[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-006973
Length:
2,448
Sequence:
[FASTA format sequence]
TTCTTCCTCT CGAACCTTCC TGCCGCCGTG TTCGGACCTC GCTGCTCCAG CCTCCGGGGC
CCGTCCCATC CTTCCAGCCT GCGACCGGGA GCAGAGAAAA CCAAAATTAC TTATCATTTT
CTTGCCCCGT ACACACCTTG AGGCGAGCAA AAAGATTAGA ATAAATTTTA ACAATGAGGG
AAATCGTGCA TATCCAGGCC GGTCAGTGTG GCAACCAGAT CGGTGCCAAG TTCTGGGAGG
TGATCAGTGA TGAACATGGC ATCGACCCCA CCGGCACCTA TCATGGGGAC AGCGACCTGC
AGCTGGACCG CATCTCCGTG TACTACAATG AAGCCACAGG TGGCAAATAT GTTCCTCGTG
CTATCTTGGT GGATCTAGAA CCCGGGACTA TGGACTCTGT TCGCTCAGGT CCTTTCGGTC
AGATCTTCAG ACCAGACAAC TTTGTTTTTG GTCAGTCTGG GGCAGGCAAC AACTGGGCCA
AGGGCCACTA TACAGAAGGG GCTGAGCTGG TTGACTCAGT CCTGGATGTG GTTCGGAAGG
AGGCTGAGAG CTGTGACTGC CTTCAGGGCT TCCAGCTGAC CCACTCGCTG GGCGGTGGCA
CAGGCTCTGG AATGGGCACT TTGCTCATCA GCAAGATCCG TGAAGAATAT CCCGACCGCA
TCATGAATAC CTTCAGTGTC GTGCCCTCAC CCAAAGTGTC TGACACCGTG GTTGAGCCCT
ACAACGCCAC CCTCTCTGTC CATCAGTTGG TGGAGAACAC TGATGAGACC TACTGCATCG
ACAATGAGGC CCTTTACGAC ATCTGCTTCC GCACTCTCAA GCTGACCACG CCAACCTATG
GGGACCTGAA CCACCTTGTC TCTGCCACCA TGAGTGGTGT CACCACCTGC CTCCGCTTCC
CTGGCCAGCT CAATGCTGAC CTCCGCAAGC TGGCAGTCAA TATGGTGCCC TTCCCACGTC
TCCACTTCTT CATGCCCGGC TTTGCCCCTC TGACCAGCCG TGGAAGCCAG CAGTACCGGG
CCCTCACTGT GCCTGAGCTC ACCCAGCAGG TCTTCGATGC CAAGAACATG ATGGCTGCCT
GTGACCCCCG CCATGGCCGG TACCTCACTG TGGCTGCTGT CTTCCGTGGG CGCATGTCCA
TGAAGGAGGT GGATGAGCAG ATGCTCAACG TGCAGAACAA GAATAGCAGC TACTTCGTAG
AATGGATCCC CAACAATGTC AAGACGGCTG TCTGCGATAT CCCTCCCCGT GGCCTCAAGA
TGGCGGTCAC CTTCATCGGC AACAGCACGG CCATCCAGGA GCTATTCAAG CGCATCTCAG
AGCAGTTCAC TGCCATGTTC CGCCGAAAGG CCTTCCTCCA CTGGTACACA GGTGAGGGCA
TGGACGAGAT GGAGTTCACT GAGGCTGAGA GCAACATGAA TGACCTCGTC TCTGAGTACC
AGCAGTACCA GGATGCCACC GCAGAAGAGG AGGAGGATTT CGGTGAGGAG GCCGAAGAGG
AGGCCTAAGG CCGAGCCCCA TCACCTCAGG CTTCTCAGCC CCCTCAGCCT TCTTCAACTG
CCCCTTTCCT CTCCCTCAGA ATTTGCGTTT TCTGCCTCTT GTTTTTCTTT GGGGGGGGGT
CTATCTAGAA CAGTGCCTGG CACATAATAG GCGCTCAATA AATATTTGTT GTTTGTTGAA
TGTCTCCTCT CTCTTTCCAC TCTGGGGAAC CTAGATTTCT GCCATTCTGG GTAACCCTGT
GTTTCCTTCT GGTGCCCACT TCCTCCCATC TGCCCAGTAA ACATTTCCCT GTTTTTGAGA
TAATGCTTCA AGAAGCTGGG TTCCAACCAA ATCCCATTTA GAACCTGATA GATGACCACC
ATCCTAGGCC TGAGAAGTAG CCTGGGGGAA AGGAGATGCA GGAACCTCCC CTGTCCCTGC
AAGGAAAGGG TGGGGCTTTG GAGAGGGGCC TCCAGGCTGT TGAAGTCCTA ATTTCCATTT
ATCTCCCTAC TCCTCTCAGC TTCTGGGGGG GTGTTAACAG TATTATCTCC ATTTTCAGTC
