[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-007253
Length:
1,096
Sequence:
[FASTA format sequence]
GACTGCTGCC GCGCCTGACG CCACCCGCCT TCTGACAGCG CCGCCGCCTG CCCCTGCCAT
GGGTCGACAG AAGGAGCTGG TGACCCGCTG CGGGGAGATG CTCCATATCC GCTACCGGCT
GCTTCGCCAG GCACTGGCTG AGTGCCTGGG GACCCTTATC CTCGTGATGT TTGGCTGTGG
CTCCGTGGCA CAGGTCGTGC TCAGCCGGGG CACTCATGGT GGTTTCCTCA CCATCAACCT
GGCCTTTGGC TTCGCTGTCA CCCTGGGTAT CCTTGTTGCC GGCCAGGTCT CTGGGGCCCA
CCTGAACCCT GCTGTGACCT TCGCTATGTG CTTCCTGGCC CGTGAACCCT GGATCAAGCT
GCCCGTCTAT ACCCTGGCTC AGACTCTGGG AGCCTTCCTG GGTGCTGGGA TCATTTTTGG
GCTGTATTAT GATGCAATCT GGGCCTTCGC CAACAACCAG CTTATAGTCT CAGGCCCCAA
TGGCACAGCT GGCATCTTTG CCACCTACCC CTCTGGACAC TTGGACATGG TCAATGGCTT
CTTCGACCAG TTCATCGGCA CAGCCTCCCT CATCGTGTGC GTGCTGGCCA TTGTGGACCC
CAACAACAAC CCCGTGCCCC GTGGCCTGGA GGCCTTCACT GTGGGCCTGG TGGTCCTGGT
CATTGGCACC TCCATGGGCT TCAACTCTGG CTATGCCGTC AACCCTGCCC GGGACTTCGG
CCCTCGCCTC TTCACTGCCA TTGCTGGCTG GGGCTCAGAA GTCTTCACGA CCGGCCGCCA
CTGGTGGTGG GTGCCCATTG TCTCTCCGCT CCTGGGTTCC ATCGCCGGTG TCTTCGTGTA
CCAGCTCATG ATCGGCTGCC ACCTGGAGCC ACCGCCACCC TCCACTGACG AGGAGAATGT
GAAGCTGTCC CAAGTAAAGC ACAAGGAGTA GATGCGAATG GGCAGGAGGC ACCCCCCCCA
CTGCCCCTTC CTTGAGCATC CATTGACTGT GCGGGGGCTG CTCCCTTGAA CCCCCCTTGA
ACCCCCTTGC TGACTCCTCT CCCGGGTTAA GAAACTCCTA CCGGCACCCC CTCAGACAGG
CCCCTTGGAG ATTTTC
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | AQP3 | aquaporin-3 [Homo sapiens]. | 567 | e-162 | O |
|
| AQP9 | aquaporin-9 [Homo sapiens]. | 288 | 6e-78 | O |
|
| AQP10 | aquaporin-10 [Homo sapiens]. | 279 | 4e-75 | O |
|
| AQP7 | aquaporin-7 [Homo sapiens]. | 275 | 5e-74 | O |
|
| LOC100509620 | PREDICTED: aquaporin-7-like isoform 1 [Homo sapiens]. | 256 | 3e-68 | O |
|
| LOC100509620 | PREDICTED: aquaporin-7-like isoform 2 [Homo sapiens]. | 256 | 3e-68 | O |
|
| LOC100509620 | PREDICTED: aquaporin-7-like isoform 2 [Homo sapiens]. | 202 | 4e-52 | O |
|
| LOC100509620 | PREDICTED: aquaporin-7-like isoform 1 [Homo sapiens]. | 202 | 4e-52 | O |
|
| AQP5 | aquaporin-5 [Homo sapiens]. | 85.5 | 8e-17 | O |
|
| AQP4 | aquaporin-4 isoform b [Homo sapiens]. | 84.3 | 2e-16 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Aqp3 | aquaporin-3 [Mus musculus]. | 571 | e-163 | O |
|
| Aqp9 | aquaporin-9 [Mus musculus]. | 284 | 7e-77 | O |
|
| Aqp7 | aquaporin-7 [Mus musculus]. | 249 | 3e-66 | O |
|
| Aqp4 | aquaporin-4 [Mus musculus]. | 90.9 | 2e-18 | O |
|
| Aqp2 | aquaporin-2 [Mus musculus]. | 82.4 | 6e-16 | O |
|
| Aqp5 | aquaporin-5 [Mus musculus]. | 81.3 | 1e-15 | O |
|
| Mip | lens fiber major intrinsic protein [Mus musculus]. | 77.8 | 1e-14 | O |
|
| Aqp1 | aquaporin-1 [Mus musculus]. | 74.3 | 2e-13 | O |
|
| Aqp8 | aquaporin-8 isoform 1 [Mus musculus]. | 67.8 | 1e-11 | O |
|
| Aqp8 | aquaporin-8 isoform 2 [Mus musculus]. | 67.8 | 1e-11 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC611792 | PREDICTED: similar to Aquaporin 3 [Canis familiaris]. | 568 | e-162 | O |
|
| LOC487576 | PREDICTED: similar to aquaporin 9 [Canis familiaris]. | 290 | 2e-78 | O |
|
| LOC612280 | PREDICTED: similar to aquaporin 10 [Canis familiaris]. | 282 | 5e-76 | O |
|
| LOC474742 | PREDICTED: similar to Aquaporin-7 (AQP-7) (Aquaporin-7-like) (Aquaporin adipose) (AQPap) [Canis familiaris]. | 254 | 8e-68 | O |
|
| LOC612628 | PREDICTED: similar to Aquaporin 4 (WCH4) (Mercurial-insensitive water channel) (MIWC) [Canis familiaris]. | 84.7 | 1e-16 | |
|
| LOC608036 | PREDICTED: similar to aquaporin 8 isoform 1 [Canis familiaris]. | 82.8 | 5e-16 | O |
