[Overview] [RefSeq] [Assembly & SNP] [Alignment]
Assembly Name: 20110601C-007732
Length:
1,179
Sequence:
[FASTA format sequence]
GTCCGGGCTG GCCGCCTTGG GGAAGTGGGC GGGTCTAGTG AGCCGGCGGC CGCTTTCGTT
TTCCCTTTCC CATAAACCGC TTGCTTCCAG CTCGCTGAGG CGGTCCAGGT CGGTTCCCGG
GACTTTCCGA GATCCCCGCC CCGGCCCGCC CCTGGACCCT CCCCGCTGCG GGTCCGGGCC
TGCTCGGGCA CCCACTCCGA CAGCATCCAG AGAATCCAGC CCAGCAGGGA TAGCGAGAGC
CCCAGGCCGG GGGTCGACCT CGTACGGCCA ATGGCCAGCT CGGGGTCCTC CGCTCCCTGC
GGGTGTCTCT GCGTCTCCCG AGCTTCCCTC CCTTGGCTGG GGGCAGCGCT GCTGCTTCTC
GCCGACTGGG TGCTGCTCCG GCCGGCGCTG CCCCGGATAT CCTCCCTGCT GCTGCCCCCA
GCGCTGCCGC TGCTCCGGGT CTGGGTGGTG GGCCTGAGCC GTTGGGCTGT GCTGTGGTTG
GGGGCCCGCA GCGTCCTCAG GGCGACGGTT GGCTTCCGGG AGAAAAGCAC AGGACTTCGG
GGATGGCTGG CAGCTTTGGA GCCGCTGGCG GCGGCTCTGG GCTTGGCTCT GCCGGGACTT
GCCTTGTTCC GAGAGTTGGG CTCGGGAGCG GCTGACAGCA CGCGGCTACT GCACTGGGGG
AGTCGCCTCG ATGCCTTCGC CCTCAGCTAT GCGGCGGCAT TGCCCGCGGC CGCCCTGTGG
CATAAGCTTA GCAGCCTTTG GGTGCAAGGA AGTCACAGAG GCTCTGGAGT GACAGTGAGC
CGGCTTCTCG GCTGCCTGGG CTCAGAGATC CGCCACCTCT GGCTCCTTCT GACCCTGGTG
GTCCTCTCCA GCCTTGGGGA GATGGCCATT CCGTTCTTCA CAGGCCGGCT CACTGACTGG
ATTCTACGAG ATGGGGCAGG TGCTGCCTTC ACGCAGAACC TAACTCTCAT GTCCATCCTC
ATCATAGCCA GCTCGGTGCT GGAGTTCGTG TGCGACGGGA TCTATAACAG CACCATGGGC
CGCGTGCACA GCCACCTGCA GGGAGAGGTG TTTCGGTCTG TCCTGCGCCA AGAAACAGAG
TTTTTTCAGA AGAATCAAAC AGGTGCCATC CCATCTCGGG GTACAGAAGA CACATCCACT
GTGAGTGTGT CTCTGAGTTC GGAGCTGAAC CTCTTGCTG
SNP mapping information
| SNP ID | Rel. | Chr. | Location (cM) |
|---|
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
 |
 | TAP1 | antigen peptide transporter 1 [Homo sapiens]. | 265 | 8e-71 | O |
|
| ABCB9 | ATP-binding cassette sub-family B member 9 isoform 2 [Homo sapiens]. | 64.7 | 2e-10 | O |
|
| ABCB9 | ATP-binding cassette sub-family B member 9 isoform 1 [Homo sapiens]. | 64.7 | 2e-10 | O |
|
| ABCB9 | ATP-binding cassette sub-family B member 9 isoform 5 [Homo sapiens]. | 64.7 | 2e-10 | O |
|
| ABCB9 | ATP-binding cassette sub-family B member 9 isoform 6 [Homo sapiens]. | 64.7 | 2e-10 | O |
|
| ABCB9 | ATP-binding cassette sub-family B member 9 isoform 4 [Homo sapiens]. | 64.7 | 2e-10 | O |
|
| TAP2 | antigen peptide transporter 2 isoform 2 [Homo sapiens]. | 55.1 | 1e-07 | O |
|
| TAP2 | antigen peptide transporter 2 isoform 1 [Homo sapiens]. | 55.1 | 1e-07 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Tap1 | antigen peptide transporter 1 isoform 2 [Mus musculus]. | 176 | 3e-44 | O |
|
| Tap1 | antigen peptide transporter 1 isoform 1 [Mus musculus]. | 176 | 3e-44 | O |
|
| Abcb9 | ATP-binding cassette sub-family B member 9 precursor [Mus musculus]. | 67 | 3e-11 | O |
|
| Tap2 | antigen peptide transporter 2 [Mus musculus]. | 53.1 | 4e-07 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| LOC477456 | PREDICTED: similar to ATP-binding cassette, sub-family B, member 9 precursor (ATP-binding cassette transporter 9) (ABC transporter 9 protein) (TAP-like protein) (TAPL) (hABCB9) isoform 4 [Canis familiaris]. | 65.1 | 1e-10 | O |