TCCCTTCCAG CTCTGTCCTG AATTGTTTGC CTTGGAAAGA AGCCTGGCCC CGACCCTGTT
CCAAAGGAAC CCTTCCTTCT TCCCCTTTTA CTCCCTGGAA TTCCCCCCCT CGGTTTCAAA
AAAGGGCCAA GGGGAAACCA GGGGAAAAAT AACCCTTGTC CCCTAACCTT ATCTTTTTTC
CCGAAAAAAG GGATATTAAG CCCTTTCGGT AAATACTGGG AAGGGGGGGG GGCGGTCCCC
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TAAACTTTTT GTGGGATGGC CTTTTCCCCC CACACCTGGG GTTTTGTGTC CTTTCCCCCA
CCTCCTATTT GGGGGGGAAA CGGGCTTTTT TTCCCAATGA AAAAAAAA
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | TUBB | tubulin beta chain [Homo sapiens]. | 830 | 0.0 | O |
|
| TUBB2C | tubulin beta-2C chain [Homo sapiens]. | 823 | 0.0 | O |
|
| TUBB2B | tubulin beta-2B chain [Homo sapiens]. | 816 | 0.0 | O |
|
| TUBB4 | tubulin beta-4 chain [Homo sapiens]. | 815 | 0.0 | O |
|
| TUBB2A | tubulin beta-2A chain [Homo sapiens]. | 810 | 0.0 | O |
|
| TUBB3 | tubulin beta-3 chain isoform 1 [Homo sapiens]. | 784 | 0.0 | O |
|
| TUBB6 | tubulin beta-6 chain [Homo sapiens]. | 771 | 0.0 | O |
|
| TUBB8 | tubulin beta-8 chain isoform 1 [Homo sapiens]. | 766 | 0.0 | O |
|
| TUBB1 | tubulin beta-1 chain [Homo sapiens]. | 681 | 0.0 | O |
|
| TUBB3 | tubulin beta-3 chain isoform 2 [Homo sapiens]. | 651 | 0.0 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Tubb5 | tubulin beta-5 chain [Mus musculus]. | 830 | 0.0 | O |
|
| Tubb2c | tubulin beta-2C chain [Mus musculus]. | 823 | 0.0 | O |
|
| Tubb2b | tubulin beta-2B chain [Mus musculus]. | 816 | 0.0 | O |
|
| Tubb4 | tubulin beta-4 chain [Mus musculus]. | 815 | 0.0 | O |
|
| Tubb2a | tubulin beta-2A chain [Mus musculus]. | 810 | 0.0 | O |
|
| Tubb3 | tubulin beta-3 chain [Mus musculus]. | 784 | 0.0 | O |
|
| Tubb6 | tubulin beta-6 chain [Mus musculus]. | 774 | 0.0 | O |
|
| LOC100502903 | PREDICTED: tubulin beta-3 chain-like [Mus musculus]. | 734 | 0.0 | O |
|
| LOC100502903 | PREDICTED: tubulin beta-3 chain-like [Mus musculus]. | 731 | 0.0 | O |
|
| Tubb1 | tubulin, beta 1 [Mus musculus]. | 689 | 0.0 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC474830 | PREDICTED: similar to tubulin, beta 5 [Canis familiaris]. | 830 | 0.0 | O |
|
| LOC491231 | PREDICTED: similar to tubulin, beta, 2 isoform 1 [Canis familiaris]. | 823 | 0.0 | O |
|
| LOC476730 | PREDICTED: similar to tubulin, beta 4 [Canis familiaris]. | 820 | 0.0 | |
|
| LOC478702 | PREDICTED: similar to tubulin, beta isoform 1 [Canis familiaris]. | 816 | 0.0 | O |
|
