[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-002053
Length:
1,883
Sequence:
[FASTA format sequence]
CTCGAGCACT GTCGGCCTCG GTGTTCAGCC TCCTCGCCAT CGCCATCGAG CGCTACATCA
CCATGCTGAA GATGAAACTC CACAACGGGA GCAACCGGTT CCGCTCCTTT CTGCTCATCA
GCGCCTGTTG GGTCATCTCT CTCATCCTGG GGGGCTTGCC CATCATGGGC TGGAACTGCA
TCAGCACGCT GCCCAGCTGC TCCACCGTGC TACCGCTCTA CCACAAGCAC TATATCCTCT
TCTGCACCAC GGTCTTTACT CTGCTCCTGC TCGCCATCGT CATCCTGTAT TGCAGGATCT
ACTCCTTGGT CAGGACTCGG AGCCGCCGTC TGACCTTCCG CAAGAACATT TCCAAGGCCA
GCCGCAGCTC CGAGAAGTCC CTGGCGCTGC TCAAGACGGT GATTATCGTG CTGGGCGTCT
TCATCGCCTG CTGGGCGCCG CTCTTCATCC TGCTCCTGCT GGACGTGGGC TGCAAGGTGA
AGACCTGTGA CATCCTCTTC CGAACGGAGT ACTTCCTGGT GTTGGCTGTG CTCAACTCGG
GCACCAACCC CATCATTTAC ACTTTGTCCA ACAAGGAGAT GCGCCGGGCC TTCGTCAGGA
TCATGTCCTG CTGCAAGTGT CCCAGTGGAG ACTCCGCCGG CAAATTCACG CGACCCATCA
TCGCTGGCAT GGAGTTCAGC CGCAGTAAGT CAGATAACTC CTCCCACCCG CAGAAGGACG
ATGGGGACAA CCCAGAGACC ATTATGTCTT CTGGAAACGT CAACTCTTCT TCCTAAAAGT
GAAACCTGCC AACCCGTGTG GAGTGTTCTT GCGTTGGTCG CCAACCACCC AAGTGTTTGG
AAAAGAAAAA AAAAAAAAAA ATCTCTGTGC CTCCTGTGGC TGCCAGGAAG GAGCTGCCAG
GAGCCAGAGG GAGGGAGGCA GGGGGGCAAG AACAGCCTGG TGGTGCCTGA CGTTGGTGGG
TAGACTTGGT TCCTGTGAAC AATGCACTGG GAAGGGTGGA GATCAGGTCC TCGCCTGGAG
TCTATTTCCG CCCCCACCCC CTCTCCTGGG GCTTTGATTT TGCACTGAGC CAAAGGTCTA
GCATTATCAA GCTCCGGAGG AGTTCATCTG GCCCCTCCTC AAAGACTGAG GACCCTGTGT
GAAAGCGTCT CTGTCTGGAG CTTTGAGGAG TTGTTTTCTC TCAGTTTAGT TGCCAACCCA
GGTGAGCGTG TGCACTTCTG CTTTGCTAGG TTGCTCTACA GATCCAACCC TCCTTCCCCC
TTCACACCCA TCCTCAGCAT CTCTTTACTT TATATGTTAA CTACCTGGGA TTCCGAGCTG
GGGGCGTGGC ATGGTCCATT CTTGATCTTG TGTAGCAGGT GGGCTGTGCC CAGCAAGGAG
ACGCTGGTGG CGATGGTTTG GAGAGGTGAA ACGATGTCAC CTGCCGGGGC CAAAGCGTCC
ACGTAAGCTG GATGCATTCT TTTTTTCTTG AATCTGGTTG TTGTCACTTT CTTAGGAAAA
AAAAAAAAGA AAAAAAAAAA AAAACTTTGC AGTGAAACGT GTTACAGTAT CACATCCGCC
AGGCTGAAAT CTGCATAAAG AAGTTCAGTT TGTTTAAATG ACATCAGCCA GGATCCTTAG
TGTCATAGCA GAAACAAAAA AAGCAAAATA GGGGGTAAAT GGACTGAAGG GTGACTGTAA
ACCAAGAGAG ATTTCTTAAG GAATTTGTGT AACAAATACA ACATGTCTTT GGTACTTTTG
TTGATGTTTC TTTCAGAGTG TTGTGTGAAT CATTTCAACC AACAGGAATT TTTTGGTTGT
GTTAAAAGTT CTTTTTATAA TTTTTGGAAG AATTTGTTTC AGCATTTTAT TGGACTTTCC
TAACCCGCGT TAACACCATT GAA
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | S1PR1 | sphingosine 1-phosphate receptor 1 [Homo sapiens]. | 444 | e-124 | |
|
| S1PR3 | sphingosine 1-phosphate receptor 3 [Homo sapiens]. | 243 | 6e-64 | |
|
| S1PR2 | sphingosine 1-phosphate receptor 2 [Homo sapiens]. | 200 | 3e-51 | |
|
| S1PR5 | sphingosine 1-phosphate receptor 5 [Homo sapiens]. | 196 | 5e-50 | |
|
