[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-007321
Length:
1,008
Sequence:
[FASTA format sequence]
GGCAAACGCT TTCATTTCTT GAGCTACGGT GACTAAGATG GAATCGATTT TGGAGTCGCG
GTCGGGACAC TGGGCCGGGG GTCCGGCTCC TGGACAGTTC TACCGCATTC CTCCCACTCC
TGGATCCATC GTGGACCCGG CATCCGTGCT CTATGGGAGT CCGATTACGC GCACCCAGAA
CCCCATGGTG ACCGGGACCT CGGTTCTGGG AGTCAAGTTT GAGGGCGGAG TGGTGATTGC
AGCAGACATG CTGGGCTCCT ATGGCTCCTT GGCTCGTTTC CGCAACATCT CTCGCATTAT
GCGAGTCAAC AACAGCACCA TGCTGGGTGC TTCAGGAGAC TACGCTGATT TCCAATATTT
GAAGCAAGTT CTCGGCCAAA TGGTGATTGA TGAGGAGCTG CTGGGAGATG GACACAGCTA
TAGTCCTAAA GCTATCCATT CGTGGCTGAC CAGGGCCATG TACAGCCGCC GCTCCAAGAT
GAACCCCCTG TGGAACACCA TGGTCATCGG AGGCTATGCT GATGGAGAGA GCTTCCTGGG
TTACGTGGAC ATGCTTGGTG TAGCCTATGA AGCCCCTTCG CTGGCCACTG GTTATGGTGC
ATACCTGGCT CAGCCTCTGT TGCGAGAAGT TCTGGAGAAG CAGCCAGTGC TGAGCCAGGC
CGAGGCCCGA GAGCTAGTGG AACGCTGCAT GCGAGTGCTG TACTATCGAG ATGCCCGTTC
TTATAACAGG TTTCAAATTG CCACTGTAAC CGAAAAAGGT GTTGAAATAG AAGGACCCCT
GTCTGCAGAG ACCAACTGGG ATATTGCCCA CATGATCAGT GGCTTTGAAT GAAATATAGA
TAGATGCATT TTCCAGAACT GAAGTGGTAC CCTTCTTCTA ACTTTGAACG TGGCTGGTTC
AGAGATACAG TTCTTTTGTA AAATAAATAA ATCCTTTAAA ACAAAAAAAA AAAAAAAAAA
AAAAGCTCAA CTGCAGTCGC GGCGCTCTAA GTATCCTCGA GGGCCAAG
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | PSMB4 | proteasome subunit beta type-4 [Homo sapiens]. | 502 | e-142 | O |
|
| PSMB2 | proteasome subunit beta type-2 isoform 1 [Homo sapiens]. | 53.9 | 2e-07 | O |
|
| PSMB8 | proteasome subunit beta type-8 isoform E2 proprotein [Homo sapiens]. | 53.5 | 3e-07 | |
|
| PSMB8 | proteasome subunit beta type-8 isoform E1 proprotein [Homo sapiens]. | 53.5 | 3e-07 | |
|
| PSMB5 | proteasome subunit beta type-5 isoform 1 [Homo sapiens]. | 51.6 | 1e-06 | O |
|
| PSMB2 | proteasome subunit beta type-2 isoform 2 [Homo sapiens]. | 50.1 | 3e-06 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Psmb4 | proteasome subunit beta type-4 precursor [Mus musculus]. | 497 | e-141 | O |
|
| Psmb5 | proteasome subunit beta type-5 [Mus musculus]. | 54.3 | 1e-07 | O |
|
| Psmb2 | proteasome subunit beta type-2 [Mus musculus]. | 53.9 | 2e-07 | O |
|
| Psmb8 | proteasome subunit beta type-8 precursor [Mus musculus]. | 50.8 | 2e-06 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC475848 | PREDICTED: similar to Proteasome subunit beta type 4 precursor (Proteasome beta chain) (Macropain beta chain) (Multicatalytic endopeptidase complex beta chain) (Proteasome chain 3) [Canis familiaris]. | 503 | e-142 | |
|
| PSMB8 | proteasome subunit beta type-8 precursor [Canis lupus familiaris]. | 63.9 | 2e-10 | |
|
| LOC475338 | PREDICTED: similar to Proteasome subunit beta type 2 (Proteasome component C7-I) (Macropain subunit C7-I) (Multicatalytic endopeptidase complex subunit C7-I) [Canis familiaris]. | 54.3 | 2e-07 | O |
|
| LOC480246 | PREDICTED: similar to proteasome beta 5 subunit [Canis familiaris]. | 51.2 | 2e-06 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| PSMB4 | proteasome subunit beta type-4 precursor [Bos taurus]. | 517 | e-147 | O |
|
| PSMB2 | proteasome subunit beta type-2 [Bos taurus]. | 54.3 | 2e-07 | O |
|
| PSMB5 | proteasome subunit beta type-5 precursor [Bos taurus]. | 51.6 | 1e-06 | O |
|
| PSMB8 | proteasome subunit beta type-8 precursor [Bos taurus]. | 50.4 | 2e-06 |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| PSMB4 | PREDICTED: proteasome subunit beta type-4 isoform 1 [Sus scrofa]. | 531 | e-151 | O |
|
| PSMB8 | PREDICTED: proteasome subunit beta type-8 [Sus scrofa]. | 53.5 | 2e-07 | |
|
| PSMB8 | proteasome subunit beta type-8 [Sus scrofa]. | 52.8 | 3e-07 | O |
|
| LOC100155139 | PREDICTED: proteasome subunit beta type-5 [Sus scrofa]. | 51.6 | 7e-07 |
20110601C-007321 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
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20110601C-007321 : ............................................................
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 0
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KDN01_0006_D06.b : nt
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HTMT1_0109_A09.b :
20110601C-007321 : ..GGCAAACGCTTTCATTTCTTGAGCT*ACGGTGACTAAGATGGAATCGATTTTGGAGTC
---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 57
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OVR01_0038_E02.b : xxcgttcaactggaTTTTTCTTGAGCT*ACGGTGACTAAGATGGAATCGATTTTGGAGTC
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