 462
HTMT1_0128_B09.b : GATAAATCTTGGAAGGAGCTCAGTAACGTCCTCTCGGGGATCTTCTGCGCCTCTCTCAAC
ILNT1_0003_D03.b : GATAAATCTTGGAAGGAGCTCAGTAACGTCCTCTCGGGGATCTTCTGCGCCTCTCTCAAC
SPL01_0008_F01.b : GATAAATCTTGGAAGGAGCTCAGTAACGTCCTCTCGGGGATCTTCTGCGCCTCTCTCAAC
PST01_0033_H06.b : GATAAATCTTGGAAGGAGCTCAGTAACGTCCTCTCGGGGATCTTCTGCGCCTCTCTCAAC
KDN01_0013_H05.b : GATAAATCTTGGAAGGAGCTCAGTAACGTCCTCTCGGGGATCTTCTGCGCCTCTCTCAAC
KDN01_0035_A04.b : GATAAATCTTGGAAGGAGCTCAGTAACGTCCTCTCGGGGATCTTCTGCGCCTCTCTCAAC
KDN01_0014_H05.b : GATAAATCTTGGAAGGAGCTCAGTAACGTCCTCTCGGGGATCTTCTGCGCCTCTCTCAAC
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1596
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