[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-003800
Length:
1,361
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[FASTA format sequence]
CCGCCCCAGC GGTAGGCCTG TGTTGTAGCG GCCGCCGGGC CCACCGAGCC AGTCTCCAGC
TCGGGACAGC GTGGTGGAGG GCCCGGCCTG CCGGCGGGGC AGCCATGGAA GCGGCGGCGC
GGAGGCGGCA GCAACCGGGA GCGGCGGGCG GCCCGGGCGC GCAGCCGGGC GCCTCCTTCC
TGCAGGCCAG GCACAGCTCC GTCAAGGCTG ATGAGGCTGC CAGCACAGCT CCCTTCCACC
TTGATCTCTG GTTCTACTTC ACACTGCAGA ACTGGATTCT GGACTTTGGC CGCCCCATTG
CCATGCTGGT GTTCCCTCTT GAATGGTTTC CGCTCAGCAA GCCCAGTGTG GGGGACTACT
TTCACATGGC CTACAACATC ATCACACCCT TTCTCCTGCT CAAGCTCATC GAGCGGTCCC
CCCGCACCCT GCCACGCTCC ATGATCTACG TCAGCATCAT CACCTTTATC ATGGGCGCCA
GCATCCACCT GGTGGGCGAC TCCGTAAACC ACCGCCTGAT CTTCAGCGGC TACCAGAACC
ACCTGTCGGT CCGAGAGAAC CCTATCATCA AGAATCTCAA GCCAGAGACG CTGATCGACT
CCTTTGAGCT GCTCTACTAC TACGACGAGT ACCTGGGCCA CTCCTTGTGG TACATCCCCT
TCTTCCTCAT CCTCTTCATG TACTTCAGCG GCTGCTTCAC TCCCACCAAA ACTGAGAGTG
TGATGCCGGG GGCGGCCCTG CTCCTGGTGG TGCCCAGTGG CCTGTACTAC TGGTACCTGG
TCACCGAGGG CCAGATCTTC ATCCTCTTCA TCTTCACCTT CTTCGCGATG CTGGCCCTGG
TCCTGCACCA GAAGCGCAAG CGCCTCTTCT TGGACAGCAA CGGCCTCTTC CTCTTCTACT
CCTTTGCCAT CACGCTCCTG CTCGTAGCGC TCTGGGTTGC CTGGCTGTGG AATGACCCTG
TACTAAGGAA GAAGTACCCA GGTGTCATCT ACGTCCCTGA GCCCTGGGCC TTCTACACGC
TCCATGTCAG CAGCCGACAC TGAGCCCCCG GCCCTGGCTG CTGGTGCTCT GCCGGGTGGG
AGGTGGGCCA TTGAGGGTGT CTGAGCATGT GGGTGTGTGT CTGTGTCTGT CTCATGTGTG
CGTGGCTGAG AGCACGGGTG CGTGAGTTTG CGTTGTGCAC ATGGATGGGG TGTGTGCGTG
TGCTGGCTTG TGCACGTACA GTGAGTGTCA CTGTGAGAGT CACTTGTTTT GGTCAAGTCT
CTGCGGTTTG GCTCTTCTCA GGACGGGATC TGGTTTGAGG CAGTGTGCCC CGGCCAGGCC
CTGGGCCCTG TCCTCCTGTG CACCTGACTG GAGTCAGGCC C
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | CLN6 | ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 6 [Homo sapiens]. | 531 | e-151 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Cln6 | ceroid-lipofuscinosis, neuronal 6 [Mus musculus]. | 520 | e-148 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| CLN6 | ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 6 homolog [Canis lupus familiaris]. | 540 | e-153 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| CLN6 | ceroid-lipofuscinosis, neuronal 6, late infantile, variant [Bos taurus]. | 547 | e-156 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| CLN6 | ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 6 [Sus scrofa]. | 570 | e-163 | O |
|
| LOC100625878 | PREDICTED: ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 6 homolog [Sus scrofa]. | 210 | 2e-54 | O |
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20110601C-003800 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
LVRM1_0120_F04.b : nagttgtcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
TES01_0008_H03.b :
UTR01_0075_A03.b : ttttagttgcxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
BFLT1_0087_C10.b :
HTMT1_0103_H01.b :
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TES01_0108_E04.b :