| S1PR5 | sphingosine 1-phosphate receptor 5 [Homo sapiens]. | 196 | 5e-50 | |
|
| LPAR1 | lysophosphatidic acid receptor 1 [Homo sapiens]. | 168 | 1e-41 | |
|
| LPAR1 | lysophosphatidic acid receptor 1 [Homo sapiens]. | 168 | 1e-41 | |
|
| LPAR2 | lysophosphatidic acid receptor 2 [Homo sapiens]. | 145 | 1e-34 | |
|
| LPAR3 | lysophosphatidic acid receptor 3 [Homo sapiens]. | 141 | 2e-33 | |
|
| S1PR4 | sphingosine 1-phosphate receptor 4 precursor [Homo sapiens]. | 137 | 3e-32 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| S1pr1 | sphingosine 1-phosphate receptor 1 [Mus musculus]. | 437 | e-122 | |
|
| S1pr3 | sphingosine 1-phosphate receptor 3 [Mus musculus]. | 240 | 3e-63 | |
|
| S1pr2 | sphingosine 1-phosphate receptor 2 [Mus musculus]. | 198 | 1e-50 | |
|
| S1pr5 | sphingosine 1-phosphate receptor 5 [Mus musculus]. | 190 | 3e-48 | |
|
| Lpar1 | lysophosphatidic acid receptor 1 [Mus musculus]. | 167 | 3e-41 | |
|
| Lpar1 | lysophosphatidic acid receptor 1 [Mus musculus]. | 167 | 3e-41 | |
|
| Lpar2 | lysophosphatidic acid receptor 2 [Mus musculus]. | 148 | 1e-35 | |
|
| S1pr4 | sphingosine 1-phosphate receptor 4 [Mus musculus]. | 144 | 2e-34 | |
|
| Lpar3 | lysophosphatidic acid receptor 3 [Mus musculus]. | 143 | 5e-34 | |
|
| Gpr3 | G-protein coupled receptor 3 [Mus musculus]. | 95.5 | 1e-19 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| EDG1 | PREDICTED: similar to endothelial differentiation, sphingolipid G-protein-coupled receptor, 1 [Canis familiaris]. | 441 | e-123 | |
|
| LOC484199 | PREDICTED: similar to endothelial differentiation, sphingolipid G-protein-coupled receptor, 3 [Canis familiaris]. | 240 | 4e-63 | |
|
| LOC484959 | PREDICTED: similar to Sphingosine 1-phosphate receptor Edg-5 (S1P receptor Edg-5) (Endothelial differentiation G-protein coupled receptor 5) (Sphingosine 1-phosphate receptor 2) (S1P2) [Canis familiaris]. | 206 | 8e-53 | |
|
| LOC610828 | PREDICTED: similar to endothelial differentiation, sphingolipid G-protein-coupled receptor, 8 isoform 1 [Canis familiaris]. | 181 | 3e-45 | |
|
| LOC474800 | PREDICTED: similar to endothelial differentiation, lysophosphatidic acid G-protein-coupled receptor, 2 isoform 1 [Canis familiaris]. | 168 | 2e-41 | |
|
| LOC474800 | PREDICTED: similar to endothelial differentiation, lysophosphatidic acid G-protein-coupled receptor, 2 isoform 2 [Canis familiaris]. | 168 | 2e-41 | |
|
| LOC484802 | PREDICTED: similar to Lysophosphatidic acid receptor Edg-4 (LPA receptor 2) (LPA-2) [Canis familiaris]. | 148 | 2e-35 | |
|
| LOC490187 | PREDICTED: similar to Lysophosphatidic acid receptor Edg-7 (LPA receptor 3) (LPA-3) [Canis familiaris]. | 141 | 2e-33 | |