|
| LOC477456 | PREDICTED: similar to ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 9 isoform 2 isoform 1 [Canis familiaris]. | 65.1 | 1e-10 | O |
|
| LOC477456 | PREDICTED: similar to ATP-binding cassette, sub-family B, member 9 precursor (ATP-binding cassette transporter 9) (ABC transporter 9 protein) (TAP-like protein) (TAPL) (hABCB9) isoform 3 [Canis familiaris]. | 65.1 | 1e-10 | O |
|
| LOC474866 | PREDICTED: similar to Antigen peptide transporter 1 (APT1) (Peptide transporter TAP1) (ATP-binding cassette, sub-family B, member 2) (Peptide transporter PSF1) (Peptide supply factor 1) (PSF-1) (Peptide transporter involved in antigen processing 1)... [Canis familiaris]. | 54.3 | 2e-07 | O |
|
| LOC474864 | PREDICTED: similar to transporter 2, ATP-binding cassette, sub-family B isoform 1 [Canis familiaris]. | 53.1 | 5e-07 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| TAP1 | antigen peptide transporter 1 [Bos taurus]. | 224 | 1e-58 | O |
|
| ABCB9 | ATP-binding cassette sub-family B member 9 [Bos taurus]. | 68.2 | 1e-11 | O |
|
| ABCB9 | PREDICTED: ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 9 isoform 2 [Bos taurus]. | 68.2 | 1e-11 | O |
|
| ABCB9 | PREDICTED: ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 9 isoform 1 [Bos taurus]. | 68.2 | 1e-11 | O |
|
| ABCB9 | PREDICTED: ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 9 isoform 1 [Bos taurus]. | 68.2 | 1e-11 | O |
|
| TAP2 | transporter 2, ATP-binding cassette, sub-family B [Bos taurus]. | 52.4 | 8e-07 | O |
| Locus | Definition | Score | E value | FL | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
| TAP1 | PREDICTED: antigen peptide transporter 1 isoform 1 [Sus scrofa]. | 434 | e-122 | |
|
| TAP1 | antigen peptide transporter 1 [Sus scrofa]. | 353 | 8e-98 | O |
|
| ABCB9 | PREDICTED: ATP-binding cassette sub-family B member 9 [Sus scrofa]. | 67 | 2e-11 | O |
|
| TAP2 | PREDICTED: antigen peptide transporter 2 [Sus scrofa]. | 51.2 | 1e-06 | O |
|
| TAP2 | antigen peptide transporter 2 [Sus scrofa]. | 51.2 | 1e-06 | O |
20110601C-007732 : ............................................................
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ITT01_0065_H07.b : GGGAGAAAAGCACAGGACTTCGGGGATGGCTGGCAGCTTTGGAGCCGCTGGCGGCGGCTC
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SMG01_0049_B02.b : GGGAGAAAAGCACAGGACTTCGAGGATGGCTGGCAGCTTTGGAGCCGCTGGCGGCGGCTC
ITT01_0086_G01.b : GGGAGAAAAGCACAGGACTTCGGGGATGGCTGGCAGCTTTGGAGCCGCTGGCGGCGGCTC
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 696
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ITT01_0065_H07.b : AGAGGCTCTGGAGTGACAGTGAGCCGGCTTCTCGGCTGCCTGGGCTCAGAGATCCGCCAC
CLNT1_0048_A10.b : AGAGGCTCTGGAGTGACAGTGAGCCGGCTTCTCGGCTGCCTGGGCTCAGAGATCCGCCAC
SMG01_0049_B02.b : AGAGGCTCTGGAGTGACAGTGAGCCGGCTTCTCGGCTGCCTGGGCTCAGAGATCCGCCAC
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---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 994
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