OVR01_0041_E07.b :
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TES01_0008_H03.b : gctgtggctacggttggctgtgttgAGCGGCCGCCGGGCCCACCGAGCCAGTCTCCAGC
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BFLT1_0087_C10.b :
HTMT1_0103_H01.b : tttgggatagtaagacxxxxxxxxxxxxxx
TES01_0109_E08.b :
TES01_0108_E04.b :
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 120
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TES01_0008_H03.b : TCGGGACAGCGTGGTGGAGGGCCCGGCCTGCCGGCGGGGCAGCCATGGAAGCGGCGGCGC
UTR01_0075_A03.b : TCGGGACAGCGTGGTGGAGGGCCCGGCCTGCCGGCGGGGCAGCCATGGAAGCGGCGGCGC
BFLT1_0087_C10.b : nggaaacgttagctgtcgxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
HTMT1_0103_H01.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxggaaggtgcgtatcacagtggggaaagga
TES01_0109_E08.b :
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 180
LVRM1_0120_F04.b : GGAGGCGGCAGCAACCGGGAgcggcgggcggcccgggcgcgcagccgggcgccTCCTTCC
TES01_0008_H03.b : GGAGGCGGCAGCAACCGGGAgcggcgggcggcccgggcgcgcagccgggcgccTCCTTCC
UTR01_0075_A03.b : GGAGGCGGCAGCAACCGGGAgcggcgggcggcccgggcgcgcagccgggcgccTCCTTCC
BFLT1_0087_C10.b : xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxgacattttcagacgcgacatcttccatctg
HTMT1_0103_H01.b : catgaacccctctccccaaggacaaaggaaatctcgccttgcctcctcctcagggaagca
TES01_0109_E08.b :
TES01_0108_E04.b :
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LVRM1_0120_F04.b : TGCAGGCCAGGCACAGCTCCGTCAAGGCTGATGAGGCTGCCAGCACAGCTCCCTTCCACC
TES01_0008_H03.b : TGCTGGCCAGGCACAGCTCCGTCAAGGCTGATGAGGCTGCCAGCACAGCTCCCTTCCACC
UTR01_0075_A03.b : TGCAGGCCAGGCACAGCTCCGTCAAGGCTGATGAGGCTGCCAGCACAGCTCCCTTCCACC
BFLT1_0087_C10.b : cggaatgaAGGCACAGCTCCGTCAAGGCTGATGAGGCTGCCAGCACAGCTCCCTTCCACC
HTMT1_0103_H01.b : ttccggtcgGGCACAGCTCCGTCAAGGCTGATGAGGCTGCCAGCACAGCTCCCTTCCACC
TES01_0109_E08.b :
TES01_0108_E04.b :
OVR01_0041_E07.b :
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BFLT1_0087_C10.b : TTGATCTCTGGTTCTACTTCACACTGCAGAACTGGATTCTGGACTTTGGCCGCCCCATTG
HTMT1_0103_H01.b : TTGATCTCTGGTTCTACTTCACACTGCAGAACTGGATTCTGGACTTTGGCCGCCCCATTG
TES01_0109_E08.b :
TES01_0108_E04.b :
OVR01_0041_E07.b :
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TES01_0108_E04.b :
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TES01_0109_E08.b :
TES01_0108_E04.b :
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BFLT1_0087_C10.b : CCCGCACCCTGCCACGCTCCATGATCTACGTCAGCATCATCACCTTTATCATGGGCGCCA
HTMT1_0103_H01.b : CCCGCACCCTGCCACGCTCCATGATCTACGTCAGCATCATCACCTTTATCATGGGCGCCA
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TES01_0108_E04.b : ttagtgctgtggctctggacTCATCACCTTTATC*TGGGCGCCA
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20110601C-003800 : CCTTTGAGCTGCTCTACTACTACGACGAGTACCTGGGCCACTCCTTGTGGTACATCCCCT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 660
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UTR01_0075_A03.b : CCTTTGAGCTGCTCTACTACTACGACGAGTACCTGGGCCACTCCTTGTGGTACATCCCCT