|
| LOC612082 | PREDICTED: similar to Sphingosine 1-phosphate receptor Edg-6 (S1P receptor Edg-6) (Endothelial differentiation G-protein coupled receptor 6) (Sphingosine 1-phosphate receptor 4) (S1P4) [Canis familiaris]. | 141 | 2e-33 | |
|
| LOC487344 | PREDICTED: similar to Probable G-protein coupled receptor GPR3 (ACCA orphan receptor) [Canis familiaris]. | 94.4 | 3e-19 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| S1PR1 | sphingosine 1-phosphate receptor 1 [Bos taurus]. | 458 | e-129 | |
|
| S1PR3 | sphingosine 1-phosphate receptor 3 [Bos taurus]. | 243 | 4e-64 | |
|
| S1PR2 | sphingosine 1-phosphate receptor 2 [Bos taurus]. | 199 | 7e-51 | |
|
| S1PR5 | PREDICTED: endothelial differentiation, sphingolipid G-protein-coupled receptor, 8-like [Bos taurus]. | 193 | 4e-49 | |
|
| S1PR5 | sphingosine 1-phosphate receptor 5 [Bos taurus]. | 193 | 4e-49 | |
|
| LPAR1 | lysophosphatidic acid receptor 1 [Bos taurus]. | 165 | 1e-40 | |
|
| LPAR2 | lysophosphatidic acid receptor 2 [Bos taurus]. | 147 | 2e-35 | |
|
| LPAR2 | PREDICTED: lysophosphatidic acid receptor 2-like [Bos taurus]. | 147 | 2e-35 | |
|
| LPAR3 | PREDICTED: lysophosphatidic acid receptor 3-like [Bos taurus]. | 140 | 5e-33 | |
|
| LPAR3 | lysophosphatidic acid receptor 3 [Bos taurus]. | 140 | 5e-33 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC100621202 | PREDICTED: sphingosine 1-phosphate receptor 1-like [Sus scrofa]. | 464 | e-131 | |
|
| LOC100154607 | PREDICTED: sphingosine 1-phosphate receptor 3-like [Sus scrofa]. | 240 | 2e-63 | |
|
| S1PR2 | sphingosine-1-phosphate receptor 2 [Sus scrofa]. | 198 | 1e-50 | |
|
| S1PR2 | sphingosine-1-phosphate receptor 2 [Sus scrofa]. | 198 | 8e-51 | |
|
| S1PR5 | sphingosine 1-phosphate receptor 5 [Sus scrofa]. | 192 | 5e-49 | |
|
| LOC100512581 | PREDICTED: lysophosphatidic acid receptor 1-like [Sus scrofa]. | 167 | 2e-41 | |
|
| LPAR2 | lysophosphatidic acid receptor 2 [Sus scrofa]. | 149 | 5e-36 | |
|
| LOC100623465 | PREDICTED: sphingosine 1-phosphate receptor 4-like [Sus scrofa]. | 145 | 8e-35 | |
|
| LOC100517997 | PREDICTED: sphingosine 1-phosphate receptor 4-like [Sus scrofa]. | 145 | 8e-35 | |
|
| LPAR3 | lysophosphatidic acid receptor 3 [Sus scrofa]. | 143 | 3e-34 |
20110601C-002053 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
OVR01_0084_D06.b :
PBL01_0043_A12.b :
LVRM1_0050_B03.b :
OVR01_0080_D06.b : actcg
THY01_0107_D06.b :
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LVRM1_0173_A02.b :
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OVRM1_0157_C11.b :