|
| MIP | lens fiber major intrinsic protein [Canis lupus familiaris]. | 79.3 | 6e-15 | O |
|
| aqp2 | PREDICTED: similar to aquaporin 2 [Canis familiaris]. | 77.4 | 2e-14 | O |
|
| AQP1 | aquaporin-1 [Canis lupus familiaris]. | 76.3 | 5e-14 | O |
|
| AQP1 | PREDICTED: aquaporin 1 [Canis familiaris]. | 76.3 | 5e-14 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| AQP3 | aquaporin-3 [Bos taurus]. | 587 | e-168 | O |
|
| AQP9 | aquaporin-9 [Bos taurus]. | 288 | 6e-78 | O |
|
| AQP9 | PREDICTED: aquaporin 9-like [Bos taurus]. | 288 | 6e-78 | O |
|
| AQP7 | aquaporin-7 [Bos taurus]. | 259 | 2e-69 | O |
|
| AQP5 | aquaporin-5 [Bos taurus]. | 89.7 | 4e-18 | O |
|
| AQP5 | PREDICTED: aquaporin 5-like [Bos taurus]. | 89.7 | 4e-18 | O |
|
| AQP4 | aquaporin-4 [Bos taurus]. | 85.9 | 6e-17 | O |
|
| AQP2 | aquaporin-2 [Bos taurus]. | 82 | 8e-16 | O |
|
| AQP1 | aquaporin-1 [Bos taurus]. | 79.7 | 4e-15 | O |
|
| MIP | lens fiber major intrinsic protein [Bos taurus]. | 77.4 | 2e-14 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC100625533 | PREDICTED: aquaporin-3-like [Sus scrofa]. | 593 | e-170 | O |
|
| AQP3 | aquaporin-3 [Sus scrofa]. | 593 | e-170 | O |
|
| AQP9 | aquaporin-9 [Sus scrofa]. | 291 | 4e-79 | O |
|
| AQP10 | aquaporin-10 [Sus scrofa]. | 278 | 3e-75 | O |
|
| AQP7 | aquaporin-7 [Sus scrofa]. | 263 | 2e-70 | O |
|
| LOC100623745 | PREDICTED: aquaporin-10-like, partial [Sus scrofa]. | 243 | 1e-64 | O |
|
| AQP4 | aquaporin-4 [Sus scrofa]. | 84 | 1e-16 | O |
|
| AQP5 | aquaporin-5 [Sus scrofa]. | 83.2 | 2e-16 | O |
|
| LOC100522373 | PREDICTED: lens fiber major intrinsic protein-like [Sus scrofa]. | 80.1 | 2e-15 | O |
|
| AQP1 | aquaporin-1 [Sus scrofa]. | 78.6 | 6e-15 | O |
20110601C-007253 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
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PBL01_0007_B12.b : ngtgtnntccggatacacagctggaxxx
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SPL01_0049_G07.b : tttttagacttggacttnacxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
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BFLT1_0014_C08.b : nggatccgttagctgtcgxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
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OVR01_0044_C05.b : gggatxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
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20110601C-007253 : ................................GACTGCTGCCGCGCCTGACGCCACCCGC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 28
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PST01_0042_G02.b : ntttgctcgcgttggctatggatgCTGCGCGCCTGACGCC*CCCGC
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PST01_0091_A01.b : nnnaactgctgtggctatggacgcTGCCCGCCTGACGCCACCCGC
PST01_0056_E10.b : nncctactgtggctctggacgcTGCCCGCCTGACGCCACCCGC
PST01_0012_D08.b : tttnntttttcacgtttgctctggacgcTGCCCGCCTGACGCC*CCCGC
PST01_0047_H10.b : nnnttgctgcgttggctctggatgcTGCCCGCCTGACGCCACCCGC
PCT01_0014_G02.b : nnnccgttttnnnnnncctgcggtggctcggacgcTGCCCGCCTGACGCCACCCGC
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UTR01_0019_A05.b :
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PCT01_0014_H06.b : ctgtagcacaccgccacctccactgacaaataaaatgtgcagctgttccacctaaagcac
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KDN01_0001_F04.b : *CCTGAAGCCACCGCC*ACCCTaactgaccaggaaaatgtaaacctgtcccagttaaccc
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