BFLT1_0087_C10.b : CCTTTGAGCTGCTCTACTACTACGACGAGTACCTGGGCCACTCCTTGTGGTACATCCCCT
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OVR01_0041_E07.b : cggttaaaatggTCTACTACTACGACGAGTACCTGGGCCACTCCTTGTGGTACATCCCCT
20110601C-003800 : TCTTCCTCATCCTCTTCATGTACTTCAGCGGCTGCTTCACTCCCACCAAAACTGAGAGTG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 720
LVRM1_0120_F04.b : TCTTCCTCATCCTCTTCATGTACTTCAGCGGCTGCTTCACTCCCACCAAAACTGAAAGTG
TES01_0008_H03.b : TCTTCCTCATCCTCTTCATGTACTTCAGCGGCTGCTTCACTCCCACCAAAACTGAGAGTG
UTR01_0075_A03.b : TCTTCCTCATCCTCTTCATGTACTTCAGCGGCTGCTTCACTCCCACCAAAACTGAGAGTG
BFLT1_0087_C10.b : TCTTCCTCATCCTCTTCATGTACTTCAGCGGCTGCTTCACTCCCACCAAAACTGAGAGTG
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TES01_0109_E08.b : TCTTCCTCATCCTCTTCATGTACTTCAGCGGCTGCTTCACTCCCACCAAAACTGAGAGTG
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20110601C-003800 : TGATGCCGGGGGCGGCCCTGCTCCTGGTGGTGCCCAGTGGCCTGTACTACTGGTACCTGG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 780
LVRM1_0120_F04.b : TGATGCCGGGGGCGGCCCTGCTCCTGGTGGTGCCCAGTGGCC
TES01_0008_H03.b : TGATGCCGGGGGCGGCCCTGCTCCTGGTGGTGCCCAGTGGCCTGTACTACTGGTACCTGG
UTR01_0075_A03.b : TGATGCCGGGGGCGGCCCTGCTCCTGGTGGTGCCCAGTGGCCTGTACTACTGGTACCTGG
BFLT1_0087_C10.b : TGATGCCGGGGGCGGCCCTGCTCCTGGTGGTGCCCAGTGGCCTGTACTACTGGTACCTGG
HTMT1_0103_H01.b : TGATGCCGGGGGCGGCCCTGCTCCTGGTGGTGCCCAGTGGCCTGTACTACTGGTACCTGG
TES01_0109_E08.b : TGATGCCGGGGGCGGCCCTACTCCTGGTGGTGCCCAGTGGCCTGTACTACTGGTACCTGG
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OVR01_0041_E07.b : TGATGCCGGGGGCGGCCCTGCTCCTGGTGGTGCCCAGTGGCCTGTACTACTGGTACCTGG
20110601C-003800 : TCACCGAGGGCCAGATCTTCATCCTCTTCATCTTCACCTTCTTCGCGATGCTGGCCCTGG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 840
LVRM1_0120_F04.b :
TES01_0008_H03.b : TCACCGAGGGCCAGATCTTCATCCTCTTCATCTTCACCTTCTTCGCGATGCTGGCCCTGG
UTR01_0075_A03.b : TCACCGAGGGCCAGATCTTCATCCTCTTCATCTTCACCTTCTTCGCGATGCTGGCCCTGG
BFLT1_0087_C10.b : TCACCGAGGGCCAGATCTTCATCCTCTTCATCTTCACCTTCTTCGCGATGCTGGCCCTGG
HTMT1_0103_H01.b : TCACCGAGGGCCAGATCTTCATCCTCTTCATCTTCACCTTCTTCGCGATGCTGGGCCTGG
TES01_0109_E08.b : TCACCGAGGGCCAGATCTTCATCCTCTTCATCTTCACCTTCTTCGCGATGCTGGCCCTGG
TES01_0108_E04.b : TCACCGAGGGCCAGATCTTCATCCTCTTCATCTTCACCTTCTTCGCGATGCTGGCCCTGG
OVR01_0041_E07.b : TCACCGAGGGCCAGATCTTCATCCTCTTCATCTTCACCTTCTTCGCGATGCTGGCCCTGG
20110601C-003800 : TCCTGCACCAGAAGCGCAAGCGCCTCTTCTTGGACAGCAACGGCCTCTTCCTCTTCTACT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 900
LVRM1_0120_F04.b :
TES01_0008_H03.b : TCCTGCACCAGAAGCGCAAGCGCCTCTTCTTGGACAACAACGGCCTCTTCCTCTTC*ACT
UTR01_0075_A03.b : TCCTGCACCAGAAGCGCAAGCGCCTCTTCTTGGACAGCAACGGCCTCTTCCTCTTCTACT
BFLT1_0087_C10.b : TCCTGCACCAGAAGCGCAAGCGCCTCTTCTTGGACAGCAACGGCCTCTTCCTCTTCTACT
HTMT1_0103_H01.b : TCCTGCACCAGAAACGCAAGCGCCTCTTCTTGGACAGCAACGGGCTCTTTCTCTTCTACT
TES01_0109_E08.b : TCCTGCACCAGAAGCGCAAGCGCCTCTTCTTGGACAGCAATGGCCTCTTCCTCTTCTACT