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OVRM1_0153_C09.b :
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LVRM1_0077_A09.b :
OVRM1_0170_F02.b :
OVRM1_0123_C06.b :
SPL01_0024_H12.b :
OVRM1_0092_D07.b :
OVRM1_0094_G11.b :
OVR01_0057_B03.b :
OVRM1_0185_G12.b :
OVRM1_0107_H06.b :
OVRM1_0022_A08.b :
OVRT1_0096_B12.b :
ITT01_0085_H06.b :
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UTR01_0007_C01.b :
OVRT1_0123_D03.b :
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OVRT1_0007_G08.b :
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LNG01_0012_H12.b :
LNG01_0013_F08.b :
PBL01_0024_E08.b :
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PBL01_0063_G09.b :
PBL01_0021_D07.b :
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OVR01_0072_D09.b :
BFLT1_0148_H11.b :
OVR01_0009_C10.b : cgaacaattgxxxxxxxxxx
OVR01_0034_F07.b :
SPL01_0069_C06.b :
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PTG01_0058_A04.b :
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SPL01_0080_D10.b :
OVRT1_0020_D01.b :
MLN01_0019_E08.b :
UTR01_0033_F03.b :
SPL01_0104_E01.b :
LNG01_0011_B04.b :
LNG01_0008_F10.b :
ITT01_0091_D06.b :
PBL01_0070_B04.b :
PBL01_0100_G06.b :
OVRT1_0019_E01.b :
BFLT1_0001_A11.b :
TCH01_0092_A10.b :
LNG01_0023_H12.b :
PBL01_0053_F02.b :
TCH01_0100_A05.b :
ITT01_0009_D02.b :
SMG01_0103_G06.b :
OVR01_0003_D01.b : gggaactttggaxxxx
LNG01_0103_B07.b :
SPL01_0001_A07.b :
OVRT1_0062_A02.b :
LNG01_0028_G09.b :
LNG01_0009_C01.b : tttg
LNG01_0089_D06.b :
LNG01_0110_G06.b :
TCH01_0073_H05.b :
LNG01_0098_A10.b :
LVR01_0046_D11.b :
SPL01_0100_F07.b :
OVR01_0011_G09.b : caaaaxxxxxxxxxxx
OVR01_0004_B11.b : aacaaatxxxxxxxx
ITT01_0035_A07.b :
OVR01_0062_C02.b :
LNG01_0027_H08.b :
LNG01_0022_G04.b :
ADR01_0087_D06.b :
LNG01_0022_H06.b :
TCH01_0030_G04.b :
TCH01_0057_H06.b :
OVR01_0088_H02.b :
PBL01_0105_A11.b :
LNG01_0109_C02.b :
OVRT1_0127_E11.b :
BFLT1_0002_F06.b :
PBL01_0081_B05.b :
LNG01_0042_G01.b :
SKNB1_0084_B07.b :
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PST01_0062_F11.b :
PST01_0086_D08.b :
PCT01_0017_C09.b :
PCT01_0031_B03.b :
PCT01_0016_C05.b :
PCT01_0027_G04.b :
SKNB1_0045_D10.b :
PCT01_0027_D07.b :
PBL01_0025_C05.b :
PBL01_0001_B04.b :
SPL01_0026_G06.b :
TCH01_0018_G03.b :
OVR01_0071_F12.b :
OVR01_0037_A09.b :
MLN01_0093_C03.b :
LNG01_0025_D04.b :
ITT01_0091_A12.b :
LVRM1_0145_E09.b :
BFLT1_0093_C11.b :
MLN01_0039_B07.b :
SPL01_0103_D05.b :
MLN01_0021_G09.b :
ADR01_0077_C11.b :
20110601C-002053 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
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