| LOC478702 | PREDICTED: similar to tubulin, beta isoform 4 [Canis familiaris]. | 816 | 0.0 | O |
|
| LOC491231 | PREDICTED: similar to tubulin, beta, 2 isoform 2 [Canis familiaris]. | 808 | 0.0 | O |
|
| LOC608025 | PREDICTED: similar to tubulin, beta 3 isoform 1 [Canis familiaris]. | 784 | 0.0 | O |
|
| LOC608025 | PREDICTED: similar to tubulin, beta 3 isoform 2 [Canis familiaris]. | 781 | 0.0 | O |
|
| LOC480213 | PREDICTED: similar to tubulin, beta 6 isoform 2 [Canis familiaris]. | 779 | 0.0 | O |
|
| LOC608025 | PREDICTED: similar to tubulin, beta 3 isoform 4 [Canis familiaris]. | 778 | 0.0 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| TUBB2B | tubulin beta-5 chain [Bos taurus]. | 830 | 0.0 | O |
|
| TUBB2C | tubulin beta-2C chain [Bos taurus]. | 823 | 0.0 | O |
|
| TUBB4 | tubulin beta-4 chain [Bos taurus]. | 815 | 0.0 | O |
|
| TUBB2A | tubulin beta-2B chain [Bos taurus]. | 812 | 0.0 | O |
|
| LOC100295973 | PREDICTED: tubulin, beta 2-like [Bos taurus]. | 810 | 0.0 | O |
|
| LOC100295973 | PREDICTED: tubulin, beta 2 [Bos taurus]. | 810 | 0.0 | O |
|
| TUBB | PREDICTED: tubulin, beta 5-like [Bos taurus]. | 788 | 0.0 | O |
|
| TUBB | PREDICTED: tubulin, beta 5-like [Bos taurus]. | 788 | 0.0 | O |
|
| TUBB3 | tubulin beta-3 chain [Bos taurus]. | 784 | 0.0 | O |
|
| TUBB6 | tubulin beta-6 chain [Bos taurus]. | 777 | 0.0 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| TUBB2A | tubulin beta chain [Sus scrofa]. | 830 | 0.0 | O |
|
| LOC100516352 | PREDICTED: tubulin beta-2C chain-like [Sus scrofa]. | 823 | 0.0 | O |
|
| TUBB2B | tubulin beta-2B chain [Sus scrofa]. | 816 | 0.0 | O |
|
| TUBB1 | tubulin beta-1 chain [Sus scrofa]. | 683 | 0.0 | O |
|
| LOC100620928 | PREDICTED: tubulin beta-3 chain-like [Sus scrofa]. | 651 | 0.0 | O |
|
| LOC100516780 | PREDICTED: far upstream element-binding protein 2-like [Sus scrofa]. | 630 | e-180 | |
|
| LOC100624785 | PREDICTED: tubulin beta-2A chain-like [Sus scrofa]. | 624 | 0.0 | O |
|
| LOC100623583 | PREDICTED: tubulin beta-6 chain-like, partial [Sus scrofa]. | 610 | e-174 | O |
|
| LOC100127131 | PREDICTED: tubulin alpha-1C chain isoform 1 [Sus scrofa]. | 346 | 3e-95 | O |
|
| TUBA1B | tubulin alpha-1B chain [Sus scrofa]. | 345 | 5e-95 | O |
20110601C-006973 : ............................................................
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