TES01_0108_E04.b : TCCTGCACCAGAAGCGCAAGCGCCTCTTCTTGGACAGCAATGGCCTCTTCCTCTTCTACT
OVR01_0041_E07.b : TCCTGCACCAGAAGCGCAAGCGCCTCTTCTTGGACAGCAACGGCCTCTTCCTCTTCTACT
20110601C-003800 : CCTTTGCCATCACGCTCCTGCTCGTAGCGCTCTGGGTTGCCTGGCTGTGGAATGACCCTG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 960
LVRM1_0120_F04.b :
TES01_0008_H03.b : CCTTTGCCATCACGCTCCTGCTCGTACCGCTCTGGGTTGCCTGGCCGTGGAAATGACCTG
UTR01_0075_A03.b : CCTTTGCCATCACGCTCCTGCTCGTAACGCTCTGGGTTGCCTGGCTGTGGAATGACCCTG
BFLT1_0087_C10.b : CCTTTGCCATCACGCTCCTGCTCGTAGCGCTCTGGGTTGCCTGGCTGTGGAATGACCCTG
HTMT1_0103_H01.b : CCTTTGCCATCACGCTCCTGCTCGTAACGCTCTGGGGTGCCTGGCTGTGGAATGAACCTG
TES01_0109_E08.b : CCTTTGCCATCACGCTCCTGCTGGTAGCGCTCTGGGTTGCCTGGCTGTGGAATGACCCTG
TES01_0108_E04.b : CCTTTGCCATCACGCTCCTGCTGGTAGCGCTCTGGGTTGCCTGGCTGTGGAATGACCCTG
OVR01_0041_E07.b : CCTTTGCCATCACGCTCCTGCTCGTAGCGCTCTGGGTTGCCTGGCTGTGGAATGACCCTG
20110601C-003800 : *TACTAAGGAAGAAGTACCCAGGTGTCATCTACGTCCCTGAGCCCTGGGCCTTCTACACG
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1019
LVRM1_0120_F04.b :
TES01_0008_H03.b : *TACTAAG*AAAAAATACCCAGGTGTCATCTACGCCCCCGAGACCTGGGCCTTCaaaccc
UTR01_0075_A03.b : *TACTAAGGAAAAAGTACCCAGGgtgtcctctacgtccctgaacccctgggccttctaca
BFLT1_0087_C10.b : *TACTAANGAAGAAGTACCCAGGTGTCATCTACGTCCCTGAGCCCTGGGCCTTCTACACG
HTMT1_0103_H01.b : TTACTAAGGAAAGAGTACCCAGGTGTCATCTtacgtcccgaaacccgggggcctttacac
TES01_0109_E08.b : *TACTAAGGAAGAAGTACCCAGGTGTCATCTACGTCCCTGAGCCCTGAGCCTTCTACACG
TES01_0108_E04.b : *TACTAAGGAAGAAGTACCCAGGTGTCATCTACGTCCCTGAGCCCTGGGCCTTCTACACG
OVR01_0041_E07.b : *TACTAAGGAAGAAGTACCCAGGTGTCATCTACGTCCCTGAGCCCTGGGCCTTCTACACG
20110601C-003800 : CTCCATGTCAGCAGCCGACACTGAG*CCCCCGGCCCTGGCTGCTGGTGC*TCTGCCGGGT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1077
LVRM1_0120_F04.b :
TES01_0008_H03.b : ttcctgtcagcaaccgaaactgaacccccggccctgactggtgggctcgcccgggtggag
UTR01_0075_A03.b : ccctcccatgtcaaccaccccacacttgaaccccccggcccctgggctgctgggggcccc
BFLT1_0087_C10.b : CTCCATGTCAGCAGCCGACACTGAGCCCCCgnccctggctgctggtgctctgccgggtgg
HTMT1_0103_H01.b : cctccatggttacaccgaaaattgaccccccggcccttggctgctgggtctctgccgggg
TES01_0109_E08.b : CTCCATGTCAGCAGCCGACACTGAGCCCCCCGGCCCTGGCTGCTGGTGCTTCTGCCTGGT
TES01_0108_E04.b : CTCCATGTCAGCAGCCGACACTGAG*CCCCCGGCCCTGGCTGCTGGTGC*TCTGCCGGGT
OVR01_0041_E07.b : CTCCATGTCAGCAGCCGACACTGAG*CCCCCGGCCCTGGCTGCTGGTGC*TCTGCCGGGT
20110601C-003800 : GGGAGGTGGGCCATTGAGGG**TGTCTGAGCATGTGGGTGTGTGTCTGTGTCTGTCTCAT
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1135
LVRM1_0120_F04.b :
TES01_0008_H03.b : gtggcccttgagggggccgaacatgggggggtgcccgggctgtcccagggggcccggcta
UTR01_0075_A03.b : tccccgggggggggaagggggggccatttgagggggggttcggaaaccatgggggggggg
BFLT1_0087_C10.b : aaagtgggccattgagggtgtctgaccatgtgggtgggtgtctgtgtctgtctcatgtgg
HTMT1_0103_H01.b : gggagggggcccattgaggggtgttcaaccaggggggggggtgttcggggttcttcccaa
TES01_0109_E08.b : GTGAGGTGGGCCATTGAAGGGTGGTCTGACCATGTGGGTGTGTGTCTGTGTCTGACTCAT
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