[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-007558
Length:
1,281
Sequence:
[FASTA format sequence]
CTTTACTTTT CCTGGAAAGG GGAGGAGATT GAAACTGAGT GGCCCCATGA TGGAAAGGGG
AAGTCCAGGG GTATAAGAGG CCCCTGACTG AAGGCGGAGG CTAACATGGG GTTTGGAACG
ACTGTAGCTG TCGGCCTGAC TATCTTTGTG CTGTCTGTTG TCACCATCAT CATCTGCTTC
ACCTGCTCCT GCTGCTATTT GTACAAGATG TGCCGCCGAC CACGTCCAGT CGTGACTACC
ACCACGGCCA CTACAGTGGT ACACGCCCCT TACCCGCAAC CTCCAAGTGT GCCACCCAGC
TATCCAGGAC CGACGTACCA GGGCTACCAT TCCATGCCCT CCCAGCCAGC GATGCCAGCT
GCACCCTACC CGACGCAGTA CCCACCACCC TACCCAGCCC AGCCCATGGG TCCCCCCGCC
TACCACGAAA CAATGGCTGG AGGTGCGGCC ATGCCCTACC CTGCCAGTCA GCCTCCTTAC
AATCCGGCCT ACGTGGATCC CCCGAAGGCA GCTCCCTGAG CACACCTTTG CATCTCTGGC
TGCCACTTGA TCTGTCATGT GTGTATGTGA ATGGGTATGC AGGCACGGTC TTGTTTCTTC
CCGTGCGTGG TGTGTGTGTC CTATTTGTAC ACGAAGTTTC TTGTGAGGGG TGGGGGACAA
TCCTTCCCAG AGTTAATTGG GACCATAGCT TGTTCCCTTC CTGACTTGAA ATTATGCTTC
TGAAATCTCA AGCAAAACTG AAAGAATGGT TCTCTTCCAG ACAGCCCAGG GAGGCCAAAT
GGGGGTTGTC ACACTAGGAT AGCACAGCTT TTTGTGGGCA CACTGCACCC GTGTTCCAGT
TTCTGAGGAA TGCTGGCCAC TGCTCAAGGC CATGGCTTGT CCCCAGACTT GCCTTCAAAG
AACCAGAGCC GTGATGCAAA GTGGGTGAGG TGAGGCTTGG GAGCCCGCCA GAGGTGGGTT
TCAACCCTTG TGGCAGACAG CCCACAGCTC CCACAGCCTG TGCCTTGCCC ATTGGAGGGA
GGGTAGCCTC CTGATATCAA AACATCTCAG GCAGAGCCGC ACCCTCCCTC GAGCACTCTC
TGCCTGGACT CTTGCATCCT TCCTGGGACC ACCTGGAAAG CCACATTTAC CCATGGTTCT
GGCTGCCCTG ACTCCCGCCA CAGATGCACA NGCTGGCCTC TGTCTACCTA CACACTCANG
TGTCATCCCT GCAGTGTTTT TTGAGCTAAA CATTTTACCT GCTTTGTTTC AAAGTGTGTG
TTATAATTGC TGTGAGGCTG A
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | SHISA5 | protein shisa-5 precursor [Homo sapiens]. | 132 | 5e-31 | |
|
| LOC100506745 | PREDICTED: protein shisa-5-like [Homo sapiens]. | 117 | 2e-26 | O |
|
| LOC100506745 | PREDICTED: protein shisa-5-like [Homo sapiens]. | 117 | 2e-26 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Shisa5 | protein shisa-5 isoform 2 [Mus musculus]. | 91.3 | 1e-18 | O |
|
| Shisa5 | protein shisa-5 isoform 1 [Mus musculus]. | 89.4 | 6e-18 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC609054 | PREDICTED: similar to scotin isoform 1 [Canis familiaris]. | 139 | 4e-33 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| SHISA5 | protein shisa-5 precursor [Bos taurus]. | 120 | 3e-27 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC100154430 | PREDICTED: hypothetical protein LOC100154430 [Sus scrofa]. | 155 | 5e-38 | O |
|
| LOC100620196 | PREDICTED: protein shisa-5-like [Sus scrofa]. | 151 | 9e-37 | O |
20110601C-007558 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
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20110601C-007558 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
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HTMT1_0080_H02.b : tttgggcagagtacga
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PCT01_0003_H05.b :
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SMG01_0021_C10.b : nnccatttttnnnng
LNG01_0081_H10.b : nnntttagttgtacttnacagtt
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ADR01_0044_A07.b :
20110601C-007558 : .....................CTTTACTTTTCCTGGAAAGGGGAGGAGATTGAAACTGAG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 39
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BFLT1_0100_A08.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxTTGAAACTGAG
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PCT01_0003_H05.b : nnnnngcattttnnnnnncctacgggtgcacggnatgAACTGAG
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ITT01_0052_A08.b : nnnggatgaacaxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGAG
TES01_0066_B06.b : tttactgcgttggctatgaactga
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LVR01_0067_G09.b : ggcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
SPLT1_0038_H10.b : ncccctttnnnngcaagacatacacgccgtag
SPLT1_0019_E12.b : nnnggtgacagtacacgxxxxxxxx
OVRT1_0036_E01.b : ntttttttnnnnnnnnccctcagcgnacgxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
DCI01_0094_D10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
DCI01_0044_G12.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
ADR01_0044_A07.b :
20110601C-007558 : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 98
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ADR01_0039_G08.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
BFLT1_0005_B10.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
BFLT1_0132_G12.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
OVR01_0072_B04.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
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OVRM1_0134_D06.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
SPL01_0077_F09.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
HTMT1_0080_H02.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAATAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
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ITT01_0080_E01.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
BFLT1_0100_A08.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
BKFL1_0034_E04.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
PCT01_0003_H05.b : TGGCCCCATGATGGAA*GGGGAAGTCCAGGGNGTATAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
PST01_0066_F09.b : TGGCCCCATGATGGANAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAGCGCTCCTGACTGAAGGCGGA
LVRM1_0173_C01.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
LVRM1_0031_F08.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
OVRM1_0058_D11.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
OVRM1_0207_B12.b : TGGCCCCATGATGGAAAGAGGAAGCCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
SMG01_0021_C10.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
LNG01_0081_H10.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
PBL01_0040_A11.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
OVR01_0046_H08.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
ITT01_0052_A08.b : TGGCCCCATGATGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
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LVRM1_0029_H07.b : xxxxxxctactgGGAAAGGGGAAGTCCAGGGGTATAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
LVR01_0067_G09.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxTAAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
SPLT1_0038_H10.b : tatttatxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxgAGAG*GCCCCTGACTGACCGTGGA
SPLT1_0019_E12.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxgAGAG*GCCCCTGACTGAAGGCGGA
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DCI01_0094_D10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCCCTGACTGAAGGCGGA
DCI01_0044_G12.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxACAGCG*A
ADR01_0044_A07.b :
20110601C-007558 : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 158
LVR01_0031_G05.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
ADR01_0039_G08.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
BFLT1_0005_B10.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
BFLT1_0132_G12.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
OVR01_0072_B04.b : GGCTGACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
CLNT1_0054_B06.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
OVRM1_0134_D06.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
SPL01_0077_F09.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
HTMT1_0080_H02.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
LVRM1_0081_C08.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
ITT01_0080_E01.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
BFLT1_0100_A08.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
BKFL1_0034_E04.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
PCT01_0003_H05.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
PST01_0066_F09.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
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OVRM1_0207_B12.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
SMG01_0021_C10.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
LNG01_0081_H10.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
PBL01_0040_A11.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
OVR01_0046_H08.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
ITT01_0052_A08.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
TES01_0066_B06.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
LVRM1_0029_H07.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
LVR01_0067_G09.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
SPLT1_0038_H10.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
SPLT1_0019_E12.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
OVRT1_0036_E01.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
DCI01_0094_D10.b : GGCTAACATGGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
DCI01_0044_G12.b : CCCCATGTCAGGGTTTGGAACGACTGTAGCTGTCGGCCTGACTATCTTTGTGCTGTCTGT
ADR01_0044_A07.b :
20110601C-007558 : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 218
LVR01_0031_G05.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
ADR01_0039_G08.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
BFLT1_0005_B10.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
BFLT1_0132_G12.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
OVR01_0072_B04.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
CLNT1_0054_B06.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
OVRM1_0134_D06.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
SPL01_0077_F09.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
HTMT1_0080_H02.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
LVRM1_0081_C08.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
ITT01_0080_E01.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
BFLT1_0100_A08.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
BKFL1_0034_E04.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
PCT01_0003_H05.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
PST01_0066_F09.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
LVRM1_0173_C01.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
LVRM1_0031_F08.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
OVRM1_0058_D11.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
OVRM1_0207_B12.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
SMG01_0021_C10.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
LNG01_0081_H10.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
PBL01_0040_A11.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
OVR01_0046_H08.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
ITT01_0052_A08.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
TES01_0066_B06.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
LVRM1_0029_H07.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
LVR01_0067_G09.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
SPLT1_0038_H10.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
SPLT1_0019_E12.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
OVRT1_0036_E01.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
DCI01_0094_D10.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
DCI01_0044_G12.b : TGTCACCATCATCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTATTTGTACAAGATGTGCCGCCG
ADR01_0044_A07.b :
20110601C-007558 : ACCACGTCCAGTCGTGACTACCACCACGGCCACTACAGTGGTACACGCCCCTTACCCGCA
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 278
LVR01_0031_G05.b : ACCACGTCCAGTCGTGACTACCACCACGGCCACTACAGTGGTACACGCCCCTTACCCGCA
ADR01_0039_G08.b : ACCACGTCCAGTCGTGACTACCACCACGGCCACCACAGTGGTACACGCCCCTTACCCGCA
BFLT1_0005_B10.b : ACCACGTCCAATCGTGACTACCACCACGGCCACTACAGTGGTACACGCCCCTTACCCGCA
BFLT1_0132_G12.b : ACCACGTCCAGTCGTGACTACCACCACGGCCACTACAGTGGTACACGCCCCTTACCCGCA
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